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- PDB-6osp: Crystal Structure Analysis of PIP4K2A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6osp
タイトルCrystal Structure Analysis of PIP4K2A
要素Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 alpha
キーワードTRANSFERASE / kinase / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


vesicle-mediated cholesterol transport / 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase / 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase activity / 1-phosphatidyl-1D-myo-inositol 4,5-bisphosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs in the nucleus / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase activity / autophagosome-lysosome fusion / positive regulation of autophagosome assembly / megakaryocyte development / PI5P Regulates TP53 Acetylation ...vesicle-mediated cholesterol transport / 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase / 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase activity / 1-phosphatidyl-1D-myo-inositol 4,5-bisphosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs in the nucleus / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase activity / autophagosome-lysosome fusion / positive regulation of autophagosome assembly / megakaryocyte development / PI5P Regulates TP53 Acetylation / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / photoreceptor outer segment / photoreceptor inner segment / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / autophagosome / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / lysosome / regulation of autophagy / protein homodimerization activity / nucleoplasm / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylinositol Phosphate Kinase Iibeta; Chain: A, domain 2 / 2-Layer Sandwich / Phosphatidylinositol Phosphate Kinase II Beta / Phosphatidylinositol Phosphate Kinase II Beta / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, core / : / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, N-terminal / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-Kinase / Phosphatidylinositol phosphate kinase (PIPK) domain profile. ...Phosphatidylinositol Phosphate Kinase Iibeta; Chain: A, domain 2 / 2-Layer Sandwich / Phosphatidylinositol Phosphate Kinase II Beta / Phosphatidylinositol Phosphate Kinase II Beta / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, core / : / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, N-terminal / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-Kinase / Phosphatidylinositol phosphate kinase (PIPK) domain profile. / Phosphatidylinositol phosphate kinases / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-N51 / Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Seo, H.-S. / Dhe-Paganon, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2020
タイトル: Targeting the PI5P4K Lipid Kinase Family in Cancer Using Covalent Inhibitors.
著者: Sivakumaren, S.C. / Shim, H. / Zhang, T. / Ferguson, F.M. / Lundquist, M.R. / Browne, C.M. / Seo, H.S. / Paddock, M.N. / Manz, T.D. / Jiang, B. / Hao, M.F. / Krishnan, P. / Wang, D.G. / Yang, ...著者: Sivakumaren, S.C. / Shim, H. / Zhang, T. / Ferguson, F.M. / Lundquist, M.R. / Browne, C.M. / Seo, H.S. / Paddock, M.N. / Manz, T.D. / Jiang, B. / Hao, M.F. / Krishnan, P. / Wang, D.G. / Yang, T.J. / Kwiatkowski, N.P. / Ficarro, S.B. / Cunningham, J.M. / Marto, J.A. / Dhe-Paganon, S. / Cantley, L.C. / Gray, N.S.
履歴
登録2019年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 alpha
B: Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,7136
ポリマ－90,4662
非ポリマー1,2474
水4,035224
1
A: Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8573
ポリマ－45,2331
非ポリマー6242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8573
ポリマ－45,2331
非ポリマー6242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3380 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area29920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.190, 98.680, 105.120
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.660, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 alpha / 1-phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase 2-alpha / Diphosphoinositide kinase 2-alpha / PIP5KIII ...1-phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase 2-alpha / Diphosphoinositide kinase 2-alpha / PIP5KIII / Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type II alpha / PIP4KII-alpha / PtdIns(4)P-5-kinase B isoform / PtdIns(4)P-5-kinase C isoform / PtdIns(5)P-4-kinase isoform 2-alpha


分子量: 45233.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIP4K2A, PIP5K2, PIP5K2A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P48426, 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase
#2: 化合物 ChemComp-N51 / 4-{[(2E)-4-(dimethylamino)but-2-enoyl]amino}-N-(3-{[6-(1H-indol-3-yl)pyrimidin-4-yl]amino}phenyl)benzamide


分子量: 531.608 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C31H29N7O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 20% PEG 3350, 200mM Malic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→46.32 Å / Num. obs: 44869 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 38.865 Å2 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 168656
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.21-2.253.81.3828021930.6061.18199
5.99-46.333.640844423180.0130.02599.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.15.2_3472精密化
XDSデータ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YBX

2ybx


解像度: 2.21→44.648 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2253 2331 5.2 %
Rwork0.1773 42504 -
obs0.1798 44835 99.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 133.45 Å2 / Biso mean: 55.1703 Å2 / Biso min: 27.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.21→44.648 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5093 0 108 224 5425
Biso mean--73.84 51.71 -
残基数----630
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.21-2.25510.37051350.33172424255999
2.2551-2.30420.36411420.292478262099
2.3042-2.35770.37011300.25112500263099
2.3577-2.41670.25041430.23552461260499
2.4167-2.4820.29671270.2342517264499
2.482-2.55510.30731210.22124882609100
2.5551-2.63750.30321310.21972517264899
2.6375-2.73180.31411420.22122486262899
2.7318-2.84120.28131190.216725032622100
2.8412-2.97040.27961570.208324962653100
2.9704-3.1270.23491300.187325182648100
3.127-3.32290.2321310.189525082639100
3.3229-3.57930.24391190.178725292648100
3.5793-3.93930.21661720.151424822654100
3.9393-4.50890.17471530.134825202673100
4.5089-5.67890.16311530.130525042657100
5.6789-44.65730.17451260.15692573269999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.96770.8794-0.332.16420.17472.1702-0.2134-0.33570.22710.64140.02330.13040.2763-0.107-0.00310.63950.03850.01680.7156-0.0320.5789-45.6423-11.794154.8955
22.5742-1.4894-0.71521.3771-0.83813.22780.165-0.2393-0.51590.35360.1909-0.95730.34940.87190.18150.4542-0.0291-0.04260.575-0.10460.4109-36.4717-11.980850.6329
33.4283-0.5510.54730.88280.35565.9736-0.1069-0.22650.16090.10750.2014-0.3173-0.56530.3561-0.00610.48060.016-0.00450.5814-0.02340.4024-38.6882-6.259449.9233
40.6464-0.35740.43420.2538-0.3630.56160.2031-0.719-0.211.0642-0.39890.87590.9822-0.8493-0.00170.7574-0.11240.04040.86190.17620.7171-47.8307-19.610656.6472
50.6150.2201-0.07621.5595-0.16821.29210.2146-0.6088-0.11450.2028-0.14460.08790.0432-0.4551-0.00030.41230.04260.03310.4855-0.00060.4525-39.5306-9.69755.6966
60.80280.0801-0.89651.3652-0.65532.2926-0.0335-0.1685-0.1853-0.0288-0.0893-0.15260.17450.08270.00040.41720.00770.00280.4178-0.00730.422-29.2821-14.07675.1619
72.2516-0.0554-0.82822.259-1.87561.87830.14460.10870.42470.2595-0.09950.1043-0.2528-0.3530.00240.42610.0269-0.02220.4807-0.00170.4152-36.7027-2.2668-1.3817
82.12750.455-0.28081.6997-0.20683.1991-0.08850.3664-0.0826-0.1234-0.0119-0.12560.22830.0235-0.00070.3964-0.00440.01660.2992-0.01450.3964-27.5875-9.8283-9.1731
91.9211-0.1018-0.01792.6703-1.81163.6251-0.10970.3206-0.1351-0.2329-0.04050.19460.1503-0.2542-0.00270.3807-0.0118-0.00690.3325-0.07240.4007-33.924-6.4541-14.8127
101.7947-1.0209-0.27161.5461-0.72641.4009-0.19090.50540.0403-0.26440.01160.8959-0.1527-0.85770.00490.66740.0122-0.07170.6774-0.02570.5545-38.07650.8935-30.3098
112.9799-0.0540.84652.024-0.65863.319-0.25020.10680.1786-0.2507-0.0041-0.2732-0.36990.0868-0.00670.43060.0063-0.01120.3897-0.04510.3767-25.62171.1412-22.5748
124.3919-0.8930.12631.6901-1.79065.5811-0.1410.0877-0.14390.0725-0.19740.1445-0.2867-0.2017-0.02080.3945-0.0031-0.02210.3844-0.010.4376-31.77682.134-19.9177
130.96660.62440.46650.46410.05321.21850.37771.29270.2019-1.1397-0.5053-0.85870.46390.5636-0.01030.63320.00640.03310.70830.02290.5475-21.8594-5.3811-31.0681
140.92920.0155-0.39281.1195-0.16281.15750.31110.41480.3451-0.3112-0.2975-0.3613-0.00370.5055-0.00080.4089-0.03070.00170.47260.07180.4754-30.1156-11.944420.5565
150.84840.3595-1.03721.0938-0.1423.00520.02170.14980.0605-0.0124-0.10450.11330.2338-0.3364-0.00010.4024-0.01860.00170.40390.03490.437-40.2785-16.428119.5826
163.0161.0146-0.74981.92410.08083.5022-0.0822-0.2510.01050.1085-0.0788-0.10140.04520.04360.00030.39580.0028-0.02020.38570.0190.4021-39.1838-13.651632.9259
172.38950.8134-0.25481.5701-0.12262.9045-0.0221-0.46830.01560.109-0.11140.00760.0517-0.0173-0.00050.3711-0.0029-0.01230.41680.01260.398-37.4831-14.148735.6796
180.2711-0.30120.1070.65720.49951.22480.0759-0.5146-0.44540.0722-0.1753-1.1420.67010.9019-0.0040.76350.1409-0.06680.95140.07910.9143-29.603-19.286854.3366
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 235 through 269 )B235 - 269
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 270 through 288 )B270 - 288
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 289 through 389 )B289 - 389
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 390 through 405 )B390 - 405
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 28 through 54 )A28 - 54
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 55 through 104 )A55 - 104
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 105 through 133 )A105 - 133
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 134 through 168 )A134 - 168
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 169 through 224 )A169 - 224
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 225 through 248 )A225 - 248
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 249 through 288 )A249 - 288
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 289 through 389 )A289 - 389
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 390 through 405 )A390 - 405
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 28 through 54 )B28 - 54
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 55 through 104 )B55 - 104
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 105 through 168 )B105 - 168
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 169 through 207 )B169 - 207
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 208 through 234 )B208 - 234

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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