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Yorodumi- PDB-6cw5: Crystal structure of Ribokinase from Cryptococcus neoformans var.... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6cw5 | ||||||
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Title | Crystal structure of Ribokinase from Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A | ||||||
Components | Ribokinase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / SSGCID / Cryptococcus neoformans / Ribokinase / phosphorylation / ATP / ADP / D-ribose / D-ribose 5-phosphate / structural genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information ribokinase / ribokinase activity / D-ribose catabolic process / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: to be published Title: Crystal structure of Ribokinase from Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A Authors: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6cw5.cif.gz | 137.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6cw5.ent.gz | 104.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6cw5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/6cw5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/6cw5 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4xdaS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 35086.723 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: CrneC.01141.a.B12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (strain H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487) (fungus) Strain: H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487 / Gene: CNAG_02296 / Plasmid: CrneC.01141.a.B12 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: J9VQ51, ribokinase |
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#2: Chemical | ChemComp-GOL / |
#3: Chemical | ChemComp-PO4 / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 43 % |
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Crystal grow | Temperature: 285 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: Molecular Dimensions Morpheus screen, E9: 10% PEG 20.000, 20% PEG MME 550: 30mM of each diethyleneglycol, triethyleneglycol, tetraethyleneglycol, pentaethyleneglycol: 100mM Bicine/Trizma ...Details: Molecular Dimensions Morpheus screen, E9: 10% PEG 20.000, 20% PEG MME 550: 30mM of each diethyleneglycol, triethyleneglycol, tetraethyleneglycol, pentaethyleneglycol: 100mM Bicine/Trizma base pH 8.5: CrneC.01141.a.B12.PW38396 at 19.46mg/ml: cryo: direct: tray 297317e9: puck rdz7-2: |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Mar 22, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→35.88 Å / Num. obs: 28288 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5.857 % / Biso Wilson estimate: 24.29 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rrim(I) all: 0.07 / Χ2: 0.998 / Net I/σ(I): 15.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: pdb entry 4xda, per Morda Resolution: 1.8→35.88 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 19.38
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 105.63 Å2 / Biso mean: 34.2815 Å2 / Biso min: 12.27 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.8→35.88 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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