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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3rl0 | ||||||
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Title | Truncated SNARE complex with complexin (P1) | ||||||
![]() |
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![]() | MEMBRANE PROTEIN/EXOCYTOSIS / SNARE proteins / membrane fusion / MEMBRANE PROTEIN-EXOCYTOSIS complex | ||||||
Function / homology | ![]() synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-3-complexin complex / regulation of exocytic insertion of neurotransmitter receptor to postsynaptic membrane / regulation of synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / Toxicity of botulinum toxin type C (botC) / Toxicity of tetanus toxin (tetX) / neurotransmitter uptake / Toxicity of botulinum toxin type G (botG) / clathrin-sculpted glutamate transport vesicle membrane / regulation of delayed rectifier potassium channel activity / myosin head/neck binding ...synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-3-complexin complex / regulation of exocytic insertion of neurotransmitter receptor to postsynaptic membrane / regulation of synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / Toxicity of botulinum toxin type C (botC) / Toxicity of tetanus toxin (tetX) / neurotransmitter uptake / Toxicity of botulinum toxin type G (botG) / clathrin-sculpted glutamate transport vesicle membrane / regulation of delayed rectifier potassium channel activity / myosin head/neck binding / Toxicity of botulinum toxin type F (botF) / Other interleukin signaling / Toxicity of botulinum toxin type D (botD) / Toxicity of botulinum toxin type E (botE) / trans-Golgi Network Vesicle Budding / synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin II complex / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a complex / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin I complex / Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / clathrin-sculpted gamma-aminobutyric acid transport vesicle membrane / positive regulation of norepinephrine secretion / positive regulation of catecholamine secretion / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / regulated exocytosis / presynaptic dense core vesicle exocytosis / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / zymogen granule membrane / extrinsic component of presynaptic membrane / Toxicity of botulinum toxin type A (botA) / ribbon synapse / synaptic vesicle docking / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / regulation of synaptic vesicle priming / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / response to gravity / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / clathrin-sculpted monoamine transport vesicle membrane / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / vesicle docking / eosinophil degranulation / secretion by cell / SNAP receptor activity / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / chloride channel inhibitor activity / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / regulation of exocytosis / SNARE complex / vesicle fusion / regulation of vesicle-mediated transport / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / calcium-ion regulated exocytosis / LGI-ADAM interactions / actomyosin / hormone secretion / positive regulation of intracellular protein transport / Golgi to plasma membrane protein transport / ATP-dependent protein binding / neuron projection terminus / protein localization to membrane / syntaxin binding / syntaxin-1 binding / clathrin-coated vesicle / insulin secretion / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / SNARE complex assembly / endosomal transport / positive regulation of neurotransmitter secretion / neurotransmitter transport / Other interleukin signaling / synaptic vesicle priming / Lysosome Vesicle Biogenesis / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / myosin binding / regulation of synapse assembly / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / Insulin processing / regulation of neuron projection development / exocytosis / modulation of excitatory postsynaptic potential / associative learning / synaptic vesicle exocytosis / positive regulation of exocytosis / tertiary granule membrane / protein sumoylation / synaptic vesicle endocytosis / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / voltage-gated potassium channel activity / long-term memory / calcium channel inhibitor activity / specific granule membrane / response to glucose / axonal growth cone / vesicle-mediated transport / presynaptic active zone membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kuemmel, D. / Reinisch, K.M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Complexin cross-links prefusion SNAREs into a zigzag array. Authors: Kummel, D. / Krishnakumar, S.S. / Radoff, D.T. / Li, F. / Giraudo, C.G. / Pincet, F. / Rothman, J.E. / Reinisch, K.M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 753.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 606.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 73.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 97.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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8 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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Components
#1: Protein/peptide | Mass: 4254.826 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: UNP residues 28-60 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 7551.502 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: UNP residues 191-253 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: Protein | Mass: 9500.615 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: UNP residues 7-82 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #4: Protein | Mass: 7427.250 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: UNP residues 141-203 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #5: Protein | Mass: 7312.962 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Has protein modification | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.23 Å3/Da / Density % sol: 61.93 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion / pH: 7.5 Details: 13-15% polyethyleneglycol (PEG) 5000MME, 0.2 M ammonium sulfate, 0.01 M EDTA, and 0.1 M Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 200 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Apr 16, 2010 |
Radiation | Monochromator: Cryogenically cooled double crystal monochrometer Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9797 Å / Relative weight: 1 |
Reflection twin | Operator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.47 |
Reflection | Resolution: 3.8→30 Å / Num. all: 70400 / % possible obs: 83.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 |
Reflection shell | Resolution: 3.8→3.94 Å / % possible all: 80.7 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 116.78 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.8→30 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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