PDB-6otc: Synthetic Fab bound to Marburg virus VP35 interferon inhibitory domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6otc

タイトル

Synthetic Fab bound to Marburg virus VP35 interferon inhibitory domain

要素

Polymerase cofactor VP35
sFab H3 heavy chain
sFab H3 light chain

キーワード

VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Marburg virus / Fab / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

virion component / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Lake Victoria marburgvirus (ウイルス)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Amatya, P. / Chen, G. / Borek, D. / Sidhu, S.S. / Leung, D.W.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	P01AI120943	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01AI140758	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	P41GM103422	米国

引用

ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2019
タイトル: Inhibition of Marburg Virus RNA Synthesis by a Synthetic Anti-VP35 Antibody.
著者: Amatya, P. / Wagner, N. / Chen, G. / Luthra, P. / Shi, L. / Borek, D. / Pavlenco, A. / Rohrs, H. / Basler, C.F. / Sidhu, S.S. / Gross, M.L. / Leung, D.W.

履歴

登録	2019年5月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月10日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2019年8月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6otc.cif.gz	252.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6otc.ent.gz	203.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6otc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/6otc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/6otc	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1tziS 4ghlS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4l8n-d 6kcv-d 5fi0-3 2q9u-d 6w91-d 3t8a-d 2zpa-2 5mu5-d 3g9v-d 2vsx-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#178 - 2014年10月エボラウイルスタンパク質 (Ebola Virus Proteins) 類似性 (6) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Polymerase cofactor VP35

H: sFab H3 heavy chain

L: sFab H3 light chain

ヘテロ分子

65.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry

2

H: sFab H3 heavy chain

L: sFab H3 light chain

ヘテロ分子

A: Polymerase cofactor VP35

ソフトウェアが定義した集合体
65.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.827, 97.422, 110.325
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	L-456- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Polymerase cofactor VP35 / Marburg VP35 / mVP35 分子量: 14132.365 Da / 分子数: 1 / 断片: interferon inhibitory domain (UNP residues 204-329) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lake Victoria marburgvirus (strain Popp-67) (ウイルス) 株: Popp-67 / 遺伝子: VP35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03039

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体	sFab H3 heavy chain 分子量: 25834.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体	sFab H3 light chain 分子量: 25265.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 3種, 625分子

#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 623 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.6 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 10 mM Bis-Tris, pH 6.5, 20% PEG5000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月5日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→36.96 Å / Num. obs: 68713 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.9 % / Net I/σ(I): 15.8
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / Num. unique obs: 3348

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entries 4GHL & 1TZI

4ghl

1tzi

解像度: 1.7→36.96 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 5.071 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.118
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.233	3147	4.8 %	RANDOM
R_work	0.1958	-	-	-
obs	0.1976	61776	93.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 81.48 Å² / B_iso mean: 20.163 Å² / B_iso min: 8.15 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.29 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.07 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.7→36.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4219	0	7	625	4851
B_iso mean	-	-	47.58	27.85	-
残基数	-	-	-	-	553

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	4573
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.017	4113
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.307	1.641	6269
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.298	1.568	9600
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.153	5	604
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.385	22.183	197
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.859	15	721
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.759	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.053	0.2	603
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5253
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	970

LS精密化シェル

解像度: 1.701→1.745 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.304	152	-
R_work	0.251	3022	-
all	-	3174	-
obs	-	-	63.15 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.7579	0.8528	0.3498	1.7357	-0.8508	2.3342	-0.0242	0.1177	-0.3604	-0.1097	0.0662	0.0294	0.1444	0.0317	-0.042	0.1424	-0.0125	-0.005	0.1141	0.0018	0.1049	-2.4163	19.1449	0.0535
2	4.214	-0.8678	0.0957	2.6219	0.5437	8.9596	0.0425	-0.025	-0.2039	-0.0259	0.2039	0.0143	0.2055	-0.1489	-0.2464	0.1389	-0.0186	-0.0011	0.1203	0.035	0.0871	1.9555	23.883	2.5377
3	1.2551	-2.7175	0.2277	5.9102	-0.5115	2.2154	0.0749	-0.0541	0.0185	-0.2227	0.0875	-0.0242	0.0107	0.0605	-0.1623	0.1597	-0.0131	-0.0058	0.1233	0.0081	0.1116	5.6031	31.1793	4.7632
4	0.487	0.5138	1.5789	7.7265	1.5767	5.2885	-0.0529	0.0057	0.0494	-0.1318	0.0525	0.2443	-0.2447	-0.077	0.0004	0.1466	0.037	0.0302	0.1316	0.0663	0.1753	0.7204	33.429	-1.1465
5	3.4294	1.4591	1.1903	7.1395	1.4499	0.5948	-0.0488	0.0448	0.0248	0.0157	0.0202	0.1107	-0.0468	-0.0673	0.0286	0.1228	0.013	-0.0021	0.1844	0.0066	0.0892	-4.4596	26.4037	-6.601
6	9.0591	1.7829	-0.7342	6.9242	-3.7217	4.6464	-0.0087	0.3393	0.3017	-0.0199	0.0146	0.178	0.1663	-0.3211	-0.0059	0.1035	-0.0365	-0.0326	0.1365	-0.0333	0.0785	-5.1187	19.1315	-9.8927
7	4.7619	-0.0412	2.7044	0.5572	0.4738	2.602	0.0377	-0.1596	-0.0838	-0.1078	-0.0461	0.0632	0.2393	-0.0955	0.0084	0.1964	-0.0085	0.009	0.1308	0.0009	0.0763	6.0585	19.6429	-6.4759
8	1.2842	-1.7674	0.6056	6.4525	3.2088	6.1138	-0.047	0.1564	0.1132	-0.0359	-0.0773	0.0768	-0.0245	0.0542	0.1243	0.1186	0.0144	0.0192	0.1631	0.0243	0.0732	15.2467	24.7813	-6.8419
9	4.0135	-0.6499	4.058	0.889	-0.4079	6.7612	0.0105	0.0568	0.3046	0.0501	-0.0434	0.0058	-0.0005	-0.0349	0.0329	0.1261	-0.0078	0.0194	0.1326	0.0269	0.0937	9.1881	30.9265	-4.7201
10	10.9961	1.9933	-2.3523	2.899	-0.9309	3.3481	0.1018	0.6886	-0.0992	0.038	-0.0799	-0.1378	0.0198	0.0185	-0.0219	0.1497	0.0147	0.0054	0.1545	0.0483	0.042	7.4357	29.8702	-12.2566
11	7.742	1.0819	0.3695	7.0232	-2.7278	8.9537	0.1165	0.2513	-0.296	-0.0962	0.01	-0.1453	0.2654	-0.0502	-0.1265	0.1259	0.0169	-0.0021	0.198	-0.0121	0.0163	1.887	24.849	-14.5312
12	11.8043	-6.4329	-11.7218	12.4761	9.5531	13.3552	0.1418	0.6788	0.4152	-0.3813	-0.0042	0.7019	0.0305	-0.199	-0.1376	0.1999	0.1198	-0.067	0.2776	0.0409	0.1196	-6.205	30.7491	-14.4299
13	6.4495	2.5495	0.5338	1.486	1.9572	6.4375	0.0383	-0.9476	0.2679	-0.0569	-0.2974	0.1783	-0.2214	0.2026	0.2591	0.1218	-0.0358	-0.0359	0.1898	-0.0341	0.13	-14.7055	37.6422	-0.8624
14	6.1888	-0.3891	-7.0016	2.6584	3.3448	11.1475	0.2105	-0.5328	0.2419	-0.158	-0.2139	0.1903	-0.4332	0.2837	0.0034	0.0967	0.0761	-0.0592	0.1647	-0.1327	0.1506	-10.6823	44.951	1.6919
15	10.1426	-0.7039	7.3165	1.8321	-5.8007	20.9927	-0.4957	-0.4169	0.5165	0.184	0.0861	-0.0539	-0.8142	-0.4803	0.4096	0.1201	0.0408	-0.0353	0.0822	-0.0068	0.1799	-1.4959	42.5685	4.2058
16	0.1036	-0.7941	-0.4551	8.2926	2.3944	27.2196	-0.0877	0.0006	0.091	0.1166	-0.0572	-0.2246	-0.5983	0.5975	0.1449	0.2796	-0.0075	-0.2203	0.0456	0.0591	0.2924	-1.3634	45.8645	-3.778
17	3.2926	-2.3306	3.8755	1.6523	-2.7349	4.5907	-0.0037	0.5007	0.2423	-0.001	-0.3426	-0.1527	-0.0049	0.626	0.3463	0.1269	-0.0251	-0.0315	0.1365	0.1256	0.1572	-7.9309	41.9321	-16.0449
18	3.0683	1.8785	3.7416	8.1547	2.0344	6.2629	0.3135	0.2658	0.6803	-0.2925	-0.5231	0.326	0.3451	0.3724	0.2096	0.071	0.0555	0.0931	0.2556	0.1025	0.3909	-1.6206	35.5635	-14.9373
19	12.609	-7.705	-2.3045	5.2772	0.7222	2.3282	-0.2719	0.0229	0.4768	0.1693	-0.0128	-0.1252	0.086	-0.0585	0.2847	0.0716	-0.0281	-0.0086	0.0883	-0.0261	0.3743	-12.178	40.3867	-4.374
20	10.9842	-5.1734	0.3754	3.4695	1.8698	4.3182	-0.1997	0.2235	0.3132	-0.1582	-0.0554	0.0213	-0.362	0.2103	0.2552	0.1425	0.0393	-0.0838	0.0713	0.0494	0.2154	-6.4428	42.5714	-7.5832
21	4.4468	2.3112	-5.7134	5.4075	-3.1558	7.4707	-0.0405	0.1291	0.1686	0.1065	0.1583	0.2418	-0.0034	-0.2101	-0.1178	0.116	0.0311	-0.0051	0.1355	-0.0029	0.1204	20.2192	35.7768	-16.283
22	1.5391	0.5472	-3.9231	0.195	-1.3989	10.0574	0.1218	0.0088	0.0242	0.0517	0.0034	0.0108	-0.3823	-0.0416	-0.1252	0.1807	0.0272	0.0178	0.1129	0.022	0.1097	31.3199	41.1302	-31.8455
23	2.0366	0.6481	-3.9491	1.5109	-2.0593	9.3424	0.0946	0.0363	-0.0402	0.1106	-0.2271	-0.046	-0.4497	0.0789	0.1326	0.1307	-0.0062	-0.0244	0.104	0.0319	0.1036	38.3125	41.3693	-31.0756
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42	X-RAY DIFFRACTION	42	L	6 - 17
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44	X-RAY DIFFRACTION	44	L	27 - 36
45	X-RAY DIFFRACTION	45	L	37 - 52
46	X-RAY DIFFRACTION	46	L	53 - 69
47	X-RAY DIFFRACTION	47	L	70 - 79
48	X-RAY DIFFRACTION	48	L	80 - 93
49	X-RAY DIFFRACTION	49	L	94 - 101
50	X-RAY DIFFRACTION	50	L	102 - 108
51	X-RAY DIFFRACTION	51	L	109 - 117
52	X-RAY DIFFRACTION	52	L	118 - 128
53	X-RAY DIFFRACTION	53	L	129 - 143
54	X-RAY DIFFRACTION	54	L	144 - 149
55	X-RAY DIFFRACTION	55	L	150 - 160
56	X-RAY DIFFRACTION	56	L	161 - 173
57	X-RAY DIFFRACTION	57	L	174 - 189
58	X-RAY DIFFRACTION	58	L	190 - 198
59	X-RAY DIFFRACTION	59	L	199 - 210
60	X-RAY DIFFRACTION	60	L	211 - 215

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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