PDB-6nrx: Crystal structure of DIP-eta IG1 homodimer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nrx

タイトル

Crystal structure of DIP-eta IG1 homodimer

要素

Dpr-interacting protein eta, isoform B

キーワード

CELL ADHESION / Immunoglobulin superfamily / Glycoprotein / Neuronal / Cell surface receptor

機能・相同性

機能・相同性情報

Degradation of the extracellular matrix / Non-integrin membrane-ECM interactions / ECM proteoglycans / HS-GAG biosynthesis / HS-GAG degradation / Integrin cell surface interactions / A tetrasaccharide linker sequence is required for GAG synthesis / synapse organization / neuron projection / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Cheng, S. / Park, Y.J. / Kurleto, J.D. / Ozkan, E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Molecular basis of synaptic specificity by immunoglobulin superfamily receptors in Drosophila.
著者: Cheng, S. / Ashley, J. / Kurleto, J.D. / Lobb-Rabe, M. / Park, Y.J. / Carrillo, R.A. / Ozkan, E.

履歴

登録	2019年1月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年2月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nrx.cif.gz	104.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nrx.ent.gz	80.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nrx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/6nrx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/6nrx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nrqC 6nrrC 6nrwC 6ns1C 5eo9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4f85-d 3ca8-2 2ckl-d 3tca-1 2yfc-1 6on9-d 3qav-d 5q1h-1 3qaw-d 5q1b-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (3) #185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (2) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Dpr-interacting protein eta, isoform B

B: Dpr-interacting protein eta, isoform B

ヘテロ分子

26.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, surface plasmon resonance

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.426, 67.133, 61.012
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 128.82, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質

Dpr-interacting protein eta, isoform B / Dpr-interacting protein eta / isoform D

分子量: 12940.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: DIP-eta, 14010, CT33567, Dmel\CG14010, CG14010, Dmel_CG14010
細胞株 (発現宿主): High Five cells / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9VMN9

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル

分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.87 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M sodium citrate, pH 5.5, 45% (w/v) PEG 200

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月25日
放射	モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 21928 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 38.28 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.041 / R_rim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 12.33
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 3.32 % / R_merge(I) obs: 0.559 / Mean I/σ(I) obs: 1.99 / Num. unique obs: 1506 / CC_1/2: 0.901 / R_rim(I) all: 0.668 / % possible all: 93.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13rc2_2986	精密化
XDS	Nov 11, 2017	データ削減
XDS	Nov 11, 2017	データスケーリング
PHASER	2.8.1	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5EO9

5eo9

解像度: 1.9→48.08 Å / SU ML: 0.16 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 43.37

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2693	1081	4.96 %	Random selection
R_work	0.2321	-	-	-
obs	0.2339	21783	98.36 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→48.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1690	0	40	21	1751

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	1766
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.636	2397
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.979	1071
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	281
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	296

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8957-1.9819	0.4588	117	0.3757	2510	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9819-2.0864	0.3717	137	0.3267	2533	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0864-2.2171	0.3121	134	0.2886	2603	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2171-2.3883	0.351	143	0.2609	2571	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3883-2.6287	0.3222	122	0.2569	2604	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6287-3.009	0.3012	149	0.2528	2598	X-RAY DIFFRACTION	99
3.009-3.7908	0.2718	140	0.2255	2610	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7908-48.0976	0.2146	139	0.199	2673	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1394	2.2499	4.2087	1.4663	2.1101	4.3932	-0.5366	0.7715	0.8835	1.0448	0.4021	-0.5088	-0.8196	0.6049	0.3264	0.8002	-0.0058	-0.2941	0.6544	0.0278	0.6027	46.6946	24.3602	59.0662
2	5.7139	-0.1101	2.1381	3.3507	-3.5223	4.445	-0.0472	0.5519	-0.7101	0.5338	0.1123	-0.5888	-0.0904	0.3169	-0.2832	0.6116	-0.0068	-1.0449	0.6439	-0.3512	1.4041	60.8653	15.5505	70.7863
3	3.8982	-2.5018	5.232	7.8851	-2.1445	7.2116	-0.2187	-0.3057	0.3159	0.5615	0.6212	-0.3638	-0.3456	-0.031	0.234	0.8229	0.0788	-0.3366	0.5763	-0.0592	0.5361	46.3473	21.4193	64.8986
4	6.4887	0.0324	1.1864	6.1414	1.3509	1.9257	-0.577	-0.1602	0.3024	-0.0918	0.5581	0.3715	-0.7201	-0.2045	0.1181	0.6171	0.0951	-0.2064	0.6002	-0.0474	0.4133	38.7176	15.7332	61.4657
5	6.1027	1.6018	1.1947	8.1789	0.4459	5.2807	-0.316	0.0758	-0.799	-0.1081	0.4789	-0.8775	0.4208	0.1284	-0.339	0.5784	0.0729	-0.0596	0.581	-0.1078	0.5044	47.0778	6.4674	60.2881
6	5.5316	0.2776	2.6868	4.8256	-0.0492	2.2552	-0.2478	-0.7894	-0.5092	1.171	0.424	-0.4688	-0.0607	-0.4441	-0.095	0.835	0.0729	-0.2612	0.7227	0.0968	0.5683	44.165	9.4301	70.7728
7	2.3298	-0.6462	1.7949	2.1245	1.7469	4.0356	-0.4371	-1.0645	-0.0393	0.5147	0.6273	-0.2853	-0.4418	-0.4492	-0.1036	0.8543	0.0902	-0.2314	0.6719	-0.0172	0.572	43.4512	19.2988	69.0034
8	7.8172	2.3119	1.6326	2.1046	2.5679	5.5737	0.3046	-0.5543	-0.9665	0.7969	0.24	-1.1112	0.3298	0.4019	-0.4557	0.8161	0.0885	-0.7045	0.657	-0.3277	1.4257	59.2114	8.2453	68.4829
9	4.0493	0.5165	1.9101	4.4895	0.046	2.2813	-0.4296	1.1382	0.0139	-0.2887	0.4258	0.1217	-0.9107	0.2657	-0.1299	0.665	-0.0347	-0.1778	0.6748	-0.0626	0.4196	42.8131	14.1381	55.8702
10	4.021	-1.5718	-0.4919	3.8125	-0.8104	0.3625	-0.1933	1.1482	0.1754	-0.0273	0.3614	-1.0085	-0.2125	0.7116	0.1928	0.6733	-0.0754	-0.1114	0.8708	-0.1722	0.5168	53.6496	16.4335	59.1027
11	2	-8.4195	2	2	2	2	2.3258	10.9096	2.0887	-0.3475	-1.3948	2.1575	-6.1798	3.5755	-0.9274	1.2432	0.422	0.125	1.4373	-0.0423	1.2855	69.645	11.6447	66.5137
12	3.8075	0.5221	3.0849	3.9123	-0.0987	5.802	0.2397	0.1159	-0.778	-0.1005	0.2324	-0.3015	0.5158	0.1629	-0.4516	0.5501	-0.0273	-0.2592	0.5569	-0.0327	0.7121	37.5626	-8.4049	54.1109
13	0.7221	-0.5418	2.0115	3.5032	-1.308	6.3668	0.4397	-0.0525	-0.7078	0.1879	0.3415	-0.1338	1.1056	-0.2364	-1.03	0.7786	-0.0555	-0.4058	0.6593	0.0678	0.8883	36.4363	-7.9318	60.6515
14	4.8101	2.8288	1.7713	8.0588	1.334	5.8958	0.2042	-0.0066	-0.3518	-0.1295	0.1928	0.1049	-0.119	-0.0806	-0.3494	0.4957	0.0459	-0.1321	0.5901	0.0147	0.4323	33.7866	3.6205	55.4708
15	2.5741	1.6609	2.6178	4.3703	0.6183	9.5508	-0.0535	0.2207	-0.4667	-0.1244	0.5879	-0.1977	0.0459	0.0639	-0.6873	0.5134	-0.0174	-0.2123	0.5401	-0.0531	0.6444	36.7397	-2.1102	51.2926
16	6.4388	1.1779	4.4052	5.4551	0.5381	4.5287	-0.4909	0.9196	0.5218	-1.2033	0.281	1.4667	-0.1216	-0.6173	0.0627	0.9531	0.1566	-0.3172	0.7341	0.0148	0.7683	27.8959	22.8929	54.0962

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 44 through 51 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 52 through 59 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 60 through 67 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 68 through 78 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 79 through 87 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 88 through 103 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 104 through 112 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 113 through 120 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 121 through 132 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 133 through 142 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 143 through 143 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 38 through 59 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 60 through 73 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 74 through 103 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 104 through 143 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 38 through 43 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)