PDB-4j94: Crystal structure of MycP1 from the ESX-1 type VII secretion system

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4j94

タイトル

Crystal structure of MycP1 from the ESX-1 type VII secretion system

要素

Membrane-anchored mycosin mycp1

キーワード

HYDROLASE / Subtilisin-like / Protease / secretion system

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / protein processing / serine-type endopeptidase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.857 Å

データ登録者

Solomonson, M. / Wasney, G.A. / Watanabe, N. / Gruninger, R.J. / Prehna, G. / Strynadka, N.C.J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structure of the Mycosin-1 Protease from the Mycobacterial ESX-1 Protein Type VII Secretion System.
著者: Solomonson, M. / Huesgen, P.F. / Wasney, G.A. / Watanabe, N. / Gruninger, R.J. / Prehna, G. / Overall, C.M. / Strynadka, N.C.

履歴

登録	2013年2月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月19日	Group: Database references
改定 1.2	2013年7月3日	Group: Database references
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4j94.cif.gz	158.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4j94.ent.gz	122.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4j94.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/4j94 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/4j94	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4kpgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4kpg-d 5hxh-2 6cw5-d 2bz6-d 6a1r-d 4hvl-d 5jdm-d 3opk-d 5jdn-d 3hqy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (5) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Membrane-anchored mycosin mycp1

42.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.490, 77.290, 84.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Membrane-anchored mycosin mycp1 / Peptidase S8 and S53 / subtilisin / kexin / sedolisin 分子量: 42618.309 Da / 分子数: 1 / 断片: 24-407 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_0083, MSMEI_0081 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QNL1, subtilisin
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.77 詳細: 0.1M Bis-Tris propane 0.18 M sodium thiocyanate 26% PEG 3350, pH 6.77, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 77 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.97895 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97895 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.581→47.04 Å / Num. obs: 27671 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5 % / R_sym value: 0.07 / Net I/σ(I): 13.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.25-2.37	5	0.206	3.6	15874	3177	0.206	100
2.37-2.52	5	0.156	4.6	15017	3011	0.156	100
2.52-2.69	5	0.111	6.5	14238	2850	0.111	100
2.69-2.9	5	0.091	7.4	13043	2616	0.091	100
2.9-3.18	5	0.078	8.3	12274	2459	0.078	100
3.18-3.56	5	0.053	11.7	10987	2200	0.053	99.9
3.56-4.11	5	0.065	8.6	9815	1982	0.065	99.9
4.11-5.03	4.9	0.07	8.2	8247	1669	0.07	99.8
5.03-7.12	4.9	0.047	11.5	6372	1302	0.047	99.3
7.12-47.04	4.6	0.042	13.5	3485	761	0.042	98.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	dev_1284	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
DNA		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.857→37.218 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.42 / FOM work R set: 0.8861 / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1913	1389	5.02 %	RANDOM
R_work	0.1553	-	-	-
all	0.1571	27715	-	-
obs	0.1571	27657	86.2 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 72.93 Å² / B_iso mean: 17.3995 Å² / B_iso min: 3.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.857→37.218 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2718	0	0	421	3139

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2812
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.106	3872
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	440
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	533
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.377	1010

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.857-1.9234	0.2722	117	0.2264	2175	2292	82
1.9234-2.0004	0.2134	113	0.1653	2126	2239	73
2.0004-2.0914	0.2231	126	0.1516	2373	2499	78
2.0914-2.2016	0.1854	156	0.1475	2979	3135	100
2.2016-2.3396	0.2059	125	0.1484	2325	2450	77
2.3396-2.5202	0.1829	158	0.1522	3021	3179	100
2.5202-2.7737	0.186	136	0.1524	2556	2692	84
2.7737-3.1749	0.1659	161	0.1556	3059	3220	100
3.1749-3.9993	0.189	126	0.1451	2429	2555	78
3.9993-37.225	0.1797	171	0.1534	3225	3396	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0011	-0.6641	-0.4981	1.0929	0.8253	1.4171	0.07	0.0009	0.0013	-0.1019	0.0623	-0.1136	-0.019	0.1651	-0.1647	0.111	-0.0223	0.0222	0.1546	-0.0246	0.1366	3.7547	1.4375	-5.3636
2	1.3679	-0.2008	0.1296	1.1172	0.2978	0.9176	0.041	0.1068	0.1483	-0.125	-0.1311	0.1992	-0.0841	-0.1588	0.0706	0.0859	0.0088	-0.0094	0.1139	-0.0066	0.1246	-26.4172	3.8131	-15.9477
3	1.8903	0.3524	0.5428	0.4177	0.1135	0.9266	0.0164	-0.1004	0.0377	0.0286	-0.0316	0.035	-0.0228	-0.045	0.0051	0.0972	-0.0096	0.013	0.0728	-0.017	0.0698	-14.428	0.7999	-3.8731
4	1.4599	-0.0418	0.0715	0.9325	0.2411	1.0672	0.0236	-0.0256	0.2583	-0.0129	0.0849	-0.1549	-0.0831	0.1555	-0.0345	0.0709	0.001	0.011	0.0928	-0.0292	0.0973	7.5317	3.5057	-6.0318
5	2.9958	1.8587	-0.6851	2.9789	-1.1318	1.3741	0.0162	0.1008	0.1157	0.0343	0.0667	-0.0422	-0.116	0.0259	-0.0779	0.1119	-0.0023	-0.0018	0.0522	-0.0151	0.0283	1.9976	2.2916	-14.2082
6	1.2933	-0.3545	-0.026	1.476	-0.9854	1.4237	-0.0247	0.0554	0.0545	0.0512	0.005	-0.0315	0.0425	0.0786	0.0136	0.0477	-0.0045	-0.0154	0.0667	-0.0254	0.0461	-0.7854	-1.8343	-15.8031
7	0.9017	0.4787	0.2516	1.2338	0.1615	0.8314	-0.1376	0.5074	-0.0037	-0.2525	0.15	-0.0289	-0.2014	0.1703	-0.0116	0.1186	-0.0542	0.005	0.1684	0.0186	0.0911	-2.0536	6.6035	-27.0808
8	1.1557	-0.1306	-0.257	0.4958	0.2172	0.8753	0.0381	-0.0022	0.0661	0.0104	-0.0112	0.0017	-0.0204	-0.0087	0.0055	0.0535	0.0006	-0.003	0.0423	0.0055	0.0438	-15.0998	1.7063	-16.8905
9	1.6172	0.2836	-0.0757	2.0378	0.0588	1.2595	-0.009	0.1119	-0.0672	-0.1196	0.0067	-0.0615	0.0924	0.1228	-0.0101	0.0783	-0.0061	-0.0121	0.1042	0.004	0.0411	-12.2583	-5.1753	-29.9299

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 24 through 52 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 53 through 86 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 87 through 162 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 163 through 193 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 194 through 215 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 216 through 246 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 247 through 293 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 294 through 365 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 366 through 403 )	A

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