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- PDB-5kmy: Crystal structure of tryptophan synthase subunit alpha from Legio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kmy
タイトルCrystal structure of tryptophan synthase subunit alpha from Legionella pneumophila str. Paris
要素Tryptophan synthase alpha chain
キーワードLYASE / L-tryptophan biosynthesis / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


L-tryptophan metabolic process / tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tryptophan synthase, alpha chain / Tryptophan synthase, alpha chain, active site / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain signature. / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tryptophan synthase alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.908 Å
データ登録者Nocek, B. / Hatzos-Skintges, C. / Endres, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of tryptophan synthase subunit alpha from Legionella pneumophila str. Paris
著者: Nocek, B. / Hatzos-Skintges, C. / Endres, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2016年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月26日Group: Database references
改定 1.22016年11月23日Group: Database references
改定 1.32017年2月8日Group: Database references / Structure summary
改定 1.42024年11月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophan synthase alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7581
ポリマ－30,7581
非ポリマー00
水3,675204
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.707, 69.654, 75.075
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Tryptophan synthase alpha chain


分子量: 30758.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (strain Paris) (バクテリア)
株: Paris / 遺伝子: trpA, lpp1269 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5X5Q1, tryptophan synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: sodium chloride (0.2M) bis-tris ph 6.5 (0.1M) peg 3350 (25%)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月8日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.908→37.538 Å / Num. obs: 31628 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 1.908→1.93 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1888精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.908→37.538 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 20.41
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2067 1521 4.81 %
Rwork0.1759 --
obs0.1775 31628 92.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.908→37.538 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2024 0 0 204 2228
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052084
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8972833
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.671790
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032324
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004368
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.908-1.96960.2847910.22491588X-RAY DIFFRACTION54
1.9696-2.040.22971070.21352100X-RAY DIFFRACTION71
2.04-2.12170.28441390.20362662X-RAY DIFFRACTION89
2.1217-2.21820.20971340.19872926X-RAY DIFFRACTION97
2.2182-2.33510.23241540.18812948X-RAY DIFFRACTION100
2.3351-2.48140.22411320.17883025X-RAY DIFFRACTION100
2.4814-2.6730.23431550.1892945X-RAY DIFFRACTION100
2.673-2.94190.17481670.17952983X-RAY DIFFRACTION100
2.9419-3.36730.20951670.17222967X-RAY DIFFRACTION100
3.3673-4.24150.16841410.14592966X-RAY DIFFRACTION100
4.2415-37.54470.19151340.16522997X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.51881.3636-5.92712.2982-1.94966.48890.273-0.7164-0.01630.4403-0.1587-0.3733-0.07720.6578-0.02070.1351-0.0214-0.00760.2034-0.00470.125523.21459.033964.7069
23.26250.30780.15360.8590.05771.2881-0.0289-0.01690.3241-0.069-0.00010.0641-0.0672-0.07840.02270.10290.0073-0.01050.0884-0.00260.08885.70667.808352.1782
32.10280.03840.32141.86910.63512.5782-0.1143-0.27180.02950.15780.00580.29950.0756-0.22050.08360.0948-0.0050.00640.12440.01770.12193.30735.900264.9035
41.76690.7758-0.45263.0585-1.26450.52760.0574-0.09020.19760.2164-0.06370.2473-0.1143-0.04280.00510.17260.0106-0.00830.1218-0.03410.129210.556922.312864.5015
51.82010.5213-0.0523.49591.21432.136-0.00610.00940.135-0.26990.0059-0.0045-0.1-0.07460.00780.11570.0032-0.01140.10670.02130.142919.573322.00750.061
65.42961.63031.61913.09020.65121.8456-0.04140.18650.0464-0.24360.0481-0.0311-0.0168-0.00940.03630.16730.01470.02820.11990.00530.058311.53084.92842.0636
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 14 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 15 through 74 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 75 through 121 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 122 through 190 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 191 through 234 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 235 through 269 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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