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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6oel | |||||||||
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Title | Engineered Fab bound to IL-4 receptor | |||||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / cytokine receptor / fab | |||||||||
Function / homology | ![]() interleukin-4 receptor activity / mature B cell differentiation / interleukin-15 receptor activity / interleukin-2 binding / CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / production of molecular mediator involved in inflammatory response / interleukin-4 receptor binding / positive regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of complement-dependent cytotoxicity / negative regulation of T-helper 1 cell differentiation ...interleukin-4 receptor activity / mature B cell differentiation / interleukin-15 receptor activity / interleukin-2 binding / CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / production of molecular mediator involved in inflammatory response / interleukin-4 receptor binding / positive regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of complement-dependent cytotoxicity / negative regulation of T-helper 1 cell differentiation / T-helper 1 cell differentiation / positive regulation of cellular respiration / Interleukin-18 signaling / regulation of isotype switching / positive regulation of T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuroinflammatory response / negative regulation of epithelial cell migration / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / lymphocyte differentiation / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-7-mediated signaling pathway / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / dendritic cell differentiation / interleukin-9-mediated signaling pathway / interleukin-4-mediated signaling pathway / neuroinflammatory response / positive regulation of mast cell degranulation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / interleukin-2-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-13 production / macrophage activation / myeloid dendritic cell differentiation / positive regulation of amyloid-beta clearance / regulation of phosphorylation / interleukin-15-mediated signaling pathway / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / cellular homeostasis / positive regulation of macrophage activation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / Interleukin-15 signaling / cytokine receptor activity / Interleukin-2 signaling / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / type 2 immune response / T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of T cell differentiation / positive regulation of B cell differentiation / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of myoblast fusion / positive regulation of ATP biosynthetic process / defense response to protozoan / cytokine binding / negative regulation of osteoclast differentiation / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of macroautophagy / negative regulation of tumor necrosis factor production / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / Interleukin receptor SHC signaling / regulation of immune response / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of T cell proliferation / coreceptor activity / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of chemokine production / positive regulation of B cell proliferation / Interleukin-7 signaling / B cell differentiation / cholesterol metabolic process / T cell activation / cytokine activity / growth factor activity / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / centriolar satellite / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of cold-induced thermogenesis / T cell differentiation in thymus / RAF/MAP kinase cascade / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / gene expression / receptor complex / endosome / immune response / positive regulation of cell migration / external side of plasma membrane / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / cell surface / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Jude, K.M. / Moraga, I. / Spangler, J.B. / Garcia, K.C. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: A strategy for the selection of monovalent antibodies that span protein dimer interfaces. Authors: Spangler, J.B. / Moraga, I. / Jude, K.M. / Savvides, C.S. / Garcia, K.C. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 455 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 311.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3bplS ![]() 3sobS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Experimental dataset #1 | Data reference: ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 3 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 14981.291 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 25-153 / Mutation: K117R,T118V,R121Q,E122S,Y124W,S125F,S128G,S129A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 22964.746 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 27-224 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
#3: Protein | Mass: 22816.475 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 61-249 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
-Antibody , 2 types, 2 molecules HL
#4: Antibody | Mass: 24630.568 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
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#5: Antibody | Mass: 24394.037 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
-Sugars , 2 types, 6 molecules 
#6: Polysaccharide | alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
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#7: Sugar | ChemComp-NAG / |
-Non-polymers , 2 types, 21 molecules 


#8: Chemical | ChemComp-NO3 / |
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#9: Water | ChemComp-HOH / |
-Details
Has ligand of interest | N |
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Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.35 Å3/Da / Density % sol: 63.3 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 22.5% PurePEG (Microlytic), 0.1 M sodium citrate, pH 5.5, 0.6 M ammonium nitrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 8, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.999939 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.104→63.143 Å / Num. obs: 26526 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 17.7 % / Biso Wilson estimate: 69.82 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rsym value: 0.275 / Net I/σ(I): 14.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entries 3BPL & 3SOB Resolution: 3.1→63.14 Å / SU ML: 0.3704 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.8768 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 77.12 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.1→63.14 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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