PDB-6ofm: Crystal structure of green fluorescent protein (GFP); S65T, Y66(3...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ofm

タイトル

Crystal structure of green fluorescent protein (GFP); S65T, Y66(3-CH3Y); ih circular permutant (50-51)

要素

Green fluorescent protein (GFP); S65T, Y66(3-CH3Y); ih circular permutant (50-51)

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / GFP

機能・相同性

Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / Green fluorescent protein

機能・相同性情報

生物種

Aequorea victoria (オワンクラゲ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.48 Å

データ登録者

Lin, C.-Y. / Romei, M.G. / Mathews, I.I. / Boxer, S.G.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: Unified Model for Photophysical and Electro-Optical Properties of Green Fluorescent Proteins.
著者: Lin, C.Y. / Romei, M.G. / Oltrogge, L.M. / Mathews, I.I. / Boxer, S.G.

履歴

登録	2019年3月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.5	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/6ofm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/6ofm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6ofkC 6oflC 6ofnC 6ofoC 4zf3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1bfp-d 6ofl-2 1z1q-d 3ssp-d 6fww-d 6gqg-d 7a80-1 3w1c-d 2qle-3 7a8i-3 6ogb-2 1emb-d 3dq2-d 5yr3-d 4w76-1 2qle-1 7a84-d 3cd1-d 5du0-2 5dtz-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (5) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Green fluorescent protein (GFP); S65T, Y66(3-CH3Y); ih circular permutant (50-51)

B: Green fluorescent protein (GFP); S65T, Y66(3-CH3Y); ih circular permutant (50-51)

56.2 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Green fluorescent protein (GFP); S65T, Y66(3-CH3Y); ih circular permutant (50-51)

ソフトウェアが定義した集合体
28.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Green fluorescent protein (GFP); S65T, Y66(3-CH3Y); ih circular permutant (50-51)

ソフトウェアが定義した集合体
28.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	50.977, 68.810, 60.608
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.58, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Green fluorescent protein (GFP); S65T, Y66(3-CH3Y); ih circular permutant (50-51) 分子量: 28097.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.62 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.15 M ammonium acetate, 28% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.48→39.26 Å / Num. obs: 66961 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 13.8 % / B_iso Wilson estimate: 18.6 Å² / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 19.7
反射シェル	解像度: 1.48→1.53 Å / 冗長度: 13.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 6627 / CC_1/2: 0.768 / R_rim(I) all: 1.44 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13rc2_2986: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4zf3

4zf3

解像度: 1.48→36.264 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.7

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1779	3349	5 %
R_work	0.1595	-	-
obs	0.1605	66958	97.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.48→36.264 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3675	0	0	420	4095

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3946
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.886	5402
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.753	2695
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.086	612
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	704

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4797-1.5008	0.31	137	0.2903	2602	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5008-1.5232	0.2854	137	0.2553	2603	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5232-1.547	0.2585	140	0.2482	2667	X-RAY DIFFRACTION	98
1.547-1.5724	0.2572	136	0.2223	2579	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5724-1.5995	0.2338	139	0.2192	2642	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5995-1.6286	0.2618	136	0.2087	2572	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6286-1.6599	0.208	139	0.1975	2639	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6599-1.6938	0.2399	140	0.1907	2651	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6938-1.7306	0.2193	140	0.1821	2683	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7306-1.7709	0.2462	140	0.1834	2640	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7709-1.8152	0.2351	139	0.1721	2652	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8152-1.8643	0.2032	140	0.1689	2657	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8643-1.9191	0.2238	135	0.1671	2568	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9191-1.9811	0.2169	140	0.1603	2648	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9811-2.0519	0.1672	141	0.161	2672	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0519-2.134	0.1856	141	0.1538	2693	X-RAY DIFFRACTION	99
2.134-2.2311	0.1571	140	0.1556	2671	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2311-2.3487	0.1851	143	0.1569	2694	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3487-2.4958	0.2009	135	0.159	2588	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4958-2.6885	0.184	143	0.1641	2707	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6885-2.9589	0.1883	141	0.1637	2692	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9589-3.3868	0.1566	143	0.1498	2706	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3868-4.266	0.1322	140	0.1328	2639	X-RAY DIFFRACTION	96
4.266-36.2746	0.138	144	0.1369	2744	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6591	1.8094	-0.9476	3.4693	-0.3239	3.9352	-0.0676	-0.0617	-0.0725	-0.0053	-0.0502	-0.2649	0.0163	0.2758	0.0961	0.1505	0.0209	0.0001	0.1352	0.0091	0.1674	14.9202	10.8608	0.6371
2	6.9772	-2.7705	-1.7056	4.5999	1.2745	5.6998	-0.1236	-0.1634	-0.0783	0.3157	0.0243	0.5638	0.0152	-0.3461	0.0607	0.2054	-0.0162	0.0579	0.141	-0.0004	0.2499	-8.6704	8.8791	7.9266
3	2.3638	1.4107	-0.8232	2.22	-0.6909	1.0654	-0.0823	0.174	0.071	-0.1754	0.1046	0.0499	0.0926	-0.0783	-0.0138	0.1602	0.0005	-0.0101	0.1437	0.0047	0.1415	2.1311	10.1146	-4.6087
4	3.7154	3.0623	-1.5861	3.9069	-2.0061	2.1077	-0.2033	0.17	-0.1671	-0.2547	0.0804	-0.0917	0.2481	-0.0823	0.1821	0.1823	0.0133	0.029	0.1236	-0.0207	0.1341	7.8648	3.5937	-6.0212
5	1.4954	0.1746	0.5614	1.3078	0.2064	2.6525	0.1073	0.045	0.1865	0.0143	-0.0135	-0.22	-0.1494	0.4105	-0.0839	0.158	-0.0041	-0.0007	0.1689	0.019	0.2448	18.4898	20.1097	-0.3685
6	6.6509	2.2563	0.7874	2.5164	0.0301	0.723	-0.1753	0.4527	0.1133	-0.1023	0.2113	0.1153	-0.0423	0.0926	0.0354	0.2026	0.0129	-0.0069	0.1592	0.0094	0.1728	2.7454	18.861	-1.4151
7	1.6148	0.6419	-0.4198	1.6249	0.031	0.9721	-0.1739	0.2895	0.1559	-0.2259	0.1601	0.2787	0.0352	-0.1513	0.0104	0.1747	-0.0009	-0.0322	0.1701	0.0248	0.1847	-2.9568	11.9909	-5.0825
8	2.5408	0.2791	-0.1419	1.3512	0.1366	1.4727	-0.0616	-0.3613	-0.1061	0.193	0.0634	-0.1529	0.1217	0.1716	-0.0257	0.1987	0.0174	-0.0001	0.1358	0.0193	0.1677	13.5995	9.5459	10.0382
9	1.7777	-0.3467	0.3193	1.8405	0.2264	0.6712	0.0424	-0.1292	0.0165	0.1958	-0.0726	0.2245	0.0809	-0.0785	0.0476	0.1864	0.0053	0.0389	0.172	0.0098	0.1545	-2.493	5.4096	9.1254
10	2.9079	1.4718	-2.3063	2.6959	-2.1507	3.9918	-0.1754	0.0474	-0.2211	-0.2672	-0.0473	-0.2489	0.3931	0.1564	0.2708	0.2061	0.0308	0.0259	0.1576	0.0058	0.189	14.3599	2.6848	-1.0693
11	8.0768	-1.2955	-1.1136	2.9773	0.1096	2.5886	-0.0265	-0.0202	-0.1349	0.0773	-0.0422	-0.1991	0.2262	0.2028	0.0754	0.1901	0.0176	-0.0111	0.128	0.0029	0.1694	10.7888	3.6664	8.152
12	3.3279	-1.1842	-0.5437	2.4379	-0.0354	3.4551	-0.1508	-0.1793	-0.0588	0.115	0.1453	0.1571	0.0374	-0.0596	-0.0004	0.2068	0.01	0.0167	0.1711	0.0209	0.1562	3.8433	21.7484	27.9752
13	5.8265	0.9805	-1.6033	2.3503	-0.736	1.3207	-0.2612	-0.2977	-0.2557	-0.2827	-0.0171	-0.5601	0.3857	0.6793	0.1872	0.2761	0.1169	0.0409	0.5121	0.04	0.2917	27.8628	17.4377	24.3559
14	2.97	-0.647	-0.6677	1.6122	-0.5812	3.5351	-0.1459	-0.5174	0.0978	0.2463	0.1328	-0.1115	-0.1505	0.5417	0.0672	0.2284	0.0155	-0.0241	0.2931	-0.0268	0.1254	13.5445	23.8359	35.1208
15	2.8885	-0.322	-0.2416	3.1282	0.4861	3.7971	0.1684	0.0625	0.2022	0.0018	-0.0481	0.1041	-0.3302	-0.4858	-0.1232	0.2292	0.041	0.0135	0.2026	0.0386	0.1763	-1.2834	28.1366	21.7725
16	5.3262	-1.0976	1.5037	1.4715	-0.4112	2.0152	0.0584	-0.5276	0.3294	0.0057	0.0351	-0.3564	-0.2207	0.1315	0.0241	0.2494	-0.0707	0.0292	0.263	-0.0267	0.2559	15.7332	29.9937	23.6924
17	1.4921	0.7999	-0.9031	0.8353	0.3521	2.1149	-0.0974	-0.4314	0.3966	0.1183	0.0167	-0.3467	-0.3848	0.6972	0.1075	0.2812	-0.0736	-0.0274	0.3981	-0.0563	0.2145	20.183	28.591	30.0478
18	3.8116	-0.0732	-1.179	1.04	-0.4275	2.2679	-0.3033	0.0167	-0.1291	-0.0783	0.1453	0.0598	0.3758	-0.0057	0.177	0.2551	-0.0057	0.0169	0.1506	-0.0003	0.1418	8.2187	14.9536	22.0812
19	7.1377	-1.8656	2.0708	3.6991	0.2356	0.7804	-0.5232	0.1154	-0.4203	0.2345	0.0929	-0.4781	0.1192	0.4133	-0.2849	0.294	0.1326	0.0875	0.673	0.0434	0.4614	36.7393	17.3709	23.1715
20	1.7625	0.2397	-0.9516	2.4654	-0.7603	2.7223	-0.3765	-0.3355	-0.3461	0.1352	0.0823	0.0125	0.5021	0.2509	0.0599	0.2713	0.0941	0.0377	0.2326	0.0462	0.1503	9.4799	14.5074	32.5109

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 18 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 19 through 31 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 32 through 54 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 55 through 78 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 79 through 98 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 99 through 125 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 126 through 148 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 149 through 166 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 167 through 204 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 205 through 229 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 230 through 243 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 1 through 18 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 19 through 31 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 32 through 78 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 79 through 98 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 99 through 125 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 126 through 148 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 149 through 177 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 178 through 196 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 197 through 243 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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