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- PDB-6ol9: Structure of the M5 muscarinic acetylcholine receptor (M5-T4L) bo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ol9
タイトルStructure of the M5 muscarinic acetylcholine receptor (M5-T4L) bound to tiotropium
要素Muscarinic acetylcholine receptor M5, T4 Lysozyme fusion
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / GPCR inhibitor complex / MEMBRANE PROTEIN / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of phosphatidylinositol dephosphorylation / gastric acid secretion / Muscarinic acetylcholine receptors / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / dopamine transport / phosphatidylinositol phospholipase C activity / G protein-coupled serotonin receptor activity / transmission of nerve impulse / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger ...regulation of phosphatidylinositol dephosphorylation / gastric acid secretion / Muscarinic acetylcholine receptors / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / dopamine transport / phosphatidylinositol phospholipase C activity / G protein-coupled serotonin receptor activity / transmission of nerve impulse / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / chemical synaptic transmission / G alpha (q) signalling events / postsynaptic membrane / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / dendrite / synapse / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Muscarinic acetylcholine receptor M5 / Muscarinic acetylcholine receptor family / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like ...Muscarinic acetylcholine receptor M5 / Muscarinic acetylcholine receptor family / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0HK / OLEIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Endolysin / Muscarinic acetylcholine receptor M5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.541 Å
データ登録者Vuckovic, Z. / Christopoulos, A. / Thal, D.M.
資金援助 英国, オーストラリア, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust201529/Z/16/Z 英国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1138448 オーストラリア
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of the M5muscarinic acetylcholine receptor.
著者: Vuckovic, Z. / Gentry, P.R. / Berizzi, A.E. / Hirata, K. / Varghese, S. / Thompson, G. / van der Westhuizen, E.T. / Burger, W.A.C. / Rahmani, R. / Valant, C. / Langmead, C.J. / Lindsley, C.W. ...著者: Vuckovic, Z. / Gentry, P.R. / Berizzi, A.E. / Hirata, K. / Varghese, S. / Thompson, G. / van der Westhuizen, E.T. / Burger, W.A.C. / Rahmani, R. / Valant, C. / Langmead, C.J. / Lindsley, C.W. / Baell, J.B. / Tobin, A.B. / Sexton, P.M. / Christopoulos, A. / Thal, D.M.
履歴
登録2019年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Muscarinic acetylcholine receptor M5, T4 Lysozyme fusion
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7346
ポリマ－55,0941
非ポリマー1,6405
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.060, 63.310, 91.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.110, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Muscarinic acetylcholine receptor M5, T4 Lysozyme fusion / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 55093.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: CHRM5, e, T4Tp126
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P08912, UniProt: D9IEF7, lysozyme

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非ポリマー , 5種, 12分子

#2: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#3: 化合物 ChemComp-0HK / (1R,2R,4S,5S,7S)-7-{[hydroxy(dithiophen-2-yl)acetyl]oxy}-9,9-dimethyl-3-oxa-9-azoniatricyclo[3.3.1.0~2,4~]nonane / Tiotropium / チオトロピウム


分子量: 392.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H22NO4S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: アンタゴニスト*YM
#4: 化合物 ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル


分子量: 326.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: Reconstituted in 10:1 monoolein:cholesterol mix, 100 mM D-L Malic acid pH 6.0, 220-280 mM ammonium tartrate dibasic, 37-41% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月22日
放射モノクロメーター: f / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→48.07 Å / Num. obs: 17944 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 56.5 % / Biso Wilson estimate: 66.71 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.302 / Rpim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.55→2.66 Å / 冗長度: 41.9 % / Num. unique obs: 2167 / Rpim(I) all: 0.533 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4U15

4u15


解像度: 2.541→47.903 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2573 882 4.92 %
Rwork0.2362 17046 -
obs0.2372 17928 99.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 176.15 Å2 / Biso mean: 93.8622 Å2 / Biso min: 35.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.541→47.903 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3167 0 105 7 3279
Biso mean--86.77 62.99 -
残基数----416
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5414-2.70060.29851440.2756268195
2.7006-2.90910.28651600.25272845100
2.9091-3.20180.26891380.24262864100
3.2018-3.6650.2371470.23822850100
3.665-4.61690.25831500.21812866100
4.6169-47.90.2511430.24012940100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0944-0.0025-0.89992.69780.46694.16960.0090.0157-0.0460.205-0.1221-0.08740.40120.13040.14390.4129-0.0139-0.06240.3718-0.02950.36230.82718.904-46.705
24.1451-0.1867-2.25094.28373.03983.24590.16091.31370.4685-1.3665-0.2134-0.0666-1.85620.24120.00030.83390.01610.07620.83880.07660.629843.73131.234-67.005
36.98333.73893.5898.6242-3.35786.05090.46560.694-0.1032-2.05380.5891-1.22840.84940.6676-0.87130.83370.10790.19581.48080.02130.960556.18821.5-73.76
42.55441.07294.56643.7180.40079.3077-1.0556-0.1251.4293-0.9315-0.53510.05790.27450.23611.11570.578-0.20850.13081.54530.00520.9757.42832.898-82.042
53.44811.86511.32363.6668-0.16332.32030.04420.4441-0.3177-2.29990.4024-1.0673-0.78940.5689-0.36761.97280.26860.53471.32780.01290.923549.36326.556-97.263
66.751-1.1209-1.34944.91283.08432.09260.3307-0.0383-1.2015-2.1358-0.01320.50340.2092-1.3891-0.16451.8108-0.07550.13011.02850.07140.871540.43120.77-91.583
72.10760.4068-2.15573.74820.81834.88720.28620.8042-0.0125-0.36370.07520.053-0.00510.4622-0.42780.42680.0082-0.05260.6918-0.04310.445735.53330.803-57.017
84.3546-0.1483-0.51113.67860.35146.59730.1250.810.1868-0.1018-0.21490.24050.0551-0.2660.00050.36580.09360.02820.5066-0.03810.443624.94329.117-50.09
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 26:202 )A26 - 202
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 203-224 or 1001:1009 )A203 - 224
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 1010:1029 )A1010 - 1029
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 1030:1078 )A1030 - 1078
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 1079:1124 )A1079 - 1124
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 1125:1157 )A1125 - 1157
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 466:1158 )A466 - 1158
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 467:513 )A467 - 513
9X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 203-224 or 1001:1009 )A1001 - 1009

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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