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万見
- PDB-6op6: Structure of VIM-20 in the reduced state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6op6
タイトルStructure of VIM-20 in the reduced state
要素Metallo-beta-lactamase VIM-20
キーワードHYDROLASE / metallo-beta-lactamase
機能・相同性Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase VIM-20
機能・相同性情報
生物種Enterobacter cloacae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Page, R.C. / Shurina, B.A. / Montgomery, J.S. / Orischak, M.G. / Nix, J.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM128595 米国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2019
タイトル: A Single Salt Bridge in VIM-20 Increases Protein Stability and Antibiotic Resistance under Low-Zinc Conditions.
著者: Cheng, Z. / Shurina, B.A. / Bethel, C.R. / Thomas, P.W. / Marshall, S.H. / Thomas, C.A. / Yang, K. / Kimble, R.L. / Montgomery, J.S. / Orischak, M.G. / Miller, C.M. / Tennenbaum, J.L. / Nix, ...著者: Cheng, Z. / Shurina, B.A. / Bethel, C.R. / Thomas, P.W. / Marshall, S.H. / Thomas, C.A. / Yang, K. / Kimble, R.L. / Montgomery, J.S. / Orischak, M.G. / Miller, C.M. / Tennenbaum, J.L. / Nix, J.C. / Tierney, D.L. / Fast, W. / Bonomo, R.A. / Page, R.C. / Crowder, M.W.
履歴
登録2019年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallo-beta-lactamase VIM-20
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1045
ポリマ－25,8851
非ポリマー2194
水3,531196
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.460, 74.256, 78.693
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-417-

HOH

21A-419-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Metallo-beta-lactamase VIM-20


分子量: 25884.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア)
遺伝子: blaVIM-20 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A344X7M2
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M magnesium chloride and 20 % (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2019年3月23日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→39.35 Å / Num. obs: 360182 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 15 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 1.25→1.26 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 5174 / CC1/2: 0.5 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NQ2

4nq2


解像度: 1.25→39.346 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.27
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2085 3565 3.55 %Random selection
Rwork0.1835 ---
obs0.1844 100324 99.31 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→39.346 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1764 0 4 196 1964
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051834
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7912518
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.0511015
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077290
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004335
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.25-1.26710.37131310.35033706X-RAY DIFFRACTION95
1.2671-1.28520.35491330.33873813X-RAY DIFFRACTION96
1.2852-1.30440.33151580.32953818X-RAY DIFFRACTION99
1.3044-1.32480.3281370.32473730X-RAY DIFFRACTION98
1.3248-1.34650.31121460.30283935X-RAY DIFFRACTION100
1.3465-1.36980.29631350.28443920X-RAY DIFFRACTION100
1.3698-1.39470.25671320.273856X-RAY DIFFRACTION100
1.3947-1.42150.30551370.26573889X-RAY DIFFRACTION100
1.4215-1.45050.29531530.24493858X-RAY DIFFRACTION100
1.4505-1.4820.23691310.23653890X-RAY DIFFRACTION100
1.482-1.51650.24861390.22793906X-RAY DIFFRACTION100
1.5165-1.55440.22331500.21323857X-RAY DIFFRACTION100
1.5544-1.59650.25951290.20823902X-RAY DIFFRACTION100
1.5965-1.64350.19731470.20283909X-RAY DIFFRACTION100
1.6435-1.69650.23821540.19473924X-RAY DIFFRACTION100
1.6965-1.75710.24231460.19943867X-RAY DIFFRACTION100
1.7571-1.82750.20591540.19133872X-RAY DIFFRACTION100
1.8275-1.91070.19121400.18543925X-RAY DIFFRACTION100
1.9107-2.01140.1791420.18443859X-RAY DIFFRACTION100
2.0114-2.13740.17331520.1713868X-RAY DIFFRACTION100
2.1374-2.30240.19421470.17063902X-RAY DIFFRACTION100
2.3024-2.53410.18851260.17033903X-RAY DIFFRACTION100
2.5341-2.90070.18821480.17483913X-RAY DIFFRACTION100
2.9007-3.65410.18941480.15083859X-RAY DIFFRACTION100
3.6541-39.3660.18951500.13743878X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.77290.97981.47794.99040.21654.31970.1528-0.3531-0.66890.29240.20030.06250.35170.1425-0.17960.27820.0251-0.03830.15080.070.2174-8.0918-33.4333-2.7999
22.6722-1.19681.55422.5157-0.94554.3213-0.0118-0.1474-0.1980.10730.11980.01330.1162-0.2373-0.07680.1578-0.0151-0.00930.08950.02030.1137-14.6666-28.0218-9.9596
37.23912.5675-1.74276.5624-0.812.3581-0.0169-0.0069-0.42730.0390.13380.1320.5396-0.0482-0.07710.26480.002-0.06180.0862-0.0030.1952-12.0121-35.7546-15.3072
41.46260.02840.42931.89450.57162.43130.02030.00940.0314-0.09250.01830.0221-0.0561-0.1397-0.04660.110.0121-0.0030.0880.01350.0763-16.1527-17.323-17.4659
51.92173.417-3.46196.7042-7.2718.4740.0328-0.2335-0.09270.2436-0.3054-0.482-0.15430.50080.23010.23660.0089-0.01280.1695-0.01730.1613-7.7223-13.575-1.2212
62.24670.6358-0.01372.43730.61223.56570.1151-0.14470.1090.1657-0.17130.0913-0.1564-0.4610.04440.17130.02750.02480.1779-0.01750.0876-16.8669-11.6030.5469
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 32 through 44 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 45 through 88 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 89 through 102 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 103 through 199 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 200 through 215 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 216 through 266 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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