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- PDB-6okn: OX40R (TNFRSF4) bound to Fab 1A7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6okn
タイトルOX40R (TNFRSF4) bound to Fab 1A7
要素
  • Fab 1A7 heavy chain
  • Fab 1A7 light chain
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4
キーワードIMMUNE SYSTEM / TNFRSF4 / CD134 / OX40R / Fab
機能・相同性
機能・相同性情報


tumor necrosis factor receptor activity / TNFs bind their physiological receptors / positive regulation of immunoglobulin production / T cell proliferation / positive regulation of B cell proliferation / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / virus receptor activity / inflammatory response / immune response / external side of plasma membrane ...tumor necrosis factor receptor activity / TNFs bind their physiological receptors / positive regulation of immunoglobulin production / T cell proliferation / positive regulation of B cell proliferation / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / virus receptor activity / inflammatory response / immune response / external side of plasma membrane / negative regulation of DNA-templated transcription / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 4 / Tumour necrosis factor receptor 4, N-terminal / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Putative ephrin-receptor like ...Tumour necrosis factor receptor 4 / Tumour necrosis factor receptor 4, N-terminal / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Putative ephrin-receptor like / Ribbon / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Ultsch, M.H. / Boenig, G. / Harris, S.F.
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2019
タイトル: Tetravalent biepitopic targeting enables intrinsic antibody agonism of tumor necrosis factor receptor superfamily members.
著者: Yang, Y. / Yeh, S.H. / Madireddi, S. / Matochko, W.L. / Gu, C. / Pacheco Sanchez, P. / Ultsch, M. / De Leon Boenig, G. / Harris, S.F. / Leonard, B. / Scales, S.J. / Zhu, J.W. / Christensen, E. ...著者: Yang, Y. / Yeh, S.H. / Madireddi, S. / Matochko, W.L. / Gu, C. / Pacheco Sanchez, P. / Ultsch, M. / De Leon Boenig, G. / Harris, S.F. / Leonard, B. / Scales, S.J. / Zhu, J.W. / Christensen, E. / Hang, J.Q. / Brezski, R.J. / Marsters, S. / Ashkenazi, A. / Sukumaran, S. / Chiu, H. / Cubas, R. / Kim, J.M. / Lazar, G.A.
履歴
登録2019年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab 1A7 heavy chain
B: Fab 1A7 light chain
C: Fab 1A7 heavy chain
D: Fab 1A7 light chain
E: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4
R: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,5859
ポリマ－130,8706
非ポリマー7153
水543
1
A: Fab 1A7 heavy chain
B: Fab 1A7 light chain
R: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9125
ポリマ－65,4353
非ポリマー4772
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6010 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area23220 Å2
手法PISA
2
C: Fab 1A7 heavy chain
D: Fab 1A7 light chain
E: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,6734
ポリマ－65,4353
非ポリマー2381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5840 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area22790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.590, 121.590, 198.080
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: 抗体 Fab 1A7 heavy chain


分子量: 24206.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 Fab 1A7 light chain


分子量: 23531.135 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4 / ACT35 antigen / OX40L receptor / TAX transcriptionally-activated glycoprotein 1 receptor


分子量: 17697.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFRSF4, TXGP1L
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P43489
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: tbd

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→29.49 Å / Num. obs: 24096 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 85.31 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.166 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.172 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
3.25-3.479.10.69242630.9250.2340.73399.4
9.19-29.4912.50.07811740.9970.0230.08297.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.28データスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.11.6精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.25→29.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / Rfactor Rfree error: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.42
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 1213 5.05 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.194 24037 99.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 256.96 Å2 / Biso mean: 120.06 Å2 / Biso min: 50.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.2348 Å20 Å20 Å2
2---12.2348 Å20 Å2
3---24.4697 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.41 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.25→29.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7879 0 96 3 7978
Biso mean--146.65 61.45 -
残基数----1038
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2700SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes173HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1174HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8181HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1079SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8677SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d8181HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg11199HARMONIC21.11
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.64
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.08
LS精密化 シェル解像度: 3.25→3.39 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 163 5.73 %
Rwork0.239 2684 -
all0.24 2847 -
obs--98.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7379-0.12340.97984.9461-1.51232.3234-0.1244-0.02540.0332-0.218-0.29180.24610.0886-0.3730.4162-0.0507-0.0045-0.00320.0397-0.078-0.2187144.121141.18325.5705
22.0176-0.32251.11274.3396-0.82291.8291-0.0119-0.37270.1810.5772-0.4895-0.168-0.2997-0.37140.50140.0141-0.1127-0.0812-0.0177-0.0049-0.2688147.778145.24643.2302
37.77611.2668-0.27670.72960.89183.3113-0.65190.4133-0.2333-0.05240.2153-0.16431.0885-0.37760.43660.1527-0.25910.1-0.0601-0.2204-0.2765105.133142.268-23.3575
48.30392.1769-3.00532.2906-0.01043.8428-0.6139-0.85490.39470.38760.21190.24561.08230.10720.4020.12260.12080.1241-0.1372-0.304-0.2953100.418146.073-6.0106
56.48440.3075-0.25550.10272.0720.2549-0.0337-0.0301-0.09380.1677-0.20490.3685-0.0509-0.24380.2386-0.02130.2816-0.27320.06210.00170.04119.744163.33422.6466
60.1733.1022-2.25810.66654.77712.6831-0.0385-0.0983-0.33780.3529-0.0691-0.10280.34950.14470.10760.1301-0.3040.21830.0992-0.2936-0.124282.354116.782-26.5589
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1 - 217
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1 - 213
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C1 - 220
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D1 - 213
5X-RAY DIFFRACTION5{ R|* }R67 - 166
6X-RAY DIFFRACTION6{ E|* }E84 - 166

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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