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- PDB-4ojd: Crystal structure of a C-terminally truncated trimeric ectodomain... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ojd | |||||||||
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Title | Crystal structure of a C-terminally truncated trimeric ectodomain of the C. elegans fusion protein EFF-1 G260A/D321E/D322E mutant | |||||||||
![]() | EFF-1A | |||||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / class II fusion protein / membrane fusion protein / cell surface | |||||||||
Function / homology | ![]() nematode male tail mating organ morphogenesis / fusogenic activity / nematode pharyngeal muscle development / EFF-1 complex / post-embryonic body morphogenesis / nematode male tail tip morphogenesis / vulval development / cell-cell fusion / syncytium formation by plasma membrane fusion / embryonic body morphogenesis ...nematode male tail mating organ morphogenesis / fusogenic activity / nematode pharyngeal muscle development / EFF-1 complex / post-embryonic body morphogenesis / nematode male tail tip morphogenesis / vulval development / cell-cell fusion / syncytium formation by plasma membrane fusion / embryonic body morphogenesis / egg-laying behavior / cell-cell contact zone / locomotion / morphogenesis of an epithelium / kinase activity / phosphorylation / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Krey, T. / Rey, F.A. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Structural basis of eukaryotic cell-cell fusion Authors: Perez-Vargas, J. / Krey, T. / Valansi, C. / Avinoam, O. / Haouz, A. / Jamin, M. / Raveh-Barak, H. / Podbilewicz, B. / Rey, F.A. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 156.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 788.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 791.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 17.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 24.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4ojcSC ![]() 4ojeC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 59083.879 Da / Num. of mol.: 1 Fragment: C-terminally truncated ectodomain, UNP residues 23-509 Mutation: G260A/D321E/D322E Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source | ||
#3: Sugar | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.28 Å3/Da / Density % sol: 62.46 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 9 Details: 0.1M Sodium chloride, 0.1M Bicine pH9.0, 30% w/v PEG monomethylether 550 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 27, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.26→46.83 Å / Num. all: 36548 / Num. obs: 35378 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 51.58 Å2 |
Reflection shell | Resolution: 2.26→2.38 Å / Redundancy: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 78.4 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4OJC Resolution: 2.26→46.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9382 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU R Cruickshank DPI: 0.19 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
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Displacement parameters | Biso mean: 50.73 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.285 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.26→46.83 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.26→2.33 Å / Total num. of bins used: 18
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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