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- PDB-6osr: Crystal structure of Influenza hemagglutinin from strain A/Melbou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6osr
タイトルCrystal structure of Influenza hemagglutinin from strain A/Melbourne/1/1946(H1N1)
要素Hemagglutinin
キーワードVIRAL PROTEIN / Inflenza hemagglutinin / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2023
タイトル: Structural characterisation of hemagglutinin from seven Influenza A H1N1 strains reveal diversity in the C05 antibody recognition site.
著者: Ghafoori, S.M. / Petersen, G.F. / Conrady, D.G. / Calhoun, B.M. / Stigliano, M.Z.Z. / Baydo, R.O. / Grice, R. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. / Forwood, J.K.
履歴
登録2019年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年5月24日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / database_2 / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)367,97139
ポリマ－362,8546
非ポリマー5,11833
水11,602644
1
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,69820
ポリマ－181,4273
非ポリマー3,27117
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14730 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area59870 Å2
手法PISA
2
D: Hemagglutinin
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,27419
ポリマ－181,4273
非ポリマー1,84716
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14700 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area58250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.100, 113.970, 246.380
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.440, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 5 and (name N or name...
21(chain B and ((resid 5 and (name N or name...
31(chain C and ((resid 5 and (name N or name...
41(chain D and ((resid 5 and (name N or name...
51(chain E and (resid 5 through 22 or (resid 23...
61(chain F and ((resid 5 and (name N or name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and ((resid 5 and (name N or name...A5
121(chain A and ((resid 5 and (name N or name...A4 - 504
131(chain A and ((resid 5 and (name N or name...A4 - 504
141(chain A and ((resid 5 and (name N or name...A4 - 504
151(chain A and ((resid 5 and (name N or name...A4 - 504
211(chain B and ((resid 5 and (name N or name...B5
221(chain B and ((resid 5 and (name N or name...B2 - 501
231(chain B and ((resid 5 and (name N or name...B2 - 501
241(chain B and ((resid 5 and (name N or name...B2 - 501
251(chain B and ((resid 5 and (name N or name...B2 - 501
311(chain C and ((resid 5 and (name N or name...C5
321(chain C and ((resid 5 and (name N or name...C4 - 503
331(chain C and ((resid 5 and (name N or name...C4 - 503
341(chain C and ((resid 5 and (name N or name...C4 - 503
351(chain C and ((resid 5 and (name N or name...C4 - 503
411(chain D and ((resid 5 and (name N or name...D5
421(chain D and ((resid 5 and (name N or name...D4 - 501
431(chain D and ((resid 5 and (name N or name...D4 - 501
441(chain D and ((resid 5 and (name N or name...D4 - 501
451(chain D and ((resid 5 and (name N or name...D4 - 501
511(chain E and (resid 5 through 22 or (resid 23...E5 - 22
521(chain E and (resid 5 through 22 or (resid 23...E23 - 24
531(chain E and (resid 5 through 22 or (resid 23...E5 - 502
541(chain E and (resid 5 through 22 or (resid 23...E5 - 502
551(chain E and (resid 5 through 22 or (resid 23...E5 - 502
561(chain E and (resid 5 through 22 or (resid 23...E5 - 502
611(chain F and ((resid 5 and (name N or name...F5
621(chain F and ((resid 5 and (name N or name...F4 - 503
631(chain F and ((resid 5 and (name N or name...F4 - 503
641(chain F and ((resid 5 and (name N or name...F4 - 503
651(chain F and ((resid 5 and (name N or name...F4 - 503

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要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Hemagglutinin


分子量: 60475.586 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 18-509 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Melbourne/1/1946(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Melbourne/1/1946(H1N1) / 遺伝子: HA / プラスミド: InvbX.18715.a / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: C7S1Y2

-
糖 , 2種, 17分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 660分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: K
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 644 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.5 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 uL 10.1 mg/mL SEC-purified InvbX.18715.a.KN11.PD38349 in 25 mM Tris, pH 8.5, 150 mM sodium chloride + 0.1 uL mother liquor (0.2 M potassium citrate, 20% PEG3350, 3% 1,5-pentanediol), ...詳細: 0.1 uL 10.1 mg/mL SEC-purified InvbX.18715.a.KN11.PD38349 in 25 mM Tris, pH 8.5, 150 mM sodium chloride + 0.1 uL mother liquor (0.2 M potassium citrate, 20% PEG3350, 3% 1,5-pentanediol), cryoprotection: mother liquor + 20% ethylene glycol, Crystal ID 308017b5, data set yxj7-1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月21日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→48.736 Å / Num. obs: 131565 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.256 % / Biso Wilson estimate: 46.927 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Rrim(I) all: 0.186 / Χ2: 0.974 / Net I/σ(I): 7.78 / Num. measured all: 691488 / Scaling rejects: 35
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.55-2.625.2841.0891.5251334974097150.5481.2199.7
2.62-2.695.3020.9461.7649968944194240.6351.0599.8
2.69-2.775.3050.7972.1448541916891500.7070.88499.8
2.77-2.855.3130.6532.647447895089300.7970.72599.8
2.85-2.945.3280.523.2446340870686980.8520.57799.9
2.94-3.055.3420.4353.8944764838683800.8880.48299.9
3.05-3.165.3320.3334.8942990807080620.9380.36999.9
3.16-3.295.3440.2666.0841556778377760.9590.29699.9
3.29-3.445.2960.217.4639470745674530.9770.233100
3.44-3.615.2790.1689.2137583712471200.9790.18799.9
3.61-3.85.2470.13610.7535904684968430.9870.15199.9
3.8-4.035.2080.11512.1433568644864450.990.128100
4.03-4.315.1730.09614.0131449608160790.9920.107100
4.31-4.665.1510.08515.628905562556110.9920.09599.8
4.66-5.15.1450.08315.7426683519551860.9940.09299.8
5.1-5.75.1590.08315.1324419474047330.9930.09399.9
5.7-6.585.1470.08614.8221397415941570.9920.096100
6.58-8.065.1530.07316.5618304355935520.9930.08299.8
8.06-11.45.0330.05519.2813781274427380.9960.06299.8
11.4-48.7364.6830.05519.527085156115130.9970.06396.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIXdev_3409精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6MYA

6mya


解像度: 2.55→48.736 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2459 1954 1.49 %
Rwork0.1912 129570 -
obs0.1921 131524 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 210.05 Å2 / Biso mean: 55.7642 Å2 / Biso min: 6.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.55→48.736 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22122 0 323 646 23091
Biso mean--89.94 42.21 -
残基数----2870
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A10647X-RAY DIFFRACTION10.049TORSIONAL
12B10647X-RAY DIFFRACTION10.049TORSIONAL
13C10647X-RAY DIFFRACTION10.049TORSIONAL
14D10647X-RAY DIFFRACTION10.049TORSIONAL
15E10647X-RAY DIFFRACTION10.049TORSIONAL
16F10647X-RAY DIFFRACTION10.049TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.5501-2.61380.311340.26592709404
2.6138-2.68450.3081410.259291079248
2.6845-2.76350.33371380.252292259363
2.7635-2.85270.31531180.241792349352
2.8527-2.95460.33221410.235792189359
2.9546-3.07290.31311710.233892329403
3.0729-3.21270.28161300.222892209350
3.2127-3.38210.2711240.195692499373
3.3821-3.59390.22741350.181792489383
3.5939-3.87130.23741460.171993169462
3.8713-4.26070.1771230.150792419364
4.2607-4.87670.18731580.140592859443
4.8767-6.14220.19521300.175593239453
6.1422-48.74540.25481650.199494029567
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3166-0.7231-1.40760.70950.82723.8745-0.1171-0.4649-0.12040.42830.18880.01930.27030.1746-0.01910.47560.0357-0.05410.33560.060.349421.5238-15.193653.8828
21.4401-0.0269-0.78531.89670.06342.97780.05110.1525-0.0929-0.08470.0099-0.0286-0.03990.0036-0.06350.22480.0068-0.09170.146-0.01350.297226.4793-15.39320.219
31.1536-0.1809-0.51890.60540.1111.4449-0.1805-0.7018-0.25030.39880.13590.19870.43940.13080.0680.76760.09690.03640.76920.13590.35427.0272-9.298480.205
41.27130.352-1.59150.7321-1.23057.92010.0785-0.06060.10550.2436-0.00340.2496-0.1349-0.7969-0.06660.3342-0.00250.00950.3256-0.01150.4437-16.359-1.451.8993
53.01370.3515-1.21681.2642-0.63193.2725-0.15130.5075-0.1299-0.1740.17160.0810.0906-0.237-0.02250.2450.0022-0.11570.3035-0.02710.3697-0.88714.830915.9745
60.8806-0.0245-0.74150.68520.09193.3001-0.0245-0.4291-0.06610.369-0.02570.2053-0.1207-0.4570.03540.50230.04560.04120.62620.03210.3504-13.35151.191574.0388
71.39930.3946-1.50840.4992-0.92432.24040.2963-0.31240.30860.4197-0.0450.1331-0.5082-0.0401-0.25560.4915-0.04880.02430.3672-0.12710.379417.387722.948152.5668
81.2963-0.1166-0.80131.17410.34533.10810.08960.01670.1378-0.0161-0.06350.0307-0.097-0.1109-0.02750.2467-0.0208-0.06580.1625-0.02790.335629.807618.900224.7881
91.04830.2044-0.73660.35120.07793.44040.1997-0.62540.21670.50940.01330.082-0.27790.2512-0.1910.74090.00860.07640.6442-0.10650.35865.112814.141975.828
100.63520.14520.60580.11670.11070.57050.1546-0.97150.3750.99440.16520.2235-0.91370.3983-0.13951.631-0.11080.26921.7258-0.22910.5311-1.272115.3315113.148
110.8568-0.0721-0.20290.5218-0.14043.5498-0.0543-0.23910.04240.03290.05810.1610.2992-0.401-0.01510.2528-0.0384-0.03090.2996-0.00770.357422.2124-51.143247.0369
123.12050.4972-3.61053.1115-1.35815.08210.04250.371-0.1677-0.0590.04190.18140.0056-0.474-0.08750.2934-0.0154-0.16560.2288-0.02650.304630.3644-46.7819.29
132.204-1.0088-0.63094.16260.9782.6618-0.11390.13230.0057-0.21620.1805-0.19240.04510.0173-0.08910.2461-0.0327-0.04510.15290.00370.238140.3717-47.753416.5799
145.54234.1591-3.61194.4696-4.17475.2556-0.104-0.59520.1132-0.0221-0.1316-0.15720.0115-0.02430.2060.21640.0832-0.01530.2551-0.08460.32322.126-45.023441.2662
150.76040.0639-0.98210.6802-0.89656.55250.0634-0.28560.11530.4893-0.13740.16240.0455-0.29530.03770.4472-0.06650.03710.6507-0.050.290821.2994-54.360767.8714
161.5276-0.9186-0.18423.2121.9091.2385-0.0319-0.1562-0.17130.95030.20350.614-0.6156-0.355-0.15431.0911-0.11590.26091.5214-0.06630.54377.2001-51.121995.8336
171.614-0.4669-2.14360.59740.83015.39340.1127-0.49940.21440.35550.12930.0543-0.215-0.3242-0.22660.4950.03630.07010.6568-0.05510.307728.1412-52.24372.5014
180.647-0.7011-0.49190.7580.52830.36970.0764-0.92880.47360.49320.173-0.02170.5514-0.362-0.19341.39360.15070.52122.0172-0.24230.61689.7708-46.167108.7773
190.48910.1217-1.66040.1854-0.21465.54920.3962-0.70340.49970.4383-0.06830.0288-0.42010.1023-0.27830.7449-0.04680.00120.7529-0.23990.459144.3468-35.741580.9163
202.0643-0.12540.02791.274-0.10251.8053-0.01080.12820.1389-0.07190.0048-0.0722-0.20290.07250.0020.2241-0.0662-0.03180.2754-0.05040.321966.5192-41.522931.2915
210.80210.1377-0.15250.4379-0.34722.65590.1755-0.70380.21650.5512-0.0227-0.067-0.32620.0178-0.12190.7717-0.0201-0.00980.8508-0.1710.323742.8247-43.613484.7473
220.6908-0.2739-0.2920.60390.96342.6274-0.0632-0.4303-0.21390.51940.2028-0.09320.82220.1587-0.09530.66890.1054-0.09030.48390.07490.406649.5109-75.710865.2108
231.7440.6364-0.12112.04840.15872.399-0.11460.1426-0.2032-0.10740.205-0.37050.00350.2821-0.080.2238-0.0021-0.05370.2125-0.07890.356754.9373-73.767625.2398
240.83990.0364-1.16880.28820.70744.6181-0.1948-0.6345-0.26340.61820.17190.03110.47570.06580.05660.81330.0816-0.04360.76070.0980.366643.4211-72.29880.05
252.9483.2204-3.90653.4611-4.36018.36530.21020.32120.29460.61910.48410.23440.1545-1.4315-0.63280.67950.0758-0.04470.5650.11660.387737.9046-67.625768.424
260.98950.2083-1.5080.8783-0.39314.98130.1659-0.6013-0.02150.79780.0014-0.05090.0778-0.0447-0.13820.8455-0.0747-0.01660.75430.04530.21238.3721-59.74981.0011
270.13370.01110.10830.1609-0.14060.2217-0.4948-0.8743-0.43510.9610.25010.42710.5485-0.34190.13521.9880.10210.45251.70360.40540.740824.0401-71.012113.987
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 117 )A4 - 117
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 118 through 269 )A118 - 269
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 270 through 492 )A270 - 492
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 2 through 83 )B2 - 83
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 84 through 280 )B84 - 280
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 281 through 486 )B281 - 486
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 4 through 117 )C4 - 117
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 118 through 284 )C118 - 284
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 285 through 458 )C285 - 458
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 459 through 492 )C459 - 492
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 4 through 117 )D4 - 117
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 118 through 162 )D118 - 162
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 163 through 254 )D163 - 254
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 255 through 284 )D255 - 284
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 285 through 337 )D285 - 337
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 338 through 366 )D338 - 366
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 367 through 461 )D367 - 461
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 462 through 491 )D462 - 491
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 5 through 48 )E5 - 48
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 49 through 269 )E49 - 269
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 270 through 492 )E270 - 492
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 4 through 83 )F4 - 83
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 84 through 269 )F84 - 269
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 270 through 366 )F270 - 366
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 367 through 403 )F367 - 403
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 404 through 461 )F404 - 461
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 462 through 492 )F462 - 492

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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