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Yorodumi- PDB-6ouy: The crystal structure of the isolate tryptophan synthase alpha-ch... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ouy | ||||||
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Title | The crystal structure of the isolate tryptophan synthase alpha-chain from Salmonella enterica serovar typhimurium at 1.60 Angstrom resolution | ||||||
Components | Tryptophan synthase alpha chain | ||||||
Keywords | LYASE / tryptophan synthase / alpha-chain / wild-type / recombinant protein | ||||||
Function / homology | Function and homology information tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / tryptophan biosynthetic process / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Hilario, E. / Dunn, M.F. / Mueller, L. / Chang, C. / Fan, L. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: J.Biomol.Nmr / Year: 2020 Title: Backbone assignments and conformational dynamics in the S. typhimurium tryptophan synthase alpha-subunit from solution-state NMR. Authors: Sakhrani, V.V. / Hilario, E. / Caulkins, B.G. / Hatcher-Skeers, M.E. / Fan, L. / Dunn, M.F. / Mueller, L.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ouy.cif.gz | 124 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ouy.ent.gz | 94.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ouy.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6ouy_validation.pdf.gz | 271.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6ouy_full_validation.pdf.gz | 271.3 KB | Display | |
Data in XML | 6ouy_validation.xml.gz | 1.2 KB | Display | |
Data in CIF | 6ouy_validation.cif.gz | 5.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/6ouy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/6ouy | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6osoSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 28698.797 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (bacteria) Gene: trpA, STM1727 / Variant: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / Plasmid: pET-SUMO / Details (production host): kanamycin / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Rosetta (DE3) pLys-S / References: UniProt: P00929, tryptophan synthase | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-DMS / | ||||
#3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-CL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.57 Å3/Da / Density % sol: 52.15 % / Description: large diamond-like crystal |
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Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 / Details: 1.5-2.0 M ammonium sulfate / PH range: 7.00-7.50 / Temp details: constant |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: Oxford Cryosystem / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.5418 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Nov 29, 2018 / Details: Varimax Confocal Max-Flux | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Osmic Varimax HF ArcSec / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.6→61.41 Å / Num. obs: 40745 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.078 / Rsym value: 0.07 / Net I/av σ(I): 7.2 / Net I/σ(I): 9.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MR | R rigid body: 0.364
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Phasing dm | Method: Solvent flattening and Histogram matching / Reflection: 40385 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 6OSO Resolution: 1.6→19.595 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 19.72
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 115.8 Å2 / Biso mean: 30.6609 Å2 / Biso min: 15.45 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.6→19.595 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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