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- PDB-6oun: Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase (RT) in complex with dsD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oun
タイトルStructure of HIV-1 Reverse Transcriptase (RT) in complex with dsDNA and (-)3TC-TP
要素
  • DNA primer 20-mer
  • DNA template 27-mer
  • P51 RT
  • Reverse transcriptase/ribonuclease H
キーワードTRANSFERASE/DNA / Reverse Transcriptase / ternary complex / (-)3TC-TP / chain terminator / lamivudine / stereochemistry / TRANSFERASE / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase / RNA stem-loop binding ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase / RNA stem-loop binding / viral penetration into host nucleus / host multivesicular body / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell plasma membrane / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase-like, N-terminal / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Retrovirus capsid, C-terminal / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / Roll / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Lamivudine Triphosphate / DNA / DNA (> 10) / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.656 Å
データ登録者Bertoletti, N. / Anderson, K.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM049551 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2019
タイトル: Structural insights into the recognition of nucleoside reverse transcriptase inhibitors by HIV-1 reverse transcriptase: First crystal structures with reverse transcriptase and the ...タイトル: Structural insights into the recognition of nucleoside reverse transcriptase inhibitors by HIV-1 reverse transcriptase: First crystal structures with reverse transcriptase and the active triphosphate forms of lamivudine and emtricitabine.
著者: Bertoletti, N. / Chan, A.H. / Schinazi, R.F. / Yin, Y.W. / Anderson, K.S.
履歴
登録2019年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Reverse transcriptase/ribonuclease H
B: P51 RT
P: DNA primer 20-mer
T: DNA template 27-mer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,73310
ポリマ－131,9274
非ポリマー8066
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14010 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area44220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)167.011, 171.784, 105.885
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Reverse transcriptase/ribonuclease H / Exoribonuclease H / p66 RT


分子量: 64309.605 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S, Q258C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H
#2: タンパク質 P51 RT


分子量: 52748.418 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate BH10 / 遺伝子: gag-pol / Variant: isolate BH10 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366

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DNA鎖 , 2種, 2分子 PT

#3: DNA鎖 DNA primer 20-mer


分子量: 6460.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA template 27-mer


分子量: 8408.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 17分子

#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-1RZ / Lamivudine Triphosphate / Lamivudine-5'-triphosphate / 3TC Triphosphate / [[(2R,5S)-5-(4-azanyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-1,3-oxathiolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate


分子量: 469.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H14N3O12P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.43 % / 解説: plates
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 3-6% (w/v) PEG 8000, 15 mM magnesium sulfate, and 50 mM MES adjusted at pH 6.0
PH範囲: 5.5-6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.656→30 Å / Num. obs: 44155 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 26.3 % / CC1/2: 0.999 / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 19.54
反射 シェル解像度: 2.656→2.82 Å / 冗長度: 28.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.93 / Num. unique obs: 6977 / CC1/2: 0.92 / Rsym value: 1.48 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KJV

3kjv


解像度: 2.656→29.571 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 2205 5 %
Rwork0.207 --
obs0.2096 44086 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.656→29.571 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7350 824 44 11 8229
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0058514
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76311812
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3144868
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471321
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051353
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6562-2.7140.37871350.3052567X-RAY DIFFRACTION99
2.714-2.7770.37381340.3042548X-RAY DIFFRACTION99
2.777-2.84640.3651360.30292588X-RAY DIFFRACTION100
2.8464-2.92330.39481370.29822592X-RAY DIFFRACTION100
2.9233-3.00930.33571370.28142600X-RAY DIFFRACTION100
3.0093-3.10630.35311360.27542582X-RAY DIFFRACTION100
3.1063-3.21720.28491370.24512602X-RAY DIFFRACTION100
3.2172-3.34580.26191370.23352597X-RAY DIFFRACTION100
3.3458-3.49790.30091370.22922600X-RAY DIFFRACTION100
3.4979-3.6820.26871380.21312625X-RAY DIFFRACTION100
3.682-3.91220.26071380.20142621X-RAY DIFFRACTION100
3.9122-4.21350.19881380.17472626X-RAY DIFFRACTION100
4.2135-4.6360.24511390.16712639X-RAY DIFFRACTION100
4.636-5.30350.20091400.1752651X-RAY DIFFRACTION100
5.3035-6.66920.27251410.21212677X-RAY DIFFRACTION100
6.6692-29.5730.24141450.19312766X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.38060.06930.54165.84410.22485.3614-0.26750.26450.07050.2426-0.44311.85290.6333-0.12550.5910.6303-0.01150.04210.5936-0.04450.899718.226537.8836-37.9968
27.3534-3.70132.28912.1237-1.56469.62810.49391.7011-0.05670.0014-0.74430.94860.24430.38990.25551.0040.0316-0.01060.777-0.08650.93537.014317.2161-36.8216
32.16110.9474-2.4889.86115.9998.48680.84150.71460.1487-1.7447-0.7683-0.8384-0.3285-1.17880.11220.9791-0.0471-0.1190.7810.04770.785535.07767.207-32.9212
46.3421-5.29653.6756.7224-3.03192.1104-0.18580.4829-0.30510.75180.10141.06990.0623-0.06580.13920.97120.04430.03150.81230.07890.878220.716235.7029-37.5765
51.5547-0.11190.15623.2653-0.08151.98750.04350.1538-0.3855-0.266-0.0015-0.00620.5891-0.0838-0.0490.8497-0.00190.01470.5504-0.03950.590341.56312.1353-22.8274
60.7712-0.25070.36424.5502-0.28481.6854-0.01560.39850.249-0.7868-0.1161-0.30780.16370.15790.12880.6508-0.0080.11280.63740.03660.529147.148731.2906-34.044
71.7536-1.01761.51232.9115-1.11242.6566-0.104300.4278-0.2043-0.1217-0.6829-0.1920.23560.22230.5892-0.02620.1480.54410.03650.642437.749252.1981-28.8885
83.8482-0.23630.18975.353-0.85832.3936-0.04060.36780.312-0.7662-0.0466-0.0014-0.04480.08030.06480.7817-0.01420.05270.53530.10420.62724.878559.805-43.6751
91.7098-1.9061-1.55112.94841.69421.654-0.046-0.1796-0.26810.2343-0.04780.15560.1825-0.17010.13820.67970.0050.01210.62790.05480.531623.076423.0341-3.6467
105.7232-0.73591.50257.76771.36917.98250.0296-1.2461-0.3720.3578-0.09770.0331-0.4371-0.1263-0.10420.7825-0.06970.09911.0529-0.00280.674615.495939.242311.7315
111.4470.5495-0.75673.7213-2.51431.86420.1615-0.2410.24860.54120.14190.3834-0.455-0.2846-0.32280.69230.00480.06360.6647-0.03020.709112.734661.3784-19.0172
127.3736-0.3205-0.55565.1173-1.65812.894-0.06040.14210.2416-0.12430.0172-0.3699-0.0220.16170.02770.54630.0251-0.00290.5536-0.08460.497422.687244.9416-14.0886
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'P' and (resid 805 through 814 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'P' and (resid 815 through 821 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'T' and (resid 704 through 708 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'T' and (resid 709 through 725 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1 through 253 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 254 through 382 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 383 through 451 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 452 through 555 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 6 through 174 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 175 through 208 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 209 through 335 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 336 through 430 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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