+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3rl0 | ||||||
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Title | Truncated SNARE complex with complexin (P1) | ||||||
Components |
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Keywords | MEMBRANE PROTEIN/EXOCYTOSIS / SNARE proteins / membrane fusion / MEMBRANE PROTEIN-EXOCYTOSIS complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-3-complexin complex / regulation of exocytic insertion of neurotransmitter receptor to postsynaptic membrane / regulation of synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / Toxicity of botulinum toxin type C (botC) / Toxicity of tetanus toxin (tetX) / neurotransmitter uptake / Toxicity of botulinum toxin type G (botG) / clathrin-sculpted glutamate transport vesicle membrane / regulation of delayed rectifier potassium channel activity / Toxicity of botulinum toxin type F (botF) ...synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-3-complexin complex / regulation of exocytic insertion of neurotransmitter receptor to postsynaptic membrane / regulation of synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / Toxicity of botulinum toxin type C (botC) / Toxicity of tetanus toxin (tetX) / neurotransmitter uptake / Toxicity of botulinum toxin type G (botG) / clathrin-sculpted glutamate transport vesicle membrane / regulation of delayed rectifier potassium channel activity / Toxicity of botulinum toxin type F (botF) / myosin head/neck binding / Toxicity of botulinum toxin type D (botD) / trans-Golgi Network Vesicle Budding / Toxicity of botulinum toxin type E (botE) / exocytic insertion of neurotransmitter receptor to postsynaptic membrane / Other interleukin signaling / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin II complex / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a complex / extrinsic component of presynaptic membrane / Toxicity of botulinum toxin type A (botA) / synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin I complex / Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / positive regulation of norepinephrine secretion / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / positive regulation of catecholamine secretion / clathrin-sculpted gamma-aminobutyric acid transport vesicle membrane / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / zymogen granule membrane / regulated exocytosis / ribbon synapse / presynaptic dense core vesicle exocytosis / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / synaptic vesicle docking / regulation of synaptic vesicle priming / clathrin-sculpted monoamine transport vesicle membrane / response to gravity / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / vesicle fusion / eosinophil degranulation / vesicle docking / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / secretion by cell / regulation of neurotransmitter secretion / SNARE complex / chloride channel inhibitor activity / SNAP receptor activity / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / neurotransmitter transmembrane transporter activity / regulation of exocytosis / regulation of vesicle-mediated transport / LGI-ADAM interactions / calcium-ion regulated exocytosis / hormone secretion / actomyosin / positive regulation of intracellular protein transport / Golgi to plasma membrane protein transport / neurotransmitter receptor internalization / protein localization to membrane / ATP-dependent protein binding / neuron projection terminus / insulin secretion / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / syntaxin binding / neurotransmitter transport / syntaxin-1 binding / clathrin-coated vesicle / SNARE complex assembly / positive regulation of neurotransmitter secretion / endosomal transport / Lysosome Vesicle Biogenesis / synaptic vesicle priming / regulation of synapse assembly / Other interleukin signaling / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / myosin binding / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / Insulin processing / regulation of neuron projection development / modulation of excitatory postsynaptic potential / exocytosis / synaptic vesicle exocytosis / associative learning / positive regulation of exocytosis / tertiary granule membrane / protein sumoylation / calyx of Held / voltage-gated potassium channel activity / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / synaptic vesicle endocytosis / calcium channel inhibitor activity / endomembrane system Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Rattus norvegicus (Norway rat) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.8 Å | ||||||
Authors | Kuemmel, D. / Reinisch, K.M. | ||||||
Citation | Journal: Nat.Struct.Mol.Biol. / Year: 2011 Title: Complexin cross-links prefusion SNAREs into a zigzag array. Authors: Kummel, D. / Krishnakumar, S.S. / Radoff, D.T. / Li, F. / Giraudo, C.G. / Pincet, F. / Rothman, J.E. / Reinisch, K.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
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PDB format | pdb3rl0.ent.gz | 771.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3rl0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3rl0_validation.pdf.gz | 608.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3rl0_full_validation.pdf.gz | 622.4 KB | Display | |
Data in XML | 3rl0_validation.xml.gz | 68.7 KB | Display | |
Data in CIF | 3rl0_validation.cif.gz | 93.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/3rl0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/3rl0 | HTTPS FTP |
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Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein/peptide | Mass: 4254.826 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: UNP residues 28-60 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: VAMP2, SYB2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P63027 #2: Protein | Mass: 7551.502 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: UNP residues 191-253 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rattus norvegicus (Norway rat) / Gene: Stx1a, Sap / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P32851 #3: Protein | Mass: 9500.615 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: UNP residues 7-82 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: SNAP25, SNAP / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P60880 #4: Protein | Mass: 7427.250 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: UNP residues 141-203 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: SNAP25, SNAP / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P60880 #5: Protein | Mass: 7312.962 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CPLX1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: O14810 |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.23 Å3/Da / Density % sol: 61.93 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion / pH: 7.5 Details: 13-15% polyethyleneglycol (PEG) 5000MME, 0.2 M ammonium sulfate, 0.01 M EDTA, and 0.1 M Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 200 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X29A / Wavelength: 0.9797 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Apr 16, 2010 |
Radiation | Monochromator: Cryogenically cooled double crystal monochrometer Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9797 Å / Relative weight: 1 |
Reflection twin | Operator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.47 |
Reflection | Resolution: 3.8→30 Å / Num. all: 70400 / % possible obs: 83.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 |
Reflection shell | Resolution: 3.8→3.94 Å / % possible all: 80.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / SU B: 174.715 / SU ML: 1.032 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.987 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 116.78 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.8→30 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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