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- PDB-6ojj: Structure of ScAtg3 with truncations in N-terminal and flexible r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ojj
タイトルStructure of ScAtg3 with truncations in N-terminal and flexible region (FR)
要素Autophagy-related protein 3,Autophagy-related protein 3
キーワードLIGASE / Autophagy / E2
機能・相同性
機能・相同性情報


Atg8-family conjugating enzyme activity / Atg8-family ligase activity / phagophore / Macroautophagy / glycophagy / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / nucleophagy / autophagy of mitochondrion / piecemeal microautophagy of the nucleus / phagophore assembly site ...Atg8-family conjugating enzyme activity / Atg8-family ligase activity / phagophore / Macroautophagy / glycophagy / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / nucleophagy / autophagy of mitochondrion / piecemeal microautophagy of the nucleus / phagophore assembly site / protein targeting to membrane / autophagosome assembly / mitochondrion / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-like-conjugating enzyme Atg3/Atg10 / Autophagocytosis associated protein, active-site domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Autophagy-related protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.406 Å
データ登録者Zheng, Y. / Qiu, Y. / Schulman, B.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)5P30CA021765, RO1GM069530 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: A switch element in the autophagy E2 Atg3 mediates allosteric regulation across the lipidation cascade.
著者: Zheng, Y. / Qiu, Y. / Grace, C.R.R. / Liu, X. / Klionsky, D.J. / Schulman, B.A.
履歴
登録2019年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Autophagy-related protein 3,Autophagy-related protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9173
ポリマ－25,7331
非ポリマー1842
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.078, 44.557, 66.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.98, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Autophagy-related protein 3,Autophagy-related protein 3 / Autophagy-related E2-like conjugation enzyme ATG3


分子量: 25733.066 Da / 分子数: 1 / 変異: C41A, C76A, C83A,C41A, C76A, C83A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ATG3, APG3, AUT1, YNR007C, N2040 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: P40344
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.43 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 9% PEG3350, 100 mM HEPES pH 7.2, 150 mM L-Malic acid.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 10013 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Rpim(I) all: 0.094 / Rsym value: 0.15 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 482 / CC1/2: 0.587 / Rpim(I) all: 0.527 / Rsym value: 0.766 / Χ2: 0.86 / % possible all: 92.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DYT

2dyt


解像度: 2.406→26.408 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.06
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2432 498 4.98 %
Rwork0.2131 --
obs0.2146 10005 96.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.406→26.408 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1486 0 12 23 1521
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021533
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6742076
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.057562
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.028230
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004260
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4056-2.64740.32071210.29912200X-RAY DIFFRACTION90
2.6474-3.03010.2831300.26082382X-RAY DIFFRACTION98
3.0301-3.81570.26161230.21692431X-RAY DIFFRACTION99
3.8157-26.40960.20281240.18232494X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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