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- PDB-6odd: Crystal structure of the human complex ACP-ISD11 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6odd
タイトルCrystal structure of the human complex ACP-ISD11
要素
  • Acyl carrier protein, mitochondrial
  • LYR motif-containing protein 4
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Iron Sulfur Clusters / Cysteine desulfurase activity regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


[4Fe-4S] cluster assembly / L-cysteine desulfurase complex / Mitochondrial iron-sulfur cluster biogenesis / mitochondrial [2Fe-2S] assembly complex / Complex I biogenesis / protein lipoylation / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Respiratory electron transport / iron-sulfur cluster assembly complex / mitochondrial large ribosomal subunit binding ...[4Fe-4S] cluster assembly / L-cysteine desulfurase complex / Mitochondrial iron-sulfur cluster biogenesis / mitochondrial [2Fe-2S] assembly complex / Complex I biogenesis / protein lipoylation / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Respiratory electron transport / iron-sulfur cluster assembly complex / mitochondrial large ribosomal subunit binding / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / [2Fe-2S] cluster assembly / iron-sulfur cluster assembly / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / acyl binding / acyl carrier activity / aerobic respiration / fatty acid binding / mitochondrial membrane / fatty acid biosynthetic process / mitochondrial inner membrane / nuclear body / mitochondrial matrix / calcium ion binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
LYRM4, LYR domain / Complex 1 LYR protein domain / Complex 1 protein (LYR family) / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8Q1 / Acyl carrier protein, mitochondrial / LYR motif-containing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Herrera, M.G. / Noguera, M.E. / Klinke, S. / Santos, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Friedreichs Ataxia Research Alliance (FARA) 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Structure of the Human ACP-ISD11 Heterodimer.
著者: Herrera, M.G. / Noguera, M.E. / Sewell, K.E. / Agudelo Suarez, W.A. / Capece, L. / Klinke, S. / Santos, J.
履歴
登録2019年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl carrier protein, mitochondrial
B: LYR motif-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2594
ポリマ－18,6782
非ポリマー5812
水52229
1
A: Acyl carrier protein, mitochondrial
B: LYR motif-containing protein 4
ヘテロ分子

A: Acyl carrier protein, mitochondrial
B: LYR motif-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5188
ポリマ－37,3574
非ポリマー1,1614
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation16_565x,-y+1,-z+1/21
Buried area5250 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area19000 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2300 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area9740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.190, 123.190, 123.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-422-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Acyl carrier protein, mitochondrial / ACP / CI-SDAP / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.6 kDa subunit


分子量: 9845.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NDUFAB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O14561
#2: タンパク質 LYR motif-containing protein 4


分子量: 8833.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LYRM4, C6orf149, ISD11, CGI-203 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HD34
#3: 化合物 ChemComp-8Q1 / S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate / S-dodecanoyl-4'-phosphopantetheine


分子量: 540.651 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H45N2O8PS
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: The drop was a 1:1 mix of protein (in 10 mM Tris buffer, 25 mM NaCl, pH 7.5) and reservoir solution (0.1 M Tris pH 9.1, 0.1 M CaCl2, 23% tert-butanol)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月17日
詳細: CONVEX PREFOCUSSING MIRROR AND A KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF FOCUSSING MIRRORS
放射モノクロメーター: CRYOGENICALLY COOLED CHANNEL CUT SI[111] CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→43.553 Å / Num. obs: 21240 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 39.695 % / Biso Wilson estimate: 53.192 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 1.227 / Net I/σ(I): 32.54 / Num. measured all: 843114
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2-2.1239.3821.8041.5333390.691.82798.3
2.12-2.2639.4120.9833.6732260.9240.996100
2.26-2.4441.5150.4858.8929690.9860.491100
2.44-2.6839.9760.2616.627580.9950.264100
2.68-2.9942.8190.14131.725060.9990.142100
2.99-3.4540.4710.07856.73220210.079100
3.45-4.2235.4450.05382.8189310.053100
4.22-5.9436.3940.04596.84147910.045100
5.94-43.55338.7320.033112.5186810.03499.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WGB

5wgb


解像度: 2→43.553 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.74
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2158 1061 5 %random selection
Rwork0.1925 ---
obs0.1937 21226 99.64 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 230.4 Å2 / Biso mean: 66.6292 Å2 / Biso min: 40.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→43.553 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1310 0 78 29 1417
Biso mean--67.17 56.03 -
残基数----159
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9958-2.08660.34311280.3032457258598
2.0866-2.19660.28061320.244225022634100
2.1966-2.33420.25691320.222325022634100
2.3342-2.51440.23361320.200825042636100
2.5144-2.76740.25711320.216525142646100
2.7674-3.16780.23481330.219725242657100
3.1678-3.99070.20241340.184525412675100
3.9907-43.56460.19041380.168826212759100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7794-0.5304-1.18723.75461.55414.28370.0714-0.0359-0.16940.1181-0.12780.0887-0.2237-0.43850.01850.4490.0603-0.05820.49260.06060.481317.698560.718314.3802
25.0686-0.91681.682.2922-0.01443.67330.08970.0717-0.44980.1270.0148-0.22410.13480.25-0.11050.39320.0307-0.08190.38170.05580.530638.439251.435811.3056
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 5 through 89)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 18 through 91)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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