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- PDB-6ouy: The crystal structure of the isolate tryptophan synthase alpha-ch... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ouy
タイトルThe crystal structure of the isolate tryptophan synthase alpha-chain from Salmonella enterica serovar typhimurium at 1.60 Angstrom resolution
要素Tryptophan synthase alpha chain
キーワードLYASE / tryptophan synthase / alpha-chain / wild-type / recombinant protein
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / L-tryptophan biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tryptophan synthase, alpha chain / Tryptophan synthase, alpha chain, active site / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain signature. / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tryptophan synthase alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Hilario, E. / Dunn, M.F. / Mueller, L. / Chang, C. / Fan, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1350401 米国
引用ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2020
タイトル: Backbone assignments and conformational dynamics in the S. typhimurium tryptophan synthase alpha-subunit from solution-state NMR.
著者: Sakhrani, V.V. / Hilario, E. / Caulkins, B.G. / Hatcher-Skeers, M.E. / Fan, L. / Dunn, M.F. / Mueller, L.J.
履歴
登録2019年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophan synthase alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3899
ポリマ－28,6991
非ポリマー6908
水5,639313
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Dimer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1340 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area11560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.910, 70.910, 203.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Tryptophan synthase alpha chain


分子量: 28698.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
遺伝子: trpA, STM1727 / Variant: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / プラスミド: pET-SUMO / 詳細 (発現宿主): kanamycin / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta (DE3) pLys-S / 参照: UniProt: P00929, tryptophan synthase
#2: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.15 % / 解説: large diamond-like crystal
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.5-2.0 M ammonium sulfate / PH範囲: 7.00-7.50 / Temp details: constant

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Oxford Cryosystem / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年11月29日 / 詳細: Varimax Confocal Max-Flux
放射モノクロメーター: Osmic Varimax HF ArcSec / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→61.41 Å / Num. obs: 40745 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.078 / Rsym value: 0.07 / Net I/av σ(I): 7.2 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.6-1.694.50.6671.12593657410.3480.7560.6671.598.1
1.69-1.795.10.4441.72833355150.2170.4970.4442.4100
1.79-1.915.20.3012.32718852490.1450.3350.3013.7100
1.91-2.075.20.2382.92555948860.1120.2640.2385.8100
2.07-2.265.30.1813.62373545150.0850.20.1819.2100
2.26-2.535.30.1195.12191041410.0560.1320.11911.6100
2.53-2.925.30.0659.41938136590.0310.0720.06515.8100
2.92-3.5850.05410.61566631390.0270.060.05422.999.9
3.58-5.064.50.0319.51109924820.0160.0340.0329.699.3
5.06-19.5954.40.02223.4622414180.0120.0250.02226.796.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.364
最高解像度最低解像度
Rotation19.6 Å1.93 Å
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 40385
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
7.22-10033.20.901501
5.55-7.2240.30.868590
4.68-5.5529.50.938698
4.12-4.6823.60.95802
3.72-4.1224.30.94884
3.42-3.7224.10.939971
3.18-3.4222.10.9331052
2.99-3.1824.60.9161102
2.82-2.9924.80.9161166
2.68-2.8223.20.9261236
2.56-2.6822.10.9261284
2.46-2.5620.30.9371324
2.37-2.4619.40.9361369
2.28-2.3720.20.9221435
2.21-2.28200.9181448
2.14-2.2120.20.9181508
2.08-2.1419.60.9241573
2.02-2.0818.60.9351596
1.97-2.0220.50.9161644
1.92-1.9721.90.8891672
1.87-1.9220.90.8761660
1.83-1.8720.30.9141773
1.79-1.8320.10.9281806
1.75-1.7922.90.9141819
1.72-1.7522.40.9131871
1.69-1.7223.10.911909
1.66-1.6924.40.911953
1.6-1.6631.60.8623739

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClear2データ収集
MOSFLM7.2.2データ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
MOLREP11.7.01位相決定
直接法7.0.073位相決定
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6OSO

6oso


解像度: 1.6→19.595 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.72
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2057 2006 4.97 %
Rwork0.1775 --
obs0.179 40384 98.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 115.8 Å2 / Biso mean: 30.6609 Å2 / Biso min: 15.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→19.595 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1942 0 35 319 2296
Biso mean--63.65 41.2 -
残基数----258
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6-1.640.32951470.27982565271295
1.64-1.68440.26881480.2382689283799
1.6844-1.73390.24741230.218427182841100
1.7339-1.78980.26471400.20152689282999
1.7898-1.85370.21631410.191327202861100
1.8537-1.92790.3051340.23622649278397
1.9279-2.01560.24871460.19642720286699
2.0156-2.12170.20671450.175727122857100
2.1217-2.25450.23721290.18782730285998
2.2545-2.42820.1971520.17242736288899
2.4282-2.6720.18411250.170628032928100
2.672-3.05740.22091530.169828112964100
3.0574-3.84730.19471730.160728323005100
3.8473-19.59680.16791500.16693004315498
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.93380.25350.0770.52410.24010.5589-0.03280.0829-0.0193-0.108-0.00130.03420.01660.0745-00.2383-0.007-0.00780.16840.02360.1804-29.511513.4657-1.8052
20.7236-0.3948-0.15980.48150.41530.39820.07140.0890.05950.0304-0.08560.2331-0.0974-0.05470.00010.20560.0104-0.01770.21620.02530.2474-42.999820.3078-4.6642
30.1209-0.0164-0.02520.2977-0.08140.05330.0504-0.06080.5155-0.0025-0.01880.0281-0.2060.12220.00080.24820.0087-0.01610.28690.0130.3554-35.182133.9601-0.6092
40.63140.34120.29980.3771-0.1570.5759-0.03350.08280.0554-0.00220.0088-0.20640.03540.1228-00.199-0.0292-0.00990.23360.02280.2214-16.865221.14090.6367
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 110 )A1 - 110
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 111 through 159 )A111 - 159
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 160 through 216 )A160 - 216
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 217 through 268 )A217 - 268

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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