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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6oel | |||||||||
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| Title | Engineered Fab bound to IL-4 receptor | |||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / cytokine receptor / fab | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationinterleukin-4 receptor activity / mature B cell differentiation / interleukin-15 receptor activity / interleukin-2 binding / CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / interleukin-4 receptor binding / positive regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of complement-dependent cytotoxicity / negative regulation of T-helper 1 cell differentiation / T-helper 1 cell differentiation ...interleukin-4 receptor activity / mature B cell differentiation / interleukin-15 receptor activity / interleukin-2 binding / CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / interleukin-4 receptor binding / positive regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of complement-dependent cytotoxicity / negative regulation of T-helper 1 cell differentiation / T-helper 1 cell differentiation / positive regulation of cellular respiration / production of molecular mediator involved in inflammatory response / Interleukin-18 signaling / positive regulation of T cell differentiation in thymus / regulation of isotype switching / negative regulation of neuroinflammatory response / negative regulation of epithelial cell migration / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / lymphocyte differentiation / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-7-mediated signaling pathway / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / dendritic cell differentiation / interleukin-9-mediated signaling pathway / interleukin-4-mediated signaling pathway / neuroinflammatory response / positive regulation of mast cell degranulation / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / interleukin-2-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-13 production / macrophage activation / positive regulation of amyloid-beta clearance / myeloid dendritic cell differentiation / interleukin-15-mediated signaling pathway / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / cellular homeostasis / positive regulation of macrophage activation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / Interleukin-15 signaling / cytokine receptor activity / Interleukin-2 signaling / type 2 immune response / T-helper 2 cell differentiation / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of B cell differentiation / positive regulation of myoblast fusion / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of T cell differentiation / defense response to protozoan / cytokine binding / negative regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of ATP biosynthetic process / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of macroautophagy / negative regulation of tumor necrosis factor production / Interleukin receptor SHC signaling / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / regulation of immune response / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / cholesterol metabolic process / coreceptor activity / positive regulation of chemokine production / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / Interleukin-7 signaling / positive regulation of phagocytosis / T cell activation / B cell differentiation / cytokine activity / growth factor activity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of inflammatory response / centriolar satellite / cytokine-mediated signaling pathway / T cell differentiation in thymus / positive regulation of cold-induced thermogenesis / RAF/MAP kinase cascade / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / gene expression / receptor complex / endosome / immune response / positive regulation of cell migration / external side of plasma membrane / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / membrane Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.1 Å | |||||||||
Authors | Jude, K.M. / Moraga, I. / Spangler, J.B. / Garcia, K.C. | |||||||||
| Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2019Title: A strategy for the selection of monovalent antibodies that span protein dimer interfaces. Authors: Spangler, J.B. / Moraga, I. / Jude, K.M. / Savvides, C.S. / Garcia, K.C. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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| PDBx/mmCIF format | 6oel.cif.gz | 455 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6oel.ent.gz | 311.8 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6oel.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6oel_validation.pdf.gz | 335.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6oel_full_validation.pdf.gz | 335.2 KB | Display | |
| Data in XML | 6oel_validation.xml.gz | 1.5 KB | Display | |
| Data in CIF | 6oel_validation.cif.gz | 10.3 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/6oel ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/6oel | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 3bplS ![]() 3sobS S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data | |
| Experimental dataset #1 | Data reference: 10.15785/SBGRID/652 / Data set type: diffraction image data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 3 types, 3 molecules ABC
| #1: Protein | Mass: 14981.291 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 25-153 / Mutation: K117R,T118V,R121Q,E122S,Y124W,S125F,S128G,S129A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: IL4 / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: P05112 |
|---|---|
| #2: Protein | Mass: 22964.746 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 27-224 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: IL4R, IL4RA, 582J2.1 / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: P24394 |
| #3: Protein | Mass: 22816.475 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 61-249 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: IL2RG / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: P31785 |
-Antibody , 2 types, 2 molecules HL
| #4: Antibody | Mass: 24630.568 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) |
|---|---|
| #5: Antibody | Mass: 24394.037 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) |
-Sugars , 2 types, 6 molecules 
| #6: Polysaccharide | alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
|---|---|
| #7: Sugar | ChemComp-NAG / |
-Non-polymers , 2 types, 21 molecules 


| #8: Chemical | ChemComp-NO3 / |
|---|---|
| #9: Water | ChemComp-HOH / |
-Details
| Has ligand of interest | N |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.35 Å3/Da / Density % sol: 63.3 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 22.5% PurePEG (Microlytic), 0.1 M sodium citrate, pH 5.5, 0.6 M ammonium nitrate |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.1 / Wavelength: 0.999939 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 8, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.999939 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 3.104→63.143 Å / Num. obs: 26526 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 17.7 % / Biso Wilson estimate: 69.82 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rsym value: 0.275 / Net I/σ(I): 14.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB entries 3BPL & 3SOB Resolution: 3.1→63.14 Å / SU ML: 0.3704 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.8768 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 77.12 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.1→63.14 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
|
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
Citation











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Trichoplusia ni (cabbage looper)