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- PDB-5eak: Optimization of Microtubule Affinity Regulating Kinase (MARK) Inh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eak
タイトルOptimization of Microtubule Affinity Regulating Kinase (MARK) Inhibitors with Improved Physical Properties
要素Serine/threonine-protein kinase MARK2
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / CATALYTIC DOMAIN / PROTEIN-SERINE-THREONINE KINASES / KINASE INHIBITOR / SERINE-THREONINE KINASES / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


: / establishment or maintenance of cell polarity regulating cell shape / microtubule bundle / mitochondrion localization / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / autophagy of mitochondrion / tau-protein kinase / tau-protein kinase activity / regulation of axonogenesis / establishment of cell polarity ...: / establishment or maintenance of cell polarity regulating cell shape / microtubule bundle / mitochondrion localization / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / autophagy of mitochondrion / tau-protein kinase / tau-protein kinase activity / regulation of axonogenesis / establishment of cell polarity / axon development / regulation of cytoskeleton organization / protein kinase activator activity / lateral plasma membrane / regulation of microtubule cytoskeleton organization / actin filament / positive regulation of neuron projection development / tau protein binding / microtubule cytoskeleton organization / Wnt signaling pathway / neuron migration / peptidyl-serine phosphorylation / protein autophosphorylation / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / cadherin binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / lipid binding / dendrite / magnesium ion binding / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Kinase associated domain 1 (KA1) / Kinase associated domain 1 / Kinase associated domain 1 (KA1) profile. / KA1 domain/Ssp2, C-terminal / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 ...: / Kinase associated domain 1 (KA1) / Kinase associated domain 1 / Kinase associated domain 1 (KA1) profile. / KA1 domain/Ssp2, C-terminal / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-24R / Serine/threonine-protein kinase MARK2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Su, H.P.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2016
タイトル: Optimization of microtubule affinity regulating kinase (MARK) inhibitors with improved physical properties.
著者: Sloman, D.L. / Noucti, N. / Altman, M.D. / Chen, D. / Mislak, A.C. / Szewczak, A. / Hayashi, M. / Warren, L. / Dellovade, T. / Wu, Z. / Marcus, J. / Walker, D. / Su, H.P. / Edavettal, S.C. / ...著者: Sloman, D.L. / Noucti, N. / Altman, M.D. / Chen, D. / Mislak, A.C. / Szewczak, A. / Hayashi, M. / Warren, L. / Dellovade, T. / Wu, Z. / Marcus, J. / Walker, D. / Su, H.P. / Edavettal, S.C. / Munshi, S. / Hutton, M. / Nuthall, H. / Stanton, M.G.
履歴
登録2015年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月24日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase MARK2
B: Serine/threonine-protein kinase MARK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5084
ポリマ－75,6652
非ポリマー8432
水1086
1
A: Serine/threonine-protein kinase MARK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2542
ポリマ－37,8331
非ポリマー4221
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serine/threonine-protein kinase MARK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2542
ポリマ－37,8331
非ポリマー4221
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)118.739, 118.739, 106.592
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase MARK2 / ELKL motif kinase 1 / EMK-1 / MAP/microtubule affinity-regulating kinase 2 / PAR1 homolog / PAR1 ...ELKL motif kinase 1 / EMK-1 / MAP/microtubule affinity-regulating kinase 2 / PAR1 homolog / PAR1 homolog b / Par1b


分子量: 37832.719 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN (UNP RESIDUES 39-364) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MARK2, EMK1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q7KZI7, non-specific serine/threonine protein kinase, tau-protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-24R / N-[(1S,2R)-2-aminocyclohexyl]-4-[6-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-3-yl]thiophene-2-carboxamide


分子量: 421.519 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H23N7OS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.09 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M BIS-TRIS PH 6.5, 14% PEG3350, 200MM AMM.SULFATE
PH範囲: 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 21123 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.442 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC位相決定
PHENIX1.6.4_486精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.8→29.68 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 1084 5.15 %
Rwork0.195 --
obs0.198 21064 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 16.78 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 33.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4328 Å20 Å20 Å2
2---0.4328 Å20 Å2
3---0.8655 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4915 0 60 6 4981
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095081
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2186844
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6831933
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079738
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004866
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.799-2.92630.36771260.28992465X-RAY DIFFRACTION100
2.9263-3.08050.33681490.25662481X-RAY DIFFRACTION100
3.0805-3.27320.32331330.21412502X-RAY DIFFRACTION100
3.2732-3.52560.23751280.19282488X-RAY DIFFRACTION100
3.5256-3.87970.24341620.17562469X-RAY DIFFRACTION100
3.8797-4.43950.23511300.17192505X-RAY DIFFRACTION100
4.4395-5.58720.19231290.16732507X-RAY DIFFRACTION100
5.5872-29.68640.23911270.19592563X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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