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- PDB-6ojy: Methylated PilT4 from Geobacter metallireducens bound to sulfate:... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ojy
タイトルMethylated PilT4 from Geobacter metallireducens bound to sulfate: C3ocococ conformation
要素(Twitching motility pilus retraction ...) x 5
キーワードMOTOR PROTEIN / T4P / ATPase / type IV pilus / motor
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Pilus retraction protein PilT/PilU / Beta-Lactamase - #90 / Bacterial type II secretion system protein E signature. / : / Type II/IV secretion system protein / Type II/IV secretion system protein / Beta-Lactamase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase ...Pilus retraction protein PilT/PilU / Beta-Lactamase - #90 / Bacterial type II secretion system protein E signature. / : / Type II/IV secretion system protein / Type II/IV secretion system protein / Beta-Lactamase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Twitching motility pilus retraction ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacter metallireducens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者McCallum, M. / Howell, P.L.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2019
タイトル: Multiple conformations facilitate PilT function in the type IV pilus.
著者: Matthew McCallum / Samir Benlekbir / Sheryl Nguyen / Stephanie Tammam / John L Rubinstein / Lori L Burrows / P Lynne Howell /
要旨: Type IV pilus-like systems are protein complexes that polymerize pilin fibres. They are critical for virulence in many bacterial pathogens. Pilin polymerization and depolymerization are powered by ...Type IV pilus-like systems are protein complexes that polymerize pilin fibres. They are critical for virulence in many bacterial pathogens. Pilin polymerization and depolymerization are powered by motor ATPases of the PilT/VirB11-like family. This family is thought to operate with C symmetry; however, most of these ATPases crystallize with either C or C symmetric conformations. The relevance of these conformations is unclear. Here, we determine the X-ray structures of PilT in four unique conformations and use these structures to classify the conformation of available PilT/VirB11-like family member structures. Single particle electron cryomicroscopy (cryoEM) structures of PilT reveal condition-dependent preferences for C C, and C conformations. The physiologic importance of these conformations is validated by coevolution analysis and functional studies of point mutants, identifying a rare gain-of-function mutation that favours the C conformation. With these data, we propose a comprehensive model of PilT function with broad implications for PilT/VirB11-like family members.
履歴
登録2019年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Twitching motility pilus retraction ATPase
B: Twitching motility pilus retraction ATPase
C: Twitching motility pilus retraction ATPase
D: Twitching motility pilus retraction ATPase
E: Twitching motility pilus retraction ATPase
F: Twitching motility pilus retraction ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)258,17412
ポリマ-257,5986
非ポリマー5766
3,441191
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy, cryoEM evidence of hexamer
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17820 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area84740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.800, 119.010, 178.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Twitching motility pilus retraction ... , 5種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質 Twitching motility pilus retraction ATPase


分子量: 42937.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacter metallireducens (strain GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210) (バクテリア)
: GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210 / 遺伝子: pilT-4, Gmet_1394 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q39VU6
#2: タンパク質 Twitching motility pilus retraction ATPase


分子量: 42937.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacter metallireducens (strain GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210) (バクテリア)
: GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210 / 遺伝子: pilT-4, Gmet_1394 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q39VU6
#3: タンパク質 Twitching motility pilus retraction ATPase


分子量: 42937.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacter metallireducens (strain GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210) (バクテリア)
: GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210 / 遺伝子: pilT-4, Gmet_1394 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q39VU6
#4: タンパク質 Twitching motility pilus retraction ATPase


分子量: 42937.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacter metallireducens (strain GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210) (バクテリア)
: GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210 / 遺伝子: pilT-4, Gmet_1394 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q39VU6
#5: タンパク質 Twitching motility pilus retraction ATPase


分子量: 42910.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacter metallireducens (strain GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210) (バクテリア)
: GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210 / 遺伝子: pilT-4, Gmet_1394 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q39VU6

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非ポリマー , 2種, 197分子

#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 25 mM Hepes pH 7 75 mM NaCl 5 % (v/v) glycerol 100 mM ammonium sulphate 50 mM Bis-Tris-HCl pH 6.5 12.5% (w/v) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→48.558 Å / Num. obs: 37753 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Rpim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 3.3→3.4 Å / Num. unique obs: 3658 / Rpim(I) all: 0.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3JVV
解像度: 3.3→48.558 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.34
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 1899 5.04 %
Rwork0.2088 --
obs0.2107 37693 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→48.558 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16197 0 30 191 16418
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00516551
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89422499
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.13410120
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0532669
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062925
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3-3.38250.31691320.29092482X-RAY DIFFRACTION98
3.3825-3.4740.30171310.28012511X-RAY DIFFRACTION100
3.474-3.57620.29621520.26872503X-RAY DIFFRACTION100
3.5762-3.69160.33411440.25062525X-RAY DIFFRACTION100
3.6916-3.82340.25141220.24392521X-RAY DIFFRACTION100
3.8234-3.97650.28131190.22472572X-RAY DIFFRACTION100
3.9765-4.15730.24481500.21062514X-RAY DIFFRACTION100
4.1573-4.37640.23551130.19792569X-RAY DIFFRACTION100
4.3764-4.65040.23821360.17712552X-RAY DIFFRACTION100
4.6504-5.00910.18921340.16692559X-RAY DIFFRACTION100
5.0091-5.51260.25041360.20212581X-RAY DIFFRACTION100
5.5126-6.30880.26971290.22182580X-RAY DIFFRACTION100
6.3088-7.94280.25351490.21082606X-RAY DIFFRACTION100
7.9428-48.56290.1841520.15882719X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.0765-1.93531.65324.2698-1.3034.35850.1678-0.4253-0.63090.08820.01730.53810.2916-0.5612-0.21170.4721-0.06470.18110.4350.10330.6518-33.7409-13.855155.555
21.0982-0.4955-1.24295.52162.80135.6330.018-0.07450.2025-0.11580.17620.7278-0.1127-0.6082-0.15060.28530.00490.04770.37270.08490.5299-39.5301-3.663737.0479
32.0939-0.2842-0.65224.38461.57855.13750.08380.00010.0573-0.20320.1464-0.0029-0.90130.2916-0.21890.48550.05920.09660.3322-0.02660.4442-31.79929.346635.5583
40.46730.4875-0.92082.02891.06994.5274-0.2840.1757-0.01320.7686-0.0480.3779-1.3084-1.23430.34231.5560.45840.23710.8169-0.10711.004-40.277523.176841.6375
50.4861-1.67370.27575.7288-0.85231.1450.0965-0.03940.51771.75340.13580.0821-1.6396-1.0005-0.22391.79170.40240.430.8050.08020.8042-39.612821.084157.9663
67.55920.1907-0.37729.49620.78697.2465-0.27870.9308-1.2877-1.4668-0.14581.86380.4705-0.66980.40660.7128-0.0971-0.20970.5209-0.11290.8476-44.4647-20.069418.4478
77.6827-0.5027-0.94126.53010.64865.8077-0.51120.5623-0.2614-0.87190.06690.12640.3168-0.24030.44410.4961-0.152-0.06660.3273-0.01520.4614-35.7571-18.367821.5385
85.3952.1503-4.62454.3766-2.09944.585-0.01011.3030.6312-0.72220.21580.6454-0.157-0.694-0.17540.66670.0817-0.0921.12850.25350.5791-31.03391.2289-1.1353
94.9427-0.331-3.69382.0410.04195.24430.85070.06680.4723-0.0915-0.26560.1182-1.3744-0.9445-0.54540.52840.06260.13670.62490.11960.5609-24.37850.04123.134
106.09330.5086-0.62876.8093-1.5854.98520.193-0.11980.1913-0.12320.2374-0.1736-0.1283-0.1482-0.36590.4692-0.11570.02460.4475-0.03920.2511-16.0156-7.04656.548
116.4812-3.1965-1.53322.4534-1.47816.1637-0.1958-1.04471.16370.68050.3957-0.0113-1.80880.9072-0.19421.0796-0.1910.3520.7223-0.32111.0947-14.44149.619813.9648
128.3441.12262.31527.05292.91956.64270.9057-0.95391.6085-0.5265-0.12-0.5451-2.0336-0.8198-0.80841.48110.09860.55570.9129-0.00971.1064-23.755316.04828.4765
137.79495.41660.32654.88961.81742.2543-0.8323-1.4951.7585-0.15430.3921.1081-0.8477-1.1070.43511.48930.80570.19651.59040.11631.1679-36.390818.169610.2042
143.12342.6082-1.04973.3593-0.7671.6598-0.64170.5541-1.0041-0.9290.0822-0.90770.89550.09010.56140.8632-0.0010.20310.6262-0.13110.6263-2.9927-16.5144-5.9082
154.1914-1.2262.28165.6151-1.44815.1091-0.171-0.07340.69240.40370.08790.1616-0.2277-0.61440.11090.2867-0.03480.13450.5811-0.00370.415310.91313.68751.084
162.00024.8566.85134.45736.58859.7623-0.75372.34590.9881-1.22660.3946-0.3961-2.79690.34120.36761.04690.2171-0.10361.13730.42891.04174.680315.4923-15.999
178.9470.48212.0267.23090.71695.1835-0.61821.22331.7571-0.51310.07961.0949-1.2717-1.01570.5390.73860.013-0.11051.04840.33841.1016-6.374515.3251-17.2186
187.42620.3809-0.25264.80170.27294.13320.32830.2862-0.33170.0411-0.158-0.39220.82890.0268-0.1590.68760.059-0.01390.3812-0.13250.338628.9266-17.20528.406
194.42660.13821.01218.0716-0.78853.414-0.14150.18010.1655-0.5060.13660.09780.02270.02920.05170.6151-0.1128-0.0710.3088-0.05590.268229.75672.276629.3648
207.0363-0.07270.48414.9119-0.23593.2461-0.96010.71771.8274-0.95880.24390.3062-0.40530.13270.72630.9788-0.174-0.22220.50710.09850.948428.766821.671924.7295
212.6995-2.04570.33292.21110.71541.4694-0.50550.79570.9169-1.00740.80460.035-0.6074-0.2136-0.29171.9476-0.6059-0.40431.17860.50771.184230.498321.62188.3525
223.346-0.2301-0.42044.18831.49851.78040.0829-0.8084-1.07560.8542-0.0975-0.53640.78290.2824-0.00181.01780.0853-0.25630.52350.20670.768936.1261-17.673946.4071
236.07173.0556-1.6574.0574-0.94842.0180.0559-0.014-0.1918-0.06350.07250.09050.10530.1674-0.12260.33420.0389-0.07630.3841-0.0490.249321.21164.797160.2013
248.9175-0.3306-2.20385.92861.79934.44350.58870.15251.2349-0.0883-0.0315-0.3539-0.40740.1755-0.55870.46070.03550.08950.35070.04440.434234.409222.865857.3062
254.60471.17170.10473.21631.09396.58020.493-0.7298-1.02520.4624-0.20460.41890.6806-0.268-0.3010.5669-0.0491-0.12660.50190.23470.82925.6969-14.542271.5631
265.30510.66870.81984.8741-0.15653.7896-0.1015-0.47840.47060.36890.1983-0.2582-0.09710.0246-0.0940.370.06940.03850.344-0.04960.5394-15.5363-0.416961.6015
275.13971.97261.66193.78910.97187.2152-0.02930.22311.11740.1886-0.10070.0374-0.95060.09010.11070.5140.0081-0.00080.47190.03121.0471-9.212617.162859.0858
281.73550.51951.51812.04514.26212.00210.32560.50870.2283-0.06511.0362-0.309-0.51882.1418-1.36680.9083-0.21670.14511.1364-0.25051.12593.043222.934172.0178
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 121 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 122 through 185 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 186 through 300 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 301 through 318 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 319 through 354 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid -4 through 27 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 28 through 100 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 101 through 121 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 122 through 151 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 152 through 233 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 234 through 270 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 271 through 309 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 310 through 350 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 0 through 130 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 131 through 308 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 309 through 328 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 329 through 353 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 3 through 100 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 101 through 288 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 289 through 328 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 329 through 354 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 2 through 100 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 101 through 288 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 289 through 357 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 1 through 100 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 101 through 233 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 234 through 328 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 329 through 352 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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