PDB-6okv: PilT4 from Geobacter metallireducens bound to AMP-PNP: C2ccocco c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6okv

タイトル

PilT4 from Geobacter metallireducens bound to AMP-PNP: C2ccocco conformation

要素

Twitching motility pilus retraction ATPase

キーワード

MOTOR PROTEIN / T4P / type IV pilus / motor / ATPase

機能・相同性

機能・相同性情報

ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacter metallireducens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 4.007 Å

データ登録者

McCallum, M. / Howell, P.L.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Multiple conformations facilitate PilT function in the type IV pilus.
著者: Matthew McCallum / Samir Benlekbir / Sheryl Nguyen / Stephanie Tammam / John L Rubinstein / Lori L Burrows / P Lynne Howell /

要旨: Type IV pilus-like systems are protein complexes that polymerize pilin fibres. They are critical for virulence in many bacterial pathogens. Pilin polymerization and depolymerization are powered by ...

履歴

登録	2019年4月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6okv.cif.gz	829.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6okv.ent.gz	691.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6okv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6okv_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6okv_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	6okv_validation.xml.gz	73.2 KB	表示
CIF形式データ	6okv_validation.cif.gz	95.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/6okv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/6okv	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	20114C 20115C 20116C 20117C 6ojxC 6ojyC 6ojzC 6ok2C 6oljC 6olkC 6ollC 6olmC 3jvvS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6oll-d 6geb-2 6ojy-d 6ojx-1 3jvv-1 6olk-d 6geb-1 6gef-d 6ojz-d 3jvu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#211 - 2017年7月
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類似性 (4)
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インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
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キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
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リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
類似性 (1)
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Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Twitching motility pilus retraction ATPase

B: Twitching motility pilus retraction ATPase

C: Twitching motility pilus retraction ATPase

D: Twitching motility pilus retraction ATPase

E: Twitching motility pilus retraction ATPase

F: Twitching motility pilus retraction ATPase

ヘテロ分子

260 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: microscopy, CryoEM evidence for hexamer

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.510, 127.130, 187.260
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Twitching motility pilus retraction ATPase 分子量: 42883.379 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacter metallireducens (strain GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210) (バクテリア) 株: GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210 / 遺伝子: pilT-4, Gmet_1394 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q39VU6
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP 分子量: 506.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.02 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.9 詳細: 1 mM AMP-PNP (ANP) 1 mM MgCl2 100 mM NaCl 25 mM Hepes pH 8.0 1 % (w/v) benzamidine-HCl 50 mM Hepes pH 7.9 100 mM Ammonium acetate 8.75 % (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 4→49.255 Å / Num. obs: 12264 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 4
反射シェル	解像度: 4→4.1 Å / Num. unique obs: 1745 / CC_1/2: 0.579

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3JVV

3jvv

解像度: 4.007→49.255 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.57

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2798	590	4.82 %
R_work	0.2435	-	-
obs	0.2451	12240	60.03 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 4.007→49.255 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16007	0	182	0	16189

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	16476
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.059	22461
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.342	6078
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	2692
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2904

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
4.0068-4.4098	0.3298	44	0.3042	1040	X-RAY DIFFRACTION	22
4.4098-5.0473	0.2931	123	0.2535	2161	X-RAY DIFFRACTION	46
5.0473-6.357	0.3689	182	0.2921	3476	X-RAY DIFFRACTION	72
6.357-49.2587	0.225	241	0.2112	4973	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0422	-0.3925	-0.0986	4.0854	0.9763	0.2417	0.1083	-0.0641	-0.2929	-0.432	0.5034	-1.2955	0.4672	0.2689	-0.4849	1.2486	-0.4917	-0.351	2.8427	0.7054	0.8791	-0.5579	-105.4323	1.1522
2	1.1301	-0.7039	-0.6262	0.8996	0.4331	0.3585	-0.5032	0.5117	-0.6631	0.5006	-0.2738	0.4676	0.2983	-0.3213	0.5473	0.9335	-0.5075	0.0887	1.6576	0.7842	1.414	-11.2503	-105.0807	2.7411
3	0.9522	1.5346	-0.6056	2.5252	-0.9706	0.3865	0.6911	-0.353	0.2481	1.3563	0.0714	0.0527	-1.3129	0.3672	-0.7825	0.712	-0.0608	0.1142	1.0105	-0.5134	0.8537	-47.1835	-71.1649	-32.5402
4	7.4565	-0.8548	3.0144	4.2438	1.6068	9.2624	-1.1114	0.6057	0.9092	0.5699	-1.189	1.2732	0.3085	-1.2466	1.2559	0.3022	-0.611	0.1794	0.9957	-0.457	0.6514	-50.0689	-76.2122	-36.21
5	5.0013	0.4565	0.5664	2.5853	-0.19	2.0049	0.5138	-1.2361	-0.501	0.3064	-0.0852	-0.1453	0.7881	-0.5629	-0.2622	0.8306	-0.3666	-0.2346	0.4102	0.2908	0.5795	-28.8425	-88.2323	-23.3595
6	1.1099	-1.2001	0.4216	1.8292	0.0699	2.0743	-0.4321	-0.0674	0.0603	0.6883	0.3073	0.0457	-1.0927	-0.7921	0.1664	0.235	-0.121	-0.0071	1.0291	-0.2441	0.4837	-34.7807	-72.5973	-73.4825
7	0.1051	0.1241	0.03	0.2088	0.0696	0.1279	0.009	0.0818	0.1172	0.1308	0.1764	0.5839	-0.1224	0.0352	0.1449	2.3428	0.6188	-0.0457	-0.8731	0.826	0.4789	-45.4824	-94.3085	-56.0786
8	3.5513	0.1027	-0.5986	3.6235	-0.7974	1.7978	-0.0044	-0.1846	-1.1437	-0.9271	-0.6791	-0.6766	0.5579	0.2448	0.4581	1.2199	-0.0274	0.2088	0.5045	0.259	0.8729	-31.88	-95.1149	-52.3419
9	4.682	-2.1472	-0.501	2.1391	0.7067	2.9926	1.1846	1.0196	1.311	-0.895	-0.2883	-0.8183	-0.8366	0.964	-0.1639	1.2102	0.6481	0.3666	1.256	0.5865	1.0965	6.0444	-70.8598	-92.5967
10	4.538	-1.7153	-0.3532	1.8861	0.6239	2.6338	0.4217	0.5478	-0.2484	-0.3593	-0.6531	0.1199	0.1402	0.4392	0.2448	0.7015	0.0795	-0.0804	0.514	-0.1428	0.617	-12.4242	-87.1523	-80.5892
11	0.0275	0.0039	0.1015	0.0491	0.1371	0.66	0.012	0.0731	0.0176	0.7686	0.3745	1.1348	0.1933	0.1474	-0.2	1.163	0.7283	-0.1729	0.1558	-1.0602	1.634	-8.4801	-105.9451	-94.9792
12	0.0632	0.0799	0.1842	0.6113	-0.1703	0.62	0.5422	-0.7034	-0.531	0.2963	0.4637	-1.0099	1.165	0.4824	-0.9508	1.2678	0.2517	-0.4816	2.136	-0.2973	1.1876	2.3558	-105.5253	-96.8233
13	2.4822	-0.1375	1.2386	2.8177	-0.893	2.1531	-0.4629	-1.0263	0.6214	-0.254	-0.5116	-0.5801	-0.1222	-0.5977	0.8342	0.5699	-0.1791	0.0743	1.4632	0.3119	0.6787	38.5455	-71.1633	-61.6006
14	0.8379	-0.3783	-0.3233	0.6245	0.1776	0.1457	0.2845	0.1594	1.335	0.07	-0.5852	-0.7948	-0.1305	0.2685	0.0383	1.2935	-0.1074	0.5674	2.0758	1.1244	1.0792	41.5666	-76.8546	-57.7253
15	0.3178	0.1001	-0.0935	0.0678	-0.092	0.262	0.9122	0.4067	0.247	-0.1996	0.3473	-0.0504	0.197	-0.4669	-0.5693	1.0704	-0.6933	0.2872	1.5089	1.5777	1.5746	26.5474	-61.4465	-54.8862
16	3.4242	-0.201	0.9209	1.1409	0.1785	2.5419	0.2908	0.1347	-0.37	-0.1145	0.041	0.1633	0.4995	-0.908	-0.204	0.6202	-0.2202	0.0332	1.0825	0.2957	0.5213	19.1419	-90.884	-71.4247
17	0.3373	-0.0777	-0.1352	2.2316	-0.9497	0.9343	-0.1944	0.1592	-0.0286	0.7161	-0.2974	-1.2584	-0.1566	1.8297	0.2409	0.803	0.0654	-0.2204	1.6672	-0.0388	0.8735	30.9476	-74.4372	-13.3638
18	0.5543	0.5926	0.2404	0.5736	0.2413	0.1048	-0.449	0.2869	0.6099	-0.5169	0.1157	0.4795	-0.7858	-0.0307	0.1984	1.2959	-0.6344	-0.0879	0.0447	1.003	1.1127	20.6952	-65.2229	-25.9071
19	0.2565	-0.0885	0.4215	0.5065	-0.1471	0.7059	-0.1229	0.5309	0.567	-0.165	-0.2447	-0.0506	-0.6403	0.1217	0.0322	1.0275	-0.6764	0.0209	1.0721	0.2762	0.8847	25.4299	-74.0946	-24.8144
20	0.5075	-0.162	0.1089	0.1032	-0.2204	0.6824	-0.3696	-0.6613	0.0184	-0.1284	-0.0956	0.3162	-0.5954	-0.336	0.3816	0.624	1.3834	0.1653	0.5622	0.2056	0.9048	37.3606	-93.9407	-37.2777
21	0.4052	0.3905	0.4811	0.5965	0.4012	0.5632	-1.1109	0.6085	0.5186	0.2003	-0.4951	-1.9518	-0.169	-0.2252	0.7923	0.7274	-0.8106	-0.4903	-0.2576	-0.5702	0.579	30.2997	-91.2666	-41.1438
22	0.9739	0.6587	0.0989	1.5952	-0.2618	1.2969	0.4944	0.2208	1.1265	-0.7101	0.2285	0.6135	0.4997	0.5581	0.0864	0.4741	-0.1691	0.033	1.6046	0.4722	0.767	24.5643	-82.7146	-46.0949
23	1.1251	0.5126	-0.0301	1.9615	0.5529	1.1308	-0.2797	1.0317	1.4308	0.1815	-0.1587	1.4139	-0.1209	0.1241	0.3746	0.7363	-0.2628	0.2211	1.5656	-0.2466	1.2758	14.5939	-97.7457	-43.2987
24	1.8466	0.9796	0.8643	0.6465	0.4373	0.8491	-0.34	-0.2329	-1.4522	-0.9111	-0.0117	-0.4045	-0.5298	-0.2622	-0.149	1.0242	-0.1795	-0.1422	1.396	-0.3126	1.0884	24.7994	-108.0896	-33.0624
25	0.8415	0.634	-0.0271	1.9227	1.1117	1.4124	1.0003	-0.2027	0.2528	1.2169	-0.1676	0.1177	0.2107	-0.2967	-0.3332	0.4558	-0.0601	0.1331	0.8564	-0.1794	0.5655	-14.9439	-68.4355	-0.7321
26	0.0742	0.2317	0.209	0.699	0.7367	0.8684	0.157	-0.131	0.0204	-0.1064	0.3339	-1.6127	-0.2182	-0.003	-0.2403	1.4515	0.6899	0.1538	0.7937	0.4273	1.3837	-8.5658	-62.0646	-16.8284
27	0.7626	0.313	-1.1327	0.8823	-0.5122	1.8236	0.253	-0.0792	0.0772	0.0918	-0.1482	-0.4008	0.0605	0.152	0.0608	0.2945	-0.5951	-0.2569	0.4871	-1.4814	1.2378	-7.3485	-70.5509	-11.0374
28	1.2808	0.8506	-0.5799	0.5658	-0.3363	2.3767	0.3326	-0.6238	0.4675	0.3726	-0.862	0.5891	-0.0605	1.1013	0.7032	0.5074	0.062	0.0552	0.9935	0.3435	0.6128	8.6267	-90.1347	0.9571
29	0.1933	0.0624	0.1408	0.0526	0.0141	0.1368	-0.6154	0.3151	-0.1447	-0.017	-0.0283	-0.2729	-0.451	0.3074	0.2517	-0.0243	1.1222	-0.4112	-0.4547	1.3845	0.5117	8.689	-89.7874	-7.3695
30	0.0446	0.0306	0.0358	0.5157	-0.548	1.409	-0.913	-1.027	-0.4265	0.9257	-0.2055	0.9141	0.1208	1.3464	0.6406	0.6061	0.9374	0.0128	0.9776	0.2445	0.7893	12.2109	-78.6286	-12.5536
31	0.7666	0.0578	0.8493	3.5749	-0.9214	1.2112	-0.2556	-0.1435	-0.2408	-0.624	0.5913	0.425	-0.0378	-0.0303	-0.19	0.4398	0.1809	0.246	1.0092	-0.1891	0.6681	11.9494	-83.8515	-22.0655
32	1.3507	-0.2715	0.4539	0.6046	0.4082	0.8333	0.0912	0.4169	-0.8637	-0.1458	1.0392	0.682	0.4142	-0.3101	-0.5275	0.7165	-0.1396	0.2723	0.3243	0.648	0.6012	7.9098	-92.6569	-19.6908
33	1.2808	-0.3527	1.6874	2.1963	-0.4596	3.3701	0.1862	-0.2592	-0.6762	-1.3322	0.6979	-0.2067	0.6285	-0.7142	-0.5036	0.6856	-0.2135	-0.0247	0.4309	-0.0258	1.336	2.6375	-100.1128	-19.4238
34	1.4956	0.7383	1.5237	0.9256	0.9773	1.5577	0.2147	-0.5451	-1.4677	0.1842	1.2848	-0.4611	0.3878	0.3517	-1.1248	1.5516	0.1057	0.0128	0.4432	-0.0216	1.3411	1.947	-105.4951	-9.1991

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'D' and (resid 310 through 328 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'D' and (resid 329 through 353 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'E' and (resid 1 through 27 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'E' and (resid 28 through 44 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E' and (resid 45 through 353 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'F' and (resid 2 through 100 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'F' and (resid 101 through 121 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'F' and (resid 122 through 353 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 2 through 44 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 45 through 309 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 310 through 328 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 329 through 353 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 1 through 27 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 28 through 44 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 45 through 67 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 68 through 351 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 2 through 44 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 45 through 67 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 68 through 100 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 101 through 121 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 122 through 151 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 152 through 233 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 234 through 271 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 272 through 352 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid -4 through 44 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 45 through 67 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 68 through 100 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 101 through 121 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 122 through 151 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 152 through 185 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 186 through 208 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 209 through 233 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 234 through 271 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 272 through 309 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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