PDB-5n5h: Crystal structure of metallo-beta-lactamase VIM-1 in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5n5h

タイトル

Crystal structure of metallo-beta-lactamase VIM-1 in complex with ML302F inhibitor

要素

Beta-lactamase VIM-1

キーワード

HYDROLASE / lactamase / inhibitor / carbapenemase

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Salimraj, R. / Hinchliffe, P. / Spencer, J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of VIM-1 complexes explain active site heterogeneity in VIM-class metallo-beta-lactamases.
著者: Salimraj, R. / Hinchliffe, P. / Kosmopoulou, M. / Tyrrell, J.M. / Brem, J. / van Berkel, S.S. / Verma, A. / Owens, R.J. / McDonough, M.A. / Walsh, T.R. / Schofield, C.J. / Spencer, J.

履歴

登録	2017年2月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月27日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5n5h.cif.gz	146.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5n5h.ent.gz	115.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5n5h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/5n5h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/5n5h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5n5gSC 5n5iC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6tgi-2 4bz3-1 6hf5-d 6op6-d 5k48-2 6tma-2 6v1p-1 4pvo-1 6j8r-d 6xbe-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase VIM-1

ヘテロ分子

27.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.684, 67.652, 40.217
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.36, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Beta-lactamase VIM-1 / Class B carbapenemase VIM-1 / Metallo-beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase VIM-1 / Metallobeta- ...Class B carbapenemase VIM-1 / Metallo-beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase VIM-1 / Metallobeta-lactamase / VIM-1 / VIM-1 metallo-beta lactamase / VIM-1 metallo-beta-lactamase / VIM-1 protein 分子量: 26898.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: blaVIM, blaVIM-1 / プラスミド: pOPINE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q9XAY4
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-S3C / (2Z)-2-sulfanyl-3-(2,3,6-trichlorophenyl)prop-2-enoic acid / (Z)-2-メルカプト-3-(2,3,6-トリクロロフェニル)アクリル酸分子量: 283.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₅Cl₃O₂S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.7 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.02 M Na-formate, 0.02 M NH4-acetate, 0.02 M Na3-citrate, 0.02 M NaK-tartrate, 0.02 M Na-oxamate, 0.1 M Morpheus (42) Buffer 1 pH 6.5, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% w/v PEG 1000 and 12.5% w/v MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→28.582 Å / Num. obs: 52058 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 21.5
反射シェル	解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.446 / Mean I/σ(I) obs: 7.9 / CC_1/2: 0.881 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5N5G

5n5g

解像度: 1.3→28.582 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 16.7

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1678	2684	5.16 %
R_work	0.1545	-	-
obs	0.1552	52032	99.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→28.582 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1749	0	17	237	2003

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.02	1838
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.675	2523
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.092	655
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.103	287
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	334

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.3236	0.3086	127	0.2916	2579	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3236-1.3491	0.2886	119	0.2681	2585	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3491-1.3766	0.297	129	0.2493	2585	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3766-1.4066	0.2242	145	0.2148	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4066-1.4393	0.2016	161	0.1961	2566	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4393-1.4753	0.2052	122	0.1841	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4753-1.5152	0.1775	141	0.171	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5152-1.5597	0.1718	142	0.1644	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5597-1.6101	0.1739	136	0.1637	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6101-1.6676	0.1482	145	0.1623	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6676-1.7344	0.1692	156	0.1547	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7344-1.8133	0.1574	141	0.1455	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8133-1.9089	0.1614	167	0.1445	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9089-2.0285	0.1341	162	0.1376	2564	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0285-2.185	0.1392	137	0.1284	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.185-2.4048	0.1581	146	0.1323	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4048-2.7526	0.1672	120	0.1365	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7526-3.467	0.1579	148	0.1415	2599	X-RAY DIFFRACTION	99
3.467-28.582	0.1497	140	0.1344	2665	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4836	0.6888	-0.6239	1.8651	-0.6735	2.1272	-0.1065	0.149	-0.4442	-0.2505	-0.0686	-0.3825	0.3428	0.2189	0.1289	0.1064	0.0286	0.049	0.1529	0.0286	0.2045	-3.9442	-10.5482	-9.0139
2	2.438	1.8464	-0.1212	4.5362	-0.1226	1.8141	0.01	-0.0659	-0.0615	-0.0487	-0.0955	-0.0812	0.1333	-0.0213	0.0395	0.0302	0.0094	0.0077	0.0582	0.0075	0.0521	-11.2707	-9.7029	-5.1462
3	0.8285	-1.1603	0.0466	2.5176	0.6427	3.5034	-0.0946	-0.0982	-0.0167	0.0611	0.0709	-0.1855	-0.0647	0.2563	-0.0076	0.0282	0.0052	0.0027	0.0778	0.011	0.0621	-10.6296	-3.2272	2.0328
4	6.416	2.5664	-0.113	4.6072	0.3085	2.2252	0.0277	-0.0801	-0.0683	-0.0433	-0.0969	-0.3707	0.0959	0.323	0.0664	0.0535	0.0299	0.0078	0.1074	0.0418	0.1112	-3.9938	-10.6059	3.531
5	1.4564	-0.1543	0.0064	1.2394	-0.1876	1.0401	-0.014	-0.0606	0.0251	0.0342	-0.0136	-0.0826	0.0469	0.1184	0.0219	0.0399	0.0076	0.0065	0.0721	0.0046	0.0526	-15.1745	-5.0415	2.1056
6	3.0456	0.0439	0.8291	2.9545	-0.5726	2.1809	0.0182	-0.1239	-0.0715	0.2382	0.0156	0.155	0.0771	0.0013	-0.0128	0.0831	0.0065	0.0293	0.0602	-0.0054	0.0362	-22.3699	-5.6354	7.634
7	1.219	-0.5627	0.7445	2.5681	-2.2394	2.8892	-0.0718	-0.0314	0.0266	0.0777	0.028	0.1512	-0.0718	-0.169	0.0383	0.0766	0.0134	0.0164	0.0799	-0.0162	0.0761	-25.6966	0.4973	3.5493
8	1.8798	0.417	1.4443	1.7793	1.0431	2.7077	-0.0974	-0.0732	0.1601	-0.0419	0.0186	0.1361	-0.1401	-0.1088	0.0505	0.0373	0.0121	0.0114	0.0482	-0.0052	0.0523	-22.876	3.6222	-4.3066
9	1.899	-0.0832	-0.1014	1.6544	-0.1843	2.2144	-0.0059	0.0932	-0.0459	-0.1174	0.0054	0.0793	0.1173	-0.0851	-0.0065	0.065	0.0084	0.0089	0.0661	0.0136	0.0573	-19.4444	-3.3582	-11.8322
10	3.817	0.7239	0.2809	5.6795	-1.0895	2.2589	-0.0628	0.1998	0.2823	-0.3324	0.1382	0.344	-0.0761	-0.2163	-0.0531	0.078	0.0099	-0.0093	0.1	0.0124	0.066	-27.6707	2.5698	-15.5453
11	2.2211	-0.8926	-0.0164	3.944	-0.1759	1.9301	0.0703	0.1727	0.2588	-0.2255	-0.0525	-0.2618	-0.1312	0.1534	0.018	0.0738	-0.0016	0.0166	0.0718	0.0148	0.0772	-13.4102	0.7524	-14.5875
12	3.686	2.8704	0.9031	3.2656	0.2946	1.507	0.0611	0.2553	-0.0896	-0.087	-0.0781	0.2638	0.1405	-0.318	-0.01	0.1049	-0.0151	-0.004	0.1449	-0.0184	0.1085	-26.1489	-6.4471	-21.7386

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 31 through 52 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 53 through 76 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 77 through 88 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 89 through 102 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 103 through 122 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 123 through 146 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 147 through 163 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 164 through 183 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 184 through 215 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 216 through 229 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 230 through 245 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 246 through 264 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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