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万見
- PDB-6omn: Glycosylated BMP2 homodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6omn
タイトルGlycosylated BMP2 homodimer
要素Bone morphogenetic protein 2
キーワードCYTOKINE / BMP / Bone Mophogenetic Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


cardiac atrium formation / cardiocyte differentiation / negative regulation of calcium-independent cell-cell adhesion / positive regulation of phosphatase activity / cardiac jelly development / positive regulation of extracellular matrix constituent secretion / negative regulation of aldosterone biosynthetic process / negative regulation of cortisol biosynthetic process / atrioventricular canal morphogenesis / mesenchymal cell proliferation involved in ureteric bud development ...cardiac atrium formation / cardiocyte differentiation / negative regulation of calcium-independent cell-cell adhesion / positive regulation of phosphatase activity / cardiac jelly development / positive regulation of extracellular matrix constituent secretion / negative regulation of aldosterone biosynthetic process / negative regulation of cortisol biosynthetic process / atrioventricular canal morphogenesis / mesenchymal cell proliferation involved in ureteric bud development / negative regulation of steroid biosynthetic process / embryonic heart tube anterior/posterior pattern specification / enzyme activator complex / regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / endodermal-mesodermal cell signaling / negative regulation of cardiac muscle cell differentiation / corticotropin hormone secreting cell differentiation / thyroid-stimulating hormone-secreting cell differentiation / mesenchyme development / ameloblast differentiation / negative regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / aortic valve development / pericardium development / telencephalon regionalization / heart induction / positive regulation of cartilage development / positive regulation of odontogenesis / positive regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / BMP receptor complex / proteoglycan metabolic process / co-receptor binding / lung vasculature development / cardiac epithelial to mesenchymal transition / mesenchymal cell differentiation / BMP receptor binding / telencephalon development / positive regulation of odontoblast differentiation / positive regulation of bone mineralization involved in bone maturation / endocardial cushion formation / Transcriptional regulation by RUNX2 / phosphatase activator activity / positive regulation of astrocyte differentiation / cellular response to BMP stimulus / Signaling by BMP / cardiac muscle cell differentiation / astrocyte differentiation / cardiac muscle tissue morphogenesis / positive regulation of ossification / positive regulation of p38MAPK cascade / atrioventricular valve morphogenesis / endocardial cushion morphogenesis / Molecules associated with elastic fibres / branching involved in ureteric bud morphogenesis / positive regulation of osteoblast proliferation / negative regulation of fat cell differentiation / bone mineralization / odontogenesis of dentin-containing tooth / inner ear development / negative regulation of cell cycle / positive regulation of SMAD protein signal transduction / epithelial to mesenchymal transition / cell fate commitment / positive regulation of Wnt signaling pathway / positive regulation of fat cell differentiation / chondrocyte differentiation / BMP signaling pathway / positive regulation of bone mineralization / positive regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / Notch signaling pathway / positive regulation of neuron differentiation / osteoclast differentiation / protein serine/threonine kinase activator activity / animal organ morphogenesis / cytokine activity / skeletal system development / response to bacterium / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / growth factor activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / protein destabilization / bone development / positive regulation of miRNA transcription / Regulation of RUNX2 expression and activity / positive regulation of protein phosphorylation / osteoblast differentiation / cell-cell signaling / heart development / in utero embryonic development / transcription by RNA polymerase II / response to hypoxia / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of MAPK cascade / cilium / positive regulation of cell migration / positive regulation of apoptotic process / inflammatory response / signaling receptor binding / negative regulation of cell population proliferation
類似検索 - 分子機能
: / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine-knot cytokine
類似検索 - ドメイン・相同性
Bone morphogenetic protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Juo, Z.S. / Seeherman, H.
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2019
タイトル: A BMP/activin A chimera is superior to native BMPs and induces bone repair in nonhuman primates when delivered in a composite matrix.
著者: Seeherman, H.J. / Berasi, S.P. / Brown, C.T. / Martinez, R.X. / Juo, Z.S. / Jelinsky, S. / Cain, M.J. / Grode, J. / Tumelty, K.E. / Bohner, M. / Grinberg, O. / Orr, N. / Shoseyov, O. / ...著者: Seeherman, H.J. / Berasi, S.P. / Brown, C.T. / Martinez, R.X. / Juo, Z.S. / Jelinsky, S. / Cain, M.J. / Grode, J. / Tumelty, K.E. / Bohner, M. / Grinberg, O. / Orr, N. / Shoseyov, O. / Eyckmans, J. / Chen, C. / Morales, P.R. / Wilson, C.G. / Vanderploeg, E.J. / Wozney, J.M.
履歴
登録2019年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Bone morphogenetic protein 2
F: Bone morphogenetic protein 2
G: Bone morphogenetic protein 2
H: Bone morphogenetic protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4438
ポリマ－48,8004
非ポリマー3,6434
水82946
1
E: Bone morphogenetic protein 2
F: Bone morphogenetic protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2224
ポリマ－24,4002
非ポリマー1,8222
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5320 Å2
ΔGint12 kcal/mol
Surface area12580 Å2
手法PISA
2
G: Bone morphogenetic protein 2
H: Bone morphogenetic protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2224
ポリマ－24,4002
非ポリマー1,8222
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5310 Å2
ΔGint13 kcal/mol
Surface area12890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.743, 62.743, 126.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

-
要素

#1: タンパク質
Bone morphogenetic protein 2 / BMP-2 / Bone morphogenetic protein 2A / BMP-2A


分子量: 12200.014 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BMP2, BMP2A
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P12643
#2: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 100mM TrisHCl pH 8.5, 100mM NaCl, 12% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→41.2 Å / Num. obs: 15473 / % possible obs: 98.88 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 75.99 Å2 / Net I/σ(I): 5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.68→41.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8842 / SU R Cruickshank DPI: 0.883 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.694 / SU Rfree Blow DPI: 0.304 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.315
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2432 776 5.02 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.1786 15473 98.88 %-
原子変位パラメータBiso mean: 70.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.318 Å20 Å20 Å2
2--12.318 Å20 Å2
3----24.636 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.318 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.68→41.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3305 0 61 46 3412
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013675HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.295052HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1192SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes92HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes512HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3675HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.06
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.63
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion513SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3768SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.68→2.87 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3483 130 4.77 %
Rwork0.1947 2596 -
all0.2021 2726 -
obs--98.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.6503-2.11020.67372.2714-0.45020.8688-0.03940.1203-0.0664-0.0708-0.0096-0.06510.09190.18120.0489-0.1820.01210.0358-0.16450.00060.012-11.630125.5727-1.0582
26.82871.1409-1.68850.5445-0.88911.3009-0.1247-0.01480.10670.0699-0.0273-0.1589-0.0060.02470.152-0.20490.0399-0.0159-0.1947-0.03610.08995.620426.30435.6209
37.42760.024-0.46990.6397-0.24560.539-0.15-0.1276-0.08580.04340.13840.2619-0.09280.02820.0115-0.23990.0149-0.0007-0.1598-0.03630.0525-5.954657.2501-6.5332
46.7371-1.87761.29321.352-0.38891.7873-0.13630.19-0.35580.06440.07690.0327-0.1603-0.0120.0595-0.2691-0.0296-0.0094-0.1894-0.04210.021710.955851.5539-11.4227
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ E|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ F|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ G|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ H|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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