+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6oel | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Engineered Fab bound to IL-4 receptor | |||||||||
Components |
| |||||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / cytokine receptor / fab | |||||||||
Function / homology | Function and homology information interleukin-4 receptor activity / mature B cell differentiation / interleukin-15 receptor activity / interleukin-2 binding / CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / production of molecular mediator involved in inflammatory response / interleukin-4 receptor binding / positive regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of T-helper 1 cell differentiation / T-helper 1 cell differentiation ...interleukin-4 receptor activity / mature B cell differentiation / interleukin-15 receptor activity / interleukin-2 binding / CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / production of molecular mediator involved in inflammatory response / interleukin-4 receptor binding / positive regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of T-helper 1 cell differentiation / T-helper 1 cell differentiation / negative regulation of complement-dependent cytotoxicity / positive regulation of cellular respiration / regulation of isotype switching / Interleukin-18 signaling / positive regulation of T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / negative regulation of epithelial cell migration / interleukin-7-mediated signaling pathway / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-9-mediated signaling pathway / dendritic cell differentiation / neuroinflammatory response / interleukin-4-mediated signaling pathway / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / positive regulation of mast cell degranulation / interleukin-2-mediated signaling pathway / myeloid dendritic cell differentiation / macrophage activation / positive regulation of interleukin-13 production / positive regulation of amyloid-beta clearance / type 2 immune response / activation of Janus kinase activity / T-helper 2 cell differentiation / interleukin-15-mediated signaling pathway / positive regulation of macrophage activation / regulation of phosphorylation / cellular homeostasis / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / Interleukin-15 signaling / Interleukin-2 signaling / cytokine receptor activity / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of T cell differentiation / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of B cell differentiation / positive regulation of myoblast fusion / positive regulation of ATP biosynthetic process / defense response to protozoan / cytokine binding / negative regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of macroautophagy / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of tumor necrosis factor production / centriolar satellite / regulation of immune response / immunoglobulin mediated immune response / Interleukin receptor SHC signaling / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / coreceptor activity / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of chemokine production / cholesterol metabolic process / Interleukin-7 signaling / B cell differentiation / T cell activation / cytokine activity / growth factor activity / cytokine-mediated signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of cold-induced thermogenesis / T cell differentiation in thymus / gene expression / RAF/MAP kinase cascade / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / receptor complex / endosome / positive regulation of cell migration / immune response / external side of plasma membrane / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / cell surface / endoplasmic reticulum / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.1 Å | |||||||||
Authors | Jude, K.M. / Moraga, I. / Spangler, J.B. / Garcia, K.C. | |||||||||
Funding support | United States, 1items
| |||||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2019 Title: A strategy for the selection of monovalent antibodies that span protein dimer interfaces. Authors: Spangler, J.B. / Moraga, I. / Jude, K.M. / Savvides, C.S. / Garcia, K.C. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6oel.cif.gz | 455 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6oel.ent.gz | 311.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6oel.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6oel_validation.pdf.gz | 335.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6oel_full_validation.pdf.gz | 335.2 KB | Display | |
Data in XML | 6oel_validation.xml.gz | 1.5 KB | Display | |
Data in CIF | 6oel_validation.cif.gz | 10.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/6oel ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/6oel | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3bplS 3sobS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data | |
Experimental dataset #1 | Data reference: 10.15785/SBGRID/652 / Data set type: diffraction image data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
Unit cell |
|
-Components
-Protein , 3 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 14981.291 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 25-153 / Mutation: K117R,T118V,R121Q,E122S,Y124W,S125F,S128G,S129A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: IL4 / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: P05112 |
---|---|
#2: Protein | Mass: 22964.746 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 27-224 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: IL4R, IL4RA, 582J2.1 / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: P24394 |
#3: Protein | Mass: 22816.475 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 61-249 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: IL2RG / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: P31785 |
-Antibody , 2 types, 2 molecules HL
#4: Antibody | Mass: 24630.568 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) |
---|---|
#5: Antibody | Mass: 24394.037 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) |
-Sugars , 2 types, 6 molecules
#6: Polysaccharide | alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
---|---|
#7: Sugar | ChemComp-NAG / |
-Non-polymers , 2 types, 21 molecules
#8: Chemical | ChemComp-NO3 / |
---|---|
#9: Water | ChemComp-HOH / |
-Details
Has ligand of interest | N |
---|---|
Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.35 Å3/Da / Density % sol: 63.3 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 22.5% PurePEG (Microlytic), 0.1 M sodium citrate, pH 5.5, 0.6 M ammonium nitrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.1 / Wavelength: 0.999939 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 8, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.999939 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.104→63.143 Å / Num. obs: 26526 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 17.7 % / Biso Wilson estimate: 69.82 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rsym value: 0.275 / Net I/σ(I): 14.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entries 3BPL & 3SOB Resolution: 3.1→63.14 Å / SU ML: 0.3704 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.8768 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 77.12 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.1→63.14 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|