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- PDB-3g9v: Crystal structure of a soluble decoy receptor IL-22BP bound to in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g9v
タイトルCrystal structure of a soluble decoy receptor IL-22BP bound to interleukin-22
要素
  • Interleukin 22 receptor, alpha 2
  • Interleukin-22
キーワードCYTOKINE/CYTOKINE RECEPTOR / CYTOKINE / CYTOKINE RECEPTOR / Receptor / Glycoprotein / Polymorphism / Secreted / CYTOKINE-CYTOKINE RECEPTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-22 binding / regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / interleukin-22 receptor binding / interleukin-22 receptor activity / Interleukin-20 family signaling / response to glucocorticoid / cytokine activity / acute-phase response / cytokine-mediated signaling pathway / negative regulation of inflammatory response ...interleukin-22 binding / regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / interleukin-22 receptor binding / interleukin-22 receptor activity / Interleukin-20 family signaling / response to glucocorticoid / cytokine activity / acute-phase response / cytokine-mediated signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / inflammatory response / extracellular space / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interleukin-22 / Interleukin 22 IL-10-related T-cell-derived-inducible factor / Interleukin-10, conserved site / Interleukin-10 family signature. / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / : / Tissue factor / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core ...Interleukin-22 / Interleukin 22 IL-10-related T-cell-derived-inducible factor / Interleukin-10, conserved site / Interleukin-10 family signature. / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / : / Tissue factor / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-22 receptor subunit alpha-2 / Interleukin-22 receptor subunit alpha-2 / Interleukin-22
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.756 Å
データ登録者de Moura, P.R. / Watanabe, L. / Bleicher, L. / Colau, D. / Renauld, J.-C. / Polikarpov, I.
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of a soluble decoy receptor IL-22BP bound to interleukin-22
著者: de Moura, P.R. / Watanabe, L. / Bleicher, L. / Colau, D. / Dumoutier, L. / Lemaire, M.M. / Renauld, J.-C. / Polikarpov, I.
履歴
登録2009年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin 22 receptor, alpha 2
B: Interleukin-22
C: Interleukin 22 receptor, alpha 2
D: Interleukin-22


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,8434
ポリマ－83,8434
非ポリマー00
水3,009167
1
A: Interleukin 22 receptor, alpha 2
B: Interleukin-22


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9212
ポリマ－41,9212
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area15190 Å2
手法PISA
2
C: Interleukin 22 receptor, alpha 2
D: Interleukin-22


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9212
ポリマ－41,9212
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area15230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.948, 67.948, 172.533
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and (resseq 29:52 or resseq 56:136 or resseq...
21chain C and (resseq 29:52 or resseq 56:136 or resseq...
12chain B and (resseq 41:130 or resseq 140:178 )
22chain D and (resseq 41:130 or resseq 140:178 )

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111LEULEUALAALAAA29 - 529 - 32
121ASNASNTHRTHRAA56 - 13636 - 116
131LEULEUASNASNAA142 - 160122 - 140
141SERSERILEILEAA162 - 176142 - 156
151GLUGLUGLUGLUAA183 - 195163 - 175
161CYSCYSSERSERAA206 - 223186 - 203
211LEULEUALAALACC29 - 529 - 32
221ASNASNTHRTHRCC56 - 13636 - 116
231LEULEUASNASNCC142 - 160122 - 140
241SERSERILEILECC162 - 176142 - 156
251GLUGLUGLUGLUCC183 - 195163 - 175
261CYSCYSSERSERCC206 - 223186 - 203
112ARGARGSERSERBB41 - 13013 - 102
122HISHISCYSCYSBB140 - 178112 - 150
212ARGARGSERSERDD41 - 13013 - 102
222HISHISCYSCYSDD140 - 178112 - 150

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Interleukin 22 receptor, alpha 2 / INTERLEUKIN-22 BINDING PROTEIN / isoform CRA_a


分子量: 24765.707 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 21-231 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL22RA2 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q08AH7, UniProt: Q969J5*PLUS
#2: タンパク質 Interleukin-22 / IL-22 / IL-10-related T-cell-derived-inducible factor / IL-TIF


分子量: 17155.730 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 29-179 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL22 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9GZX6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.21 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 25mM Bicine, 150mM NaCl, 1mM CHAPS, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.43 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月15日
放射モノクロメーター: Two Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.43 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→30 Å / Num. all: 20212 / Num. obs: 19525 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 41.39 Å2 / Rsym value: 0.126 / Net I/σ(I): 1.61
反射 シェル解像度: 2.75→2.9 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.61 / Num. unique all: 1987 / Rsym value: 0.5 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3DLQ

3dlq


解像度: 2.756→24.842 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.81 / SU ML: 0.08 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 993 5.11 %RANDOM
Rwork0.213 18445 --
obs0.216 19438 96.49 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.102 Å2 / ksol: 0.338 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 130.5 Å2 / Biso mean: 39.83 Å2 / Biso min: 12.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.444 Å20 Å20 Å2
2--0.444 Å2-0 Å2
3----0.888 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.756→24.842 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5084 0 0 167 5251
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095210
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2337025
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088744
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005907
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.7371941
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1433X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12C1433X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.05
21B1044X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22D1044X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.053
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7558-2.90090.34041560.22772679X-RAY DIFFRACTION98
2.9009-3.08240.31261310.22252701X-RAY DIFFRACTION99
3.0824-3.31990.29411480.21162670X-RAY DIFFRACTION99
3.3199-3.6530.28951510.18582669X-RAY DIFFRACTION98
3.653-4.17940.23171540.1832616X-RAY DIFFRACTION96
4.1794-5.25740.23421400.17072602X-RAY DIFFRACTION95
5.2574-24.84260.31521130.2482508X-RAY DIFFRACTION90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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