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万見
- PDB-6ohb: E. coli Guanine Deaminase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ohb
タイトルE. coli Guanine Deaminase
要素Guanine deaminase
キーワードHYDROLASE / amidohydrolase guanine deaminase purine metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


ammeline aminohydrolase activity / guanine deaminase / guanine deaminase activity / guanine catabolic process / guanine metabolic process / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Guanine deaminase / : / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Shek, R.S. / French, J.B.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM124898 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103403 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Structural Determinants for Substrate Selectivity in Guanine Deaminase Enzymes of the Amidohydrolase Superfamily.
著者: Shek, R. / Hilaire, T. / Sim, J. / French, J.B.
履歴
登録2019年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22019年8月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanine deaminase
B: Guanine deaminase
C: Guanine deaminase
D: Guanine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,4908
ポリマ－201,2284
非ポリマー2624
水3,621201
1
A: Guanine deaminase
C: Guanine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,7454
ポリマ－100,6142
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4220 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area28580 Å2
手法PISA
2
B: Guanine deaminase
D: Guanine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,7454
ポリマ－100,6142
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3940 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area28610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.479, 137.583, 98.581
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.161, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPSERSER(chain 'A' and ((resid 62 and (name N or name...AA62 - 8862 - 88
12GLNGLNGLUGLU(chain 'A' and ((resid 62 and (name N or name...AA97 - 11797 - 117
13ARGARGLEULEU(chain 'A' and ((resid 62 and (name N or name...AA120 - 130120 - 130
14ASNASNSERSER(chain 'A' and ((resid 62 and (name N or name...AA133 - 301133 - 301
15TYRTYRGLNGLN(chain 'A' and ((resid 62 and (name N or name...AA304 - 350304 - 350
16ARGARGGLNGLN(chain 'A' and ((resid 62 and (name N or name...AA353 - 399353 - 399
17ASNASNSERSER(chain 'A' and ((resid 62 and (name N or name...AA405 - 424405 - 424
18ARGARGVALVAL(chain 'A' and ((resid 62 and (name N or name...AA427 - 435427 - 435
19ARGARGARGARG(chain 'A' and ((resid 62 and (name N or name...AA438438
21ASPASPSERSER(chain 'B' and ((resid 62 and (name N or name...BB62 - 8862 - 88
22GLNGLNGLUGLU(chain 'B' and ((resid 62 and (name N or name...BB97 - 11797 - 117
23ARGARGLEULEU(chain 'B' and ((resid 62 and (name N or name...BB120 - 130120 - 130
24ASNASNSERSER(chain 'B' and ((resid 62 and (name N or name...BB133 - 301133 - 301
25TYRTYRGLNGLN(chain 'B' and ((resid 62 and (name N or name...BB304 - 350304 - 350
26ARGARGGLNGLN(chain 'B' and ((resid 62 and (name N or name...BB353 - 399353 - 399
27ASNASNSERSER(chain 'B' and ((resid 62 and (name N or name...BB405 - 424405 - 424
28ARGARGVALVAL(chain 'B' and ((resid 62 and (name N or name...BB427 - 435427 - 435
29ARGARGARGARG(chain 'B' and ((resid 62 and (name N or name...BB438438
31ASPASPSERSER(chain 'C' and (resid 62 through 63 or (resid 64...CC62 - 8862 - 88
32GLNGLNGLUGLU(chain 'C' and (resid 62 through 63 or (resid 64...CC97 - 11797 - 117
33ARGARGLEULEU(chain 'C' and (resid 62 through 63 or (resid 64...CC120 - 130120 - 130
34ASNASNSERSER(chain 'C' and (resid 62 through 63 or (resid 64...CC133 - 301133 - 301
35TYRTYRGLNGLN(chain 'C' and (resid 62 through 63 or (resid 64...CC304 - 350304 - 350
36ARGARGGLNGLN(chain 'C' and (resid 62 through 63 or (resid 64...CC353 - 399353 - 399
37ASNASNSERSER(chain 'C' and (resid 62 through 63 or (resid 64...CC405 - 424405 - 424
38ARGARGVALVAL(chain 'C' and (resid 62 through 63 or (resid 64...CC427 - 435427 - 435
39ARGARGARGARG(chain 'C' and (resid 62 through 63 or (resid 64...CC438438
41ASPASPSERSER(chain 'D' and (resid 62 through 63 or (resid 64...DD62 - 8862 - 88
42GLNGLNGLUGLU(chain 'D' and (resid 62 through 63 or (resid 64...DD97 - 11797 - 117
43ARGARGLEULEU(chain 'D' and (resid 62 through 63 or (resid 64...DD120 - 130120 - 130
44ASNASNSERSER(chain 'D' and (resid 62 through 63 or (resid 64...DD133 - 301133 - 301
45TYRTYRGLNGLN(chain 'D' and (resid 62 through 63 or (resid 64...DD304 - 350304 - 350
46ARGARGGLNGLN(chain 'D' and (resid 62 through 63 or (resid 64...DD353 - 399353 - 399
47ASNASNSERSER(chain 'D' and (resid 62 through 63 or (resid 64...DD405 - 424405 - 424
48ARGARGVALVAL(chain 'D' and (resid 62 through 63 or (resid 64...DD427 - 435427 - 435
49ARGARGARGARG(chain 'D' and (resid 62 through 63 or (resid 64...DD438438

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要素

#1: タンパク質
Guanine deaminase / Guanine aminase / Guanine aminohydrolase / GAH


分子量: 50307.074 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: guaD, ygfP, b2883, JW5466 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P76641, guanine deaminase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.4 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% Peg3350 100 mM Bis-tris propane pH 7.6 30 mM Citric acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9198 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9198 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→55.99 Å / Num. obs: 73766 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 45.36 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.35 Å / Rmerge(I) obs: 0.55 / Num. unique obs: 4626 / CC1/2: 0.731

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OOD

2ood


解像度: 2.3→55.99 Å / SU ML: 0.299 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.8213
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2343 3761 5.1 %
Rwork0.1856 --
obs0.188 73766 96.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 51.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→55.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13672 0 4 201 13877
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004414040
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.795619071
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05072093
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052448
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.511410564
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.330.32691530.27152622X-RAY DIFFRACTION97.51
2.33-2.360.3441420.25512617X-RAY DIFFRACTION97.35
2.36-2.390.33971460.25242588X-RAY DIFFRACTION96.61
2.39-2.430.29631400.24492630X-RAY DIFFRACTION97.23
2.43-2.460.33111410.25082588X-RAY DIFFRACTION95.39
2.46-2.50.32171280.2582516X-RAY DIFFRACTION94.87
2.5-2.540.31271280.24772531X-RAY DIFFRACTION93.3
2.54-2.590.32791390.23832646X-RAY DIFFRACTION98.2
2.59-2.630.28261640.23782614X-RAY DIFFRACTION98.58
2.63-2.680.30521310.23752655X-RAY DIFFRACTION98.17
2.68-2.740.29951230.23512691X-RAY DIFFRACTION98.25
2.74-2.80.28591440.23382618X-RAY DIFFRACTION98.36
2.8-2.860.28511360.22022650X-RAY DIFFRACTION97.86
2.86-2.930.3111550.22072598X-RAY DIFFRACTION97.55
2.93-3.010.30231590.22382622X-RAY DIFFRACTION97.31
3.01-3.10.24091490.22022583X-RAY DIFFRACTION96.3
3.1-3.20.27881510.21282588X-RAY DIFFRACTION96.31
3.2-3.320.27511230.21252617X-RAY DIFFRACTION95.67
3.32-3.450.26021250.20792547X-RAY DIFFRACTION94.68
3.45-3.610.24751540.18892451X-RAY DIFFRACTION91.6
3.61-3.80.22751160.182472X-RAY DIFFRACTION90.58
3.8-4.030.2031240.1622620X-RAY DIFFRACTION96.35
4.03-4.350.18921230.15252632X-RAY DIFFRACTION96.6
4.35-4.780.16411490.13322605X-RAY DIFFRACTION96.39
4.78-5.470.1881440.14532599X-RAY DIFFRACTION95.71
5.47-6.90.19161400.16812502X-RAY DIFFRACTION92.31
6.9-56.010.16321340.13912603X-RAY DIFFRACTION93.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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