+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6nrx | ||||||
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Title | Crystal structure of DIP-eta IG1 homodimer | ||||||
Components | Dpr-interacting protein eta, isoform B | ||||||
Keywords | CELL ADHESION / Immunoglobulin superfamily / Glycoprotein / Neuronal / Cell surface receptor | ||||||
Function / homology | Function and homology information Degradation of the extracellular matrix / Integrin cell surface interactions / Non-integrin membrane-ECM interactions / ECM proteoglycans / HS-GAG biosynthesis / HS-GAG degradation / A tetrasaccharide linker sequence is required for GAG synthesis / synapse organization / neuron projection / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Drosophila melanogaster (fruit fly) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Cheng, S. / Park, Y.J. / Kurleto, J.D. / Ozkan, E. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Elife / Year: 2019 Title: Molecular basis of synaptic specificity by immunoglobulin superfamily receptors in Drosophila. Authors: Cheng, S. / Ashley, J. / Kurleto, J.D. / Lobb-Rabe, M. / Park, Y.J. / Carrillo, R.A. / Ozkan, E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6nrx.cif.gz | 104.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6nrx.ent.gz | 80.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6nrx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6nrx_validation.pdf.gz | 459.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6nrx_full_validation.pdf.gz | 459.9 KB | Display | |
Data in XML | 6nrx_validation.xml.gz | 9.8 KB | Display | |
Data in CIF | 6nrx_validation.cif.gz | 12.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/6nrx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/6nrx | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6nrqC 6nrrC 6nrwC 6ns1C 5eo9S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 12940.928 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Drosophila melanogaster (fruit fly) Gene: DIP-eta, 14010, CT33567, Dmel\CG14010, CG14010, Dmel_CG14010 Cell line (production host): High Five cells / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: Q9VMN9 #2: Sugar | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.73 Å3/Da / Density % sol: 54.87 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 / Details: 0.1 M sodium citrate, pH 5.5, 45% (w/v) PEG 200 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 120 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Nov 25, 2017 |
Radiation | Monochromator: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 21928 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 38.28 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rrim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 12.33 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.94 Å / Redundancy: 3.32 % / Rmerge(I) obs: 0.559 / Mean I/σ(I) obs: 1.99 / Num. unique obs: 1506 / CC1/2: 0.901 / Rrim(I) all: 0.668 / % possible all: 93.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5EO9 Resolution: 1.9→48.08 Å / SU ML: 0.16 / Data cutoff low absF: 0 / Cross valid method: FREE R-VALUE / Phase error: 43.37
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→48.08 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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