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- PDB-6on6: Crystal Structure of the RIG-5 IG1 homodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6on6
タイトルCrystal Structure of the RIG-5 IG1 homodimer
要素NeuRonal IgCAM-5
キーワードCELL ADHESION / Cell surface receptor / Immunoglobulin superfamily / Nervous system / Homodimer
機能・相同性
機能・相同性情報


Degradation of the extracellular matrix / Glycosaminoglycan-protein linkage region biosynthesis / HS-GAG biosynthesis / HS-GAG degradation / Integrin cell surface interactions / Laminin interactions / Non-integrin membrane-ECM interactions / Formation of the dystrophin-glycoprotein complex (DGC) / ECM proteoglycans / neuron projection
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain ...: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ig-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.423 Å
データ登録者Cheng, S. / Kurleto, J.D. / Ozkan, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS097161 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Family of neural wiring receptors in bilaterians defined by phylogenetic, biochemical, and structural evidence.
著者: Cheng, S. / Park, Y. / Kurleto, J.D. / Jeon, M. / Zinn, K. / Thornton, J.W. / Ozkan, E.
履歴
登録2019年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NeuRonal IgCAM-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5563
ポリマ－13,2431
非ポリマー3132
水1,74797
1
A: NeuRonal IgCAM-5
ヘテロ分子

A: NeuRonal IgCAM-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1126
ポリマ－26,4862
非ポリマー6274
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/61
Buried area2560 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area10920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.610, 46.610, 196.849
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

GOL

21A-353-

HOH

31A-379-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 NeuRonal IgCAM-5


分子量: 13242.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: rig-5, C36F7.4, CELE_C36F7.4 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): High Five cells / 参照: UniProt: C6KRM7
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.22 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.0, 1 M Sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月22日
放射モノクロメーター: Si(111) and Si(220) double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.42→50 Å / Num. obs: 24835 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 17.7 % / Biso Wilson estimate: 29.76 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.027 / Rrim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 55.51
反射 シェル解像度: 1.42→1.51 Å / 冗長度: 15.2 % / Rmerge(I) obs: 0.202 / Mean I/σ(I) obs: 9.46 / Num. unique obs: 3827 / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.209 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15rc3_3435精密化
XDS20180409データ削減
PHASER2.8.2位相決定
Cootモデル構築
XDS20180409データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6NRX

6nrx


解像度: 1.423→40.365 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.84
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2261 1240 5 %Random selection
Rwork0.197 ---
obs0.1985 24788 99.43 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.423→40.365 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数841 0 20 97 958
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013876
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3021189
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.546332
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.103140
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009155
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4233-1.48030.24181280.17632441X-RAY DIFFRACTION96
1.4803-1.54760.25381350.16942568X-RAY DIFFRACTION100
1.5476-1.62920.23461340.17382536X-RAY DIFFRACTION100
1.6292-1.73130.25691350.16742585X-RAY DIFFRACTION100
1.7313-1.8650.21681370.16512590X-RAY DIFFRACTION100
1.865-2.05260.25451380.16812599X-RAY DIFFRACTION100
2.0526-2.34960.23461390.1852637X-RAY DIFFRACTION100
2.3496-2.96020.2421400.22242686X-RAY DIFFRACTION100
2.9602-40.38170.20881540.20512906X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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