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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ojy | ||||||
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タイトル | Methylated PilT4 from Geobacter metallireducens bound to sulfate: C3ocococ conformation | ||||||
![]() | (Twitching motility pilus retraction ...) x 5 | ||||||
![]() | MOTOR PROTEIN / T4P / ATPase / type IV pilus / motor | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | McCallum, M. / Howell, P.L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Multiple conformations facilitate PilT function in the type IV pilus. 著者: Matthew McCallum / Samir Benlekbir / Sheryl Nguyen / Stephanie Tammam / John L Rubinstein / Lori L Burrows / P Lynne Howell / ![]() 要旨: Type IV pilus-like systems are protein complexes that polymerize pilin fibres. They are critical for virulence in many bacterial pathogens. Pilin polymerization and depolymerization are powered by ...Type IV pilus-like systems are protein complexes that polymerize pilin fibres. They are critical for virulence in many bacterial pathogens. Pilin polymerization and depolymerization are powered by motor ATPases of the PilT/VirB11-like family. This family is thought to operate with C symmetry; however, most of these ATPases crystallize with either C or C symmetric conformations. The relevance of these conformations is unclear. Here, we determine the X-ray structures of PilT in four unique conformations and use these structures to classify the conformation of available PilT/VirB11-like family member structures. Single particle electron cryomicroscopy (cryoEM) structures of PilT reveal condition-dependent preferences for C C, and C conformations. The physiologic importance of these conformations is validated by coevolution analysis and functional studies of point mutants, identifying a rare gain-of-function mutation that favours the C conformation. With these data, we propose a comprehensive model of PilT function with broad implications for PilT/VirB11-like family members. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 830.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 691 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 500.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 514.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 72.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 98.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-Twitching motility pilus retraction ... , 5種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 42937.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210 / 遺伝子: pilT-4, Gmet_1394 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 42937.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210 / 遺伝子: pilT-4, Gmet_1394 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
#3: タンパク質 | 分子量: 42937.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210 / 遺伝子: pilT-4, Gmet_1394 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
#4: タンパク質 | 分子量: 42937.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210 / 遺伝子: pilT-4, Gmet_1394 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() #5: タンパク質 | | 分子量: 42910.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210 / 遺伝子: pilT-4, Gmet_1394 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() |
-非ポリマー , 2種, 197分子 


#6: 化合物 | ChemComp-SO4 / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.42 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 25 mM Hepes pH 7 75 mM NaCl 5 % (v/v) glycerol 100 mM ammonium sulphate 50 mM Bis-Tris-HCl pH 6.5 12.5% (w/v) PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.3→48.558 Å / Num. obs: 37753 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Rpim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 12.6 |
反射 シェル | 解像度: 3.3→3.4 Å / Num. unique obs: 3658 / Rpim(I) all: 0.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3JVV 解像度: 3.3→48.558 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.34
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.3→48.558 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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