PDB-6os3: Crystal structure of native CymD prenyltransferase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6os3

タイトル

Crystal structure of native CymD prenyltransferase

要素

CymD prenyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / prenyltransferase / tryptophan / indole / biosynthesis

機能・相同性

Aromatic prenyltransferase, DMATS-type / Tryptophan dimethylallyltransferase / Aromatic prenyltransferase / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / alkaloid metabolic process / metal ion binding / Aromatic prenyltransferase, DMATS type

機能・相同性情報

生物種

Salinispora arenicola (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Roose, B.W. / Christianson, D.W.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Structural Basis of Tryptophan Reverse N-Prenylation Catalyzed by CymD.
著者: Roose, B.W. / Christianson, D.W.

履歴

登録	2019年5月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6os3.cif.gz	291.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6os3.ent.gz	233.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6os3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6os3_validation.pdf.gz	333.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6os3_full_validation.pdf.gz	334.9 KB	表示
XML形式データ	6os3_validation.xml.gz	1.7 KB	表示
CIF形式データ	6os3_validation.cif.gz	12.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/6os3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/6os3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6os5C 6os6SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4uzj-2 6zeh-1 4uyz-3 3f9c-2 4uzj-1 4j94-d 3opk-d 2x1e-1 3d5e-1 6zei-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CymD prenyltransferase

B: CymD prenyltransferase

ヘテロ分子

82.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CymD prenyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
41.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CymD prenyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	157.690, 157.690, 56.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

#1: タンパク質	CymD prenyltransferase 分子量: 41064.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salinispora arenicola (strain CNS-205) (バクテリア) 株: CNS-205 / 遺伝子: Sare_4565 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A8M6W6
#2: 化合物	ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル] 分子量: 282.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₂₆N₂O₆ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 649 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.45 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 4% 2-propanol, 0.1 M bis-tris propane (pH 9.0), 20% PEG monomethyl ether 5000 PH範囲: 7.4-9.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9195 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9195 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→55.75 Å / Num. obs: 76243 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 15.9 % / B_iso Wilson estimate: 16.92 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.232 / R_pim(I) all: 0.06 / R_rim(I) all: 0.24 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 1209693 / Scaling rejects: 27

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.7-1.73	16	1.118	64095	4005	0.742	0.284	1.154	2.9	100
9-55.75	16.7	0.114	9464	568	0.993	0.029	0.118	19.1	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 6OS6

6os6

解像度: 1.7→55.75 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.54

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2081	1996	2.62 %
R_work	0.1666	-	-
obs	0.1677	76236	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 79.21 Å² / B_iso mean: 23.6751 Å² / B_iso min: 7.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.7→55.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5245	0	110	649	6004
B_iso mean	-	-	29.81	32.13	-
残基数	-	-	-	-	694

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.7-1.7425	0.2616	142	0.2411	5303	5445
1.7425-1.7896	0.2844	139	0.2276	5220	5359
1.7896-1.8423	0.2315	145	0.2134	5311	5456
1.8423-1.9018	0.2173	143	0.1897	5243	5386
1.9018-1.9697	0.2059	144	0.1803	5275	5419
1.9697-2.0486	0.2093	145	0.1701	5263	5408
2.0486-2.1418	0.2152	139	0.1665	5295	5434
2.1418-2.2548	0.1798	147	0.1657	5316	5463
2.2548-2.396	0.2241	141	0.1634	5266	5407
2.396-2.581	0.2073	144	0.1703	5302	5446
2.581-2.8408	0.2368	140	0.1726	5310	5450
2.8408-3.2518	0.2107	144	0.1637	5325	5469
3.2518-4.0967	0.1936	143	0.1461	5351	5494
4.0967-55.7818	0.1789	140	0.1454	5460	5600

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7587	-0.3743	-0.1852	0.6658	-0.1711	1.3666	0.0603	0.0185	0.1183	-0.0375	0.0474	-0.0541	-0.0731	-0.0008	-0.0845	0.0938	-0.0035	-0.0008	0.071	0.0016	0.1712	-28.2585	23.3263	-5.1273
2	1.2882	-0.2398	0.1124	0.4122	-0.2027	1.6118	0.0274	0.1072	0.1293	-0.1471	-0.0219	-0.0399	0.0412	0.1527	0.0081	0.1401	-0.0152	0.0094	0.0966	0.0023	0.1734	-10.664	22.9091	-9.4003
3	1.6302	0.1221	0.3474	1.8015	0.4962	0.9938	0.0171	-0.1901	0.0312	0.0514	0.0002	0.0281	-0.0542	-0.0162	-0.0204	0.1099	0.0011	0.0277	0.1151	-0.0037	0.0586	-26.7006	60.4366	-21.1808
4	2.2429	-0.0019	-0.0642	2.5724	-0.4494	2.0993	0.0357	0.2101	-0.0815	-0.2401	-0.0327	0.0419	0.066	-0.0341	-0.0046	0.1009	0.0081	0.0044	0.1044	-0.0172	0.0753	-26.6051	51.9794	-36.389
5	2.1044	-1.3482	-0.9305	2.2412	0.823	2.0486	0.0982	0.2677	0.0113	-0.2624	-0.0733	-0.0778	-0.0307	0.0566	-0.0242	0.0988	-0.0087	0.0042	0.1452	-0.0058	0.0853	-15.945	52.5683	-39.5401
6	2.25	0.483	-0.2236	0.6341	0.3368	1.9201	0.0528	0.2712	0.1834	-0.1369	-0.0161	-0.1023	0.0311	0.1125	-0.0183	0.1249	0.0024	0.0445	0.1235	0.0183	0.1198	-6.4705	53.2899	-37.5609
7	1.8151	0.1317	-0.9562	1.365	-0.1379	2.6039	0.0002	-0.2209	0.0343	0.0816	0.0496	-0.2467	0.001	0.2443	-0.0553	0.0913	0.0147	-0.0102	0.1486	-0.0132	0.1251	-0.8862	55.6171	-25.0495
8	2.0581	-0.9117	-0.2337	4.3319	1.3239	2.2527	-0.0439	-0.3832	0.3184	0.0299	0.0698	-0.4093	0.0742	0.2065	-0.047	0.1476	-0.0067	-0.01	0.2439	-0.0623	0.1324	-9.3978	65.8139	-10.6681
9	2.1449	0.4647	0.0203	2.3901	-0.0755	1.9971	-0.0225	-0.1606	-0.0199	0.0578	0.058	-0.0639	0.0532	-0.029	-0.0696	0.1321	0.0076	-0.0008	0.1384	-0.0182	0.0819	-13.0206	58.7124	-16.8696

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 155 )	A	5 - 155
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 156 through 354 )	A	156 - 354
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 5 through 80 )	B	5 - 80
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 81 through 137 )	B	81 - 137
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 138 through 172 )	B	138 - 172
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 173 through 216 )	B	173 - 216
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 217 through 283 )	B	217 - 283
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 284 through 312 )	B	284 - 312
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 313 through 348 )	B	313 - 348

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