PDB-6ojz: PilT4 from Geobacter metallireducens bound to ADP with partial oc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ojz

タイトル

PilT4 from Geobacter metallireducens bound to ADP with partial occupancy: C3ocococ conformation

要素

Twitching motility pilus retraction ATPase

キーワード

MOTOR PROTEIN / T4P / ATPase / type IV pilus / motor

機能・相同性

機能・相同性情報

ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacter metallireducens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.027 Å

データ登録者

McCallum, M. / Howell, P.L.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Multiple conformations facilitate PilT function in the type IV pilus.
著者: Matthew McCallum / Samir Benlekbir / Sheryl Nguyen / Stephanie Tammam / John L Rubinstein / Lori L Burrows / P Lynne Howell /

要旨: Type IV pilus-like systems are protein complexes that polymerize pilin fibres. They are critical for virulence in many bacterial pathogens. Pilin polymerization and depolymerization are powered by ...

履歴

登録	2019年4月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6ojz.ent.gz	696.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ojz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6ojz_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ojz_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	6ojz_validation.xml.gz	73.1 KB	表示
CIF形式データ	6ojz_validation.cif.gz	98 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/6ojz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/6ojz	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	20114C 20115C 20116C 20117C 6ojxC 6ojyC 6ok2C 6okvC 6oljC 6olkC 6ollC 6olmC 3jvvS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6ok2-d 6ojy-d 6olk-d 6geb-2 6geb-1 6okv-d 3jvv-1 3jvu-1 6fo1-d 6ojx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Twitching motility pilus retraction ATPase

B: Twitching motility pilus retraction ATPase

C: Twitching motility pilus retraction ATPase

D: Twitching motility pilus retraction ATPase

E: Twitching motility pilus retraction ATPase

F: Twitching motility pilus retraction ATPase

ヘテロ分子

260 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: microscopy, cryoEM evidence of hexamer

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.335, 121.134, 187.112
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Twitching motility pilus retraction ATPase 分子量: 42883.379 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacter metallireducens (strain GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210) (バクテリア) 株: GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210 / 遺伝子: pilT-4, Gmet_1394 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q39VU6
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.28 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1 詳細: 5.75 % (w/v) PEG3350 100 mM L-proline 50 mM Hepes pH 7.1 100 mM NaCl 25 mM Hepes pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 1.2821 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2821 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→30 Å / Num. obs: 49747 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 12.5 % / R_pim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 3→3.1 Å / Num. unique obs: 4342 / R_pim(I) all: 0.243

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3JVV

3jvv

解像度: 3.027→29.894 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2321	3800	4.03 %
R_work	0.1945	-	-
obs	0.196	49622	98.19 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.027→29.894 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16239	0	162	50	16451

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	16836
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.077	22936
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.285	10281
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	2709
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	2975

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.0271-3.0654	0.3782	94	0.3311	1922	X-RAY DIFFRACTION	57
3.0654-3.1057	0.2829	133	0.2846	3453	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1057-3.1482	0.3067	144	0.28	3375	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1482-3.1931	0.3112	127	0.2721	3481	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1931-3.2407	0.2718	133	0.2545	3378	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2407-3.2913	0.2683	190	0.249	3385	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2913-3.3452	0.2502	108	0.2465	3419	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3452-3.4028	0.3268	136	0.2598	3465	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4028-3.4646	0.3512	170	0.2798	3355	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4646-3.5311	0.2802	133	0.2622	3427	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5311-3.6031	0.2759	147	0.2451	3392	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6031-3.6813	0.2979	135	0.2417	3433	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6813-3.7668	0.2463	137	0.2298	3413	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7668-3.8608	0.2651	164	0.2394	3282	X-RAY DIFFRACTION	97
3.8608-3.965	0.242	132	0.2227	3372	X-RAY DIFFRACTION	99
3.965-4.0814	0.228	144	0.1907	3406	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0814-4.2127	0.1708	132	0.1712	3433	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2127-4.3629	0.2093	138	0.1651	3417	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3629-4.537	0.1896	155	0.1515	3412	X-RAY DIFFRACTION	100
4.537-4.7427	0.2006	136	0.1485	3396	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7427-4.9917	0.1925	141	0.1466	3412	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9917-5.3028	0.2016	149	0.1619	3427	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3028-5.7096	0.1733	138	0.1838	3410	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7096-6.2794	0.2671	151	0.198	3406	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2794-7.177	0.2211	141	0.1914	3430	X-RAY DIFFRACTION	100
7.177-9.0012	0.1863	148	0.1541	3385	X-RAY DIFFRACTION	100
9.0012-29.8959	0.2216	144	0.1543	3392	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5092	0.0702	-0.1659	4.8099	0.8795	2.7441	0.1756	-0.1629	-0.0302	0.3066	0.0592	-0.2711	0.0589	0.2812	-0.2556	0.6922	-0.0436	-0.0745	0.5413	-0.033	0.646	4.9656	-7.3479	-9.8642
2	2.8588	1.4294	-1.1988	4.0837	-0.2386	2.7319	-0.0699	-0.0791	-0.0354	0.1036	-0.0389	0.1046	0.1367	-0.1393	0.1117	0.6267	0.0018	-0.0238	0.5613	-0.049	0.5432	27.3758	-24.2414	-17.9456
3	3.6071	-0.6955	-0.6605	2.8908	0.232	3.8896	-0.5103	0.4491	-1.1483	-0.1315	-0.0612	0.3669	0.5397	-0.24	0.603	0.5804	-0.0909	0.1758	0.4764	-0.0745	0.8425	20.9914	-41.0101	-20.7047
4	2.2939	1.6826	0.66	4.0841	-0.9806	4.36	0.2113	-0.2668	-0.2105	0.6382	-0.1529	0.3618	0.3645	-0.1574	-0.2343	0.9655	-0.034	0.2017	0.6565	-0.0237	0.8329	12.8436	-45.7473	-4.7456
5	3.671	-0.3313	0.7475	3.1156	-0.2568	3.6416	0.0888	0.187	0.288	0.1029	0.0274	-0.4048	-0.5788	0.6375	-0.111	0.6937	-0.1271	0.0247	0.5888	-0.0912	0.5504	42.0419	-7.5577	-25.2064
6	3.5284	0.4914	0.2119	3.0581	-1.5798	3.2702	0.0528	0.0004	-0.3202	0.3133	-0.1504	-0.3836	0.0991	0.5075	0.1222	0.7106	0.1298	-0.0023	0.9012	0.0012	0.5863	48.8258	-20.4768	-47.8457
7	5.0847	-0.3217	-1.1805	5.6791	0.5397	3.4992	-0.5056	0.1903	-0.9199	0.2262	0.1613	0.5921	0.6652	-0.3416	0.2882	0.5743	0.078	0.0787	0.6926	-0.0986	0.6878	35.8496	-30.2293	-51.4033
8	5.4962	-0.7889	3.2179	6.7528	-4.573	6.9597	-0.279	-0.1589	-1.8495	-0.3689	-0.0733	-0.1474	1.3274	1.4956	0.1338	1.009	0.2554	0.3481	0.8787	0.1693	1.1049	47.095	-44.2159	-41.7949
9	1.9653	-1.185	1.0295	0.6797	-0.6517	0.7624	0.9418	-0.2291	-0.6336	0.3622	0.3372	1.1719	0.276	-0.5395	-1.0827	1.3413	0.2927	0.1911	1.2246	0.4744	1.4608	42.5965	-46.9254	-32.5803
10	2.4247	0.4857	-0.1438	3.4827	0.7508	4.2217	0.1473	0.4035	0.6302	-0.3952	-0.1394	-0.2839	-0.8268	0.0462	0.0276	0.8555	0.0236	0.0937	0.7533	0.0911	0.651	47.6179	-2.035	-63.5257
11	3.8112	-1.1869	0.7871	3.7658	-0.6245	3.0616	0.0996	-0.1291	-0.3536	0.0959	-0.0032	-0.1367	0.2599	0.4513	-0.0677	0.3824	0.0092	0.0205	0.584	-0.0321	0.3536	35.1256	-27.8185	-79.3182
12	2.3834	-0.0098	0.5495	3.9516	0.0213	3.1502	0.1718	0.1751	0.3371	-0.1291	-0.1249	0.137	-0.1746	-0.0783	-0.0439	0.4463	-0.0146	0.0199	0.6079	0.0548	0.5481	14.2913	-4.9478	-90.795
13	2.4541	-1.7508	-0.71	6.0068	-0.5412	2.2156	0.0448	-0.1064	0.116	-0.1517	-0.02	0.0253	-0.1014	-0.0333	-0.0231	0.3555	-0.0645	-0.0099	0.4903	-0.0247	0.4308	-5.4944	-23.1991	-81.0822
14	2.1229	1.2167	-0.3208	5.5563	-0.4412	4.9614	0.1593	-0.6833	-0.0434	1.2116	-0.0859	-0.4048	-0.1702	0.4426	-0.1036	0.5165	-0.034	-0.0507	0.5413	-0.0195	0.4805	-0.9458	-32.4058	-68.1168
15	4.4353	1.12	-3.2431	6.084	-0.3586	4.2333	-0.5308	0.0567	-0.8121	-0.4479	0.0291	-0.8112	0.5032	0.2565	0.4365	0.479	0.0174	-0.0025	0.545	0.0108	0.7211	4.8087	-46.7534	-81.2661
16	4.2446	0.2041	-0.7126	5.0102	0.0553	5.2351	-0.0201	-0.3319	0.5132	0.1935	-0.0428	0.4825	-0.7267	-0.5605	0.0702	0.5396	0.1193	0.02	0.5182	-0.0399	0.6045	-18.3346	-5.7439	-75.3741
17	1.541	-0.4377	1.1268	4.5165	1.3036	4.6102	-0.1452	-0.0569	0.1151	0.2019	-0.1578	0.2648	-0.0404	-0.7835	0.3213	0.4782	-0.1126	-0.0122	0.8121	-0.0634	0.5757	-26.7267	-22.4737	-52.1706
18	2.5595	0.1195	1.0419	3.8677	-0.8036	4.4052	0.0983	0.1126	-0.4795	-0.2414	0.1343	0.2927	0.9533	-0.6049	-0.2505	0.6938	-0.1976	0.0844	0.6868	-0.057	0.6005	-28.3099	-40.2338	-63.0427
19	3.8134	-0.041	0.9699	3.6128	0.1968	3.9372	-0.5544	-0.8962	0.9681	0.3683	-0.0081	0.2509	-0.5513	-0.9578	0.5883	0.7357	0.1612	-0.125	0.8039	-0.249	0.7153	-25.1669	-7.0045	-34.8036
20	2.8428	0.7465	0.2482	4.1104	0.2986	3.1114	0.0078	-0.0808	-0.3294	0.0302	-0.1968	0.0032	0.0938	-0.346	0.1851	0.6882	-0.0306	-0.009	0.617	-0.0498	0.6865	-8.5831	-22.8533	-19.5421
21	3.6595	-0.3462	-0.9368	4.549	0.5026	2.9908	-0.0379	0.5552	-0.7953	-0.2573	0.1522	-0.5836	0.4342	0.1091	-0.1187	0.7052	-0.0613	-0.0356	0.5649	-0.0891	0.8933	-4.121	-35.604	-30.9886
22	7.8006	0.8721	-0.3356	4.4331	0.4617	1.0209	0.2476	0.0208	-1.0169	-0.0298	-0.1588	-0.1021	0.6779	-0.2899	-0.0965	0.9617	-0.1588	0.0926	0.7485	-0.1305	0.9737	-21.6576	-47.169	-30.5653
23	0.3077	-0.158	-0.1595	0.0612	0.1338	1.1954	-0.1701	0.3691	-0.442	-1.2208	-0.4246	0.2836	0.0472	-0.0019	0.4086	1.3131	0.1108	-0.0731	1.0116	-0.1173	1.0402	7.9283	-27.2151	-86.5808
24	-0.0048	0.0026	-0.004	-0.0034	-0.0016	0.003	0.1112	0.0029	0.2684	0.4632	-0.1074	0.398	0.0579	-0.2357	-0.0922	0.8507	0.2919	-0.1271	0.8858	-0.1935	1.1033	-21.5894	-26.1456	-27.084
25	0.0014	-0.0081	-0.0056	-0.0028	0.0038	-0.0004	-0.3101	0.2208	0.3204	-0.1683	0.3079	0.8761	-0.2524	0.0155	0.0354	0.8434	0.0978	-0.0172	0.7464	-0.082	0.8632	-28.4306	-21.6343	-67.4243
26	-0.0037	-0.0063	-0.0003	-0.0115	-0.007	0.0003	0.0259	0.0874	0.2347	-0.5612	0.1948	-0.5525	-0.4113	0.1704	-0.2135	0.9408	-0.2087	0.1796	0.9939	0.0224	0.7939	44.7755	-18.1607	-76.7196
27	0.0068	-0.0015	-0.0017	-0.0032	0.0029	0.0005	0.0604	0.092	0.0955	0.2717	0.1716	-0.1675	0.002	0.0613	-0.1071	1.4976	0.152	0.094	0.861	-0.1735	0.7935	15.4696	-24.9292	-8.1483
28	0.5561	0.492	0.3554	0.4378	0.3046	0.2122	0.2147	0.0615	0.2945	0.5146	0.7158	-1.2033	0.2892	0.3174	-0.6106	0.6361	0.0774	0.1791	1.2616	-0.1347	1.028	46.7802	-24.7341	-35.149

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID -1:100 )	A	-1 - 100
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 101:233 )	A	101 - 233
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 234:309 )	A	234 - 309
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 310:353 )	A	310 - 353
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 1:100 )	B	1 - 100
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 101:185 )	B	101 - 185
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 186:309 )	B	186 - 309
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 310:328 )	B	310 - 328
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 329:353 )	B	329 - 353
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN C AND RESID 2:100 )	C	2 - 100
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN C AND RESID 101:353 )	C	101 - 353
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN D AND RESID -5:100 )	D	-5 - 100
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN D AND RESID 101:202 )	D	101 - 202
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN D AND RESID 203:271 )	D	203 - 271
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN D AND RESID 272:355 )	D	272 - 355
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN E AND RESID 1:100 )	E	1 - 100
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN E AND RESID 101:233 )	E	101 - 233
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN E AND RESID 234:353 )	E	234 - 353
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN F AND RESID 1:100 )	F	1 - 100
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN F AND RESID 101:202 )	F	101 - 202
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN F AND RESID 203:307 )	F	203 - 307
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN F AND RESID 308:353 )	F	308 - 353
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN D AND RESID 401:401 )	D	401
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN F AND RESID 401:401 )	F	401
25	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN E AND RESID 401:401 )	E	401
26	X-RAY DIFFRACTION	26	( CHAIN C AND RESID 401:401 )	C	401
27	X-RAY DIFFRACTION	27	( CHAIN A AND RESID 401:401 )	A	401
28	X-RAY DIFFRACTION	28	( CHAIN B AND RESID 401:401 )	B	401

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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