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万見
- PDB-6ovb: Crystal structure of a Bacillus thuringiensis Cry1Da tryptic core... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ovb
タイトルCrystal structure of a Bacillus thuringiensis Cry1Da tryptic core variant
要素Active core crystal toxin protein 1D
キーワードTOXIN / Bacillus thuringiensis / Cry toxin / B.t.
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated killing of host cell / sporulation resulting in formation of a cellular spore / toxin activity / signaling receptor binding
類似検索 - 分子機能
: / Cry1Ac, domain VII / Pesticidal crystal protein Cry, domain V / Insecticidal delta-endotoxin CryIA(c) domain 5 / Pesticidal crystal protein, central domain / Pesticidal crystal protein, central domain / delta endotoxin / Pesticidal crystal protein, central domain superfamily / Pesticidal crystal protein, N-terminal domain / Pesticidal crystal protein, C-terminal ...: / Cry1Ac, domain VII / Pesticidal crystal protein Cry, domain V / Insecticidal delta-endotoxin CryIA(c) domain 5 / Pesticidal crystal protein, central domain / Pesticidal crystal protein, central domain / delta endotoxin / Pesticidal crystal protein, central domain superfamily / Pesticidal crystal protein, N-terminal domain / Pesticidal crystal protein, C-terminal / delta endotoxin / Pesticidal crystal protein / Pesticidal crystal protein, N-terminal / Pesticidal crystal protein, N-terminal domain superfamily / delta endotoxin, N-terminal domain / Aligned Prism / Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A / Delta-Endotoxin; domain 1 / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Jelly Rolls / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Crystaline entomocidal protoxin / Pesticidal crystal protein Cry1Da
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus thuringiensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.611 Å
データ登録者Rydel, T.J. / Halls, C. / Evdokimov, A.G. / Beishir, S.C.
引用ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2019
タイトル: Bacillus thuringiensis Cry1Da_7 and Cry1B.868 Protein Interactions with Novel Receptors Allow Control of Resistant Fall Armyworms, Spodoptera frugiperda (J.E. Smith).
著者: Wang, Y. / Wang, J. / Fu, X. / Nageotte, J.R. / Silverman, J. / Bretsnyder, E.C. / Chen, D. / Rydel, T.J. / Bean, G.J. / Li, K.S. / Kraft, E. / Gowda, A. / Nance, A. / Moore, R.G. / Pleau, M. ...著者: Wang, Y. / Wang, J. / Fu, X. / Nageotte, J.R. / Silverman, J. / Bretsnyder, E.C. / Chen, D. / Rydel, T.J. / Bean, G.J. / Li, K.S. / Kraft, E. / Gowda, A. / Nance, A. / Moore, R.G. / Pleau, M.J. / Milligan, J.S. / Anderson, H.M. / Asiimwe, P. / Evans, A. / Moar, W.J. / Martinelli, S. / Head, G.P. / Haas, J.A. / Baum, J.A. / Yang, F. / Kerns, D.L. / Jerga, A.
履歴
登録2019年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Active core crystal toxin protein 1D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9651
ポリマ－64,9651
非ポリマー00
水6,684371
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area22420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.177, 126.177, 126.219
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-880-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Active core crystal toxin protein 1D / Cr1Da.844


分子量: 64964.965 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 27-603 / 変異: V108C, E128C, S282V, Y316S, I368P / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis (バクテリア)
発現宿主: Bacillus thuringiensis (バクテリア) / 参照: UniProt: I3RS06, UniProt: P19415*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 371 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 4.0, 10% PGME 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月8日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.611→44.62 Å / Num. obs: 35721 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 27.69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.167 / Net I/σ(I): 19.25
反射 シェル解像度: 2.6112→2.7045 Å / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.534 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique obs: 3537 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4ARX

4arx


解像度: 2.611→41.307 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2068 1987 5.57 %Random selection
Rwork0.1581 ---
obs0.1608 35700 99.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.611→41.307 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4495 0 0 371 4866
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084624
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9516310
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.8253750
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052705
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006817
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6112-2.67640.2661430.19752383X-RAY DIFFRACTION100
2.6764-2.74880.24521360.18322377X-RAY DIFFRACTION100
2.7488-2.82970.20861450.17632384X-RAY DIFFRACTION100
2.8297-2.9210.21761380.17872349X-RAY DIFFRACTION100
2.921-3.02530.2451410.18312413X-RAY DIFFRACTION100
3.0253-3.14640.23721400.18412403X-RAY DIFFRACTION100
3.1464-3.28960.22281410.17632357X-RAY DIFFRACTION100
3.2896-3.46290.22061420.17812393X-RAY DIFFRACTION100
3.4629-3.67980.23271450.17282390X-RAY DIFFRACTION100
3.6798-3.96370.1931420.15892406X-RAY DIFFRACTION100
3.9637-4.36220.19991440.13572436X-RAY DIFFRACTION100
4.3622-4.99240.15761380.11692418X-RAY DIFFRACTION100
4.9924-6.28640.20611440.13362455X-RAY DIFFRACTION100
6.2864-41.31220.161480.14172549X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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