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- PDB-6ol3: Crystal structure of an adenovirus virus-associated RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ol3
タイトルCrystal structure of an adenovirus virus-associated RNA
要素Adenovirus Virus-Associated (VA) RNA I apical and central domains
キーワードRNA / noncoding RNA / viral RNA
機能・相同性: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Human adenovirus 2 (ヒトアデノウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Hood, I.V. / Gordon, J.M. / Bou-Nader, C. / Henderson, F.V. / Bahmanjah, S. / Zhang, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)ZIA DK075136-03 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of an adenovirus virus-associated RNA.
著者: Hood, I.V. / Gordon, J.M. / Bou-Nader, C. / Henderson, F.E. / Bahmanjah, S. / Zhang, J.
履歴
登録2019年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Adenovirus Virus-Associated (VA) RNA I apical and central domains
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1622
ポリマ－36,1221
非ポリマー391
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.455, 100.455, 130.702
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

#1: RNA鎖 Adenovirus Virus-Associated (VA) RNA I apical and central domains


分子量: 36122.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human adenovirus 2 (ヒトアデノウイルス)
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.05 % / 解説: obelisk crystals
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 50 mM sodium cacodylate (pH 6.5) 28-30% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月22日
放射モノクロメーター: MD2 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.74→40 Å / Num. obs: 18246 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0.82 / 冗長度: 8.2 %
Data reduction details: EDS server used different resolution to calculate completeness. The higher Rmerge is partly due to the higher redundancy
Rmerge(I) obs: 0.152 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2.74→2.81 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 3.642 / Mean I/σ(I) obs: 0.82 / Num. unique obs: 1310 / CC1/2: 0.34 / Rrim(I) all: 3.884 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.74→39.824 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2353 2635 7.89 %
Rwork0.2174 --
obs0.2188 18173 99.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.74→39.824 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2352 1 9 2362
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022625
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.414089
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8861324
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.022553
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002109
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.74-2.78980.44281310.43821564X-RAY DIFFRACTION94
2.7898-2.84350.41271320.431563X-RAY DIFFRACTION97
2.8435-2.90150.44631400.40281598X-RAY DIFFRACTION100
2.9015-2.96460.33651440.36091639X-RAY DIFFRACTION100
2.9646-3.03350.33921390.30911623X-RAY DIFFRACTION100
3.0335-3.10930.26311410.25421617X-RAY DIFFRACTION100
3.1093-3.19340.24611360.23031621X-RAY DIFFRACTION100
3.1934-3.28730.26961360.21531642X-RAY DIFFRACTION100
3.2873-3.39330.25941380.20551616X-RAY DIFFRACTION100
3.3933-3.51460.22811400.23571626X-RAY DIFFRACTION100
3.5146-3.65520.23771450.23051629X-RAY DIFFRACTION100
3.6552-3.82140.24081340.17961620X-RAY DIFFRACTION100
3.8214-4.02270.20171410.1791639X-RAY DIFFRACTION100
4.0227-4.27450.22841410.19641601X-RAY DIFFRACTION100
4.2745-4.6040.19321440.20891641X-RAY DIFFRACTION100
4.604-5.06650.20511320.18551631X-RAY DIFFRACTION100
5.0665-5.79780.20781370.18561626X-RAY DIFFRACTION100
5.7978-7.29720.2461410.19371625X-RAY DIFFRACTION100
7.2972-39.82820.18051430.18761626X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.06830.31230.19290.1350.05360.0494-0.13650.178-0.3197-0.40250.3085-0.4350.54250.0688-0.17491.5072-0.04860.02810.8142-0.18210.652-35.903517.2138-14.9106
20.96910.1703-0.04170.64160.06134.23580.16490.1190.0336-0.21030.0222-0.1130.10850.5585-0.16040.59010.00160.04490.6438-0.01720.2473-34.338751.53640.97
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 26 through 87 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 88 through 137 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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