PDB-6ocj: Crystal Structure of Equine Serum Albumin in Complex with Suprofen

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ocj

タイトル

Crystal Structure of Equine Serum Albumin in Complex with Suprofen

要素

Serum albumin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / HELICAL / THREE-DOMAIN PROTEIN / SERUM ALBUMIN

機能・相同性

機能・相同性情報

enterobactin binding / cellular response to calcium ion starvation / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / cellular response to starvation / fatty acid binding / pyridoxal phosphate binding / lipid binding / protein-containing complex / DNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Sekula, B. / Zielinski, K. / Bujacz, A. / Bujacz, G.

引用

ジャーナル: Chirality / 年: 2020
タイトル: Structural investigations of stereoselective profen binding by equine and leporine serum albumins.
著者: Zielinski, K. / Sekula, B. / Bujacz, A. / Szymczak, I.

履歴

登録	2019年3月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ocj.cif.gz	246.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ocj.ent.gz	201.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ocj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ocj_validation.pdf.gz	357.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ocj_full_validation.pdf.gz	357.1 KB	表示
XML形式データ	6ocj_validation.xml.gz	1.7 KB	表示
CIF形式データ	6ocj_validation.cif.gz	7.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/6ocj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/6ocj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6ociC 6ockC 6oclC 4zbqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4lb2-2 4iw1-d 5iiu-d 5ije-d 6mdq-d 2bxc-2 4g03-2 4ot2-d 5ij5-d 7mbl-d 2bxe-1 3v09-d 1bm0-2 6m4r-2 6u4x-d 5otb-1 4g03-1 4iw2-d 1bm0-1 1e7b-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (10) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (10) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (9) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (8)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (10)
#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (10)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (9)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (8)

登録構造単位

A: Serum albumin

ヘテロ分子

66.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.261, 95.261, 144.533
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Serum albumin 分子量: 65625.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 組織: Blood / 参照: UniProt: F7BAY6, UniProt: P35747*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 56分子

#2: 化合物	ChemComp-M5A / (2S)-2-[4-(thiophene-2-carbonyl)phenyl]propanoic acid / (S)-Suprofen / (S)-スプロフェン分子量: 260.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₄H₁₂O₃S
#3: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#4: 化合物	ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.36 % / 解説: Hexagonal Prism
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1 M Acetate Buffer at pH 5.0, 1.8 M ammonium sulfate, Cocrystallization with Suprofen

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.918 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月17日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→47.6 Å / Num. obs: 20186 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 2.5→2.67 Å / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.855 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 1034 / % possible all: 78.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575)	精密化
STARANISO		データスケーリング
XDS	Version, Jan 26, 2018	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ZBQ

4zbq

解像度: 2.5→41.249 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 32.02

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2598	1030	5.11 %
R_work	0.1984	-	-
obs	0.2017	20163	78.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→41.249 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4578	0	37	52	4667

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	4727
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.484	6389
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.826	1830
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	697
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	833

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.6318	0.3624	43	0.2891	727	X-RAY DIFFRACTION	21
2.6318-2.7966	0.2934	76	0.2995	1414	X-RAY DIFFRACTION	41
2.7966-3.0125	0.3202	148	0.2804	3047	X-RAY DIFFRACTION	88
3.0125-3.3155	0.3005	205	0.2504	3466	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3155-3.795	0.2658	194	0.2095	3477	X-RAY DIFFRACTION	100
3.795-4.7802	0.251	168	0.1691	3520	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7802-41.2548	0.2228	196	0.161	3482	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1726	0.0178	-0.3306	2.1436	-0.5397	3.6714	-0.0548	0.3066	0.7071	-0.4854	-0.1011	-0.0881	-1.3547	-0.0722	0.0543	1.2778	-0.2189	-0.2856	0.6367	0.2483	0.759	43.0971	40.1963	69.4658
2	2.1357	-1.5946	1.0869	4.1345	0.733	1.3608	0.1073	1.272	0.727	-1.6411	0.3386	-1.5576	-0.7577	1.2902	-0.2527	1.2905	-0.564	0.2317	1.1883	0.0536	0.8445	57.8014	25.5211	61.4561
3	3.0649	1.1193	1.0272	3.7099	0.981	3.7128	0.0018	-0.0452	0.0366	0.3007	0.0438	-0.4625	0.1758	0.3628	-0.0418	0.4729	-0.1167	-0.1531	0.3093	-0.0057	0.3179	49.108	18.3753	81.8257
4	0.7344	0.1674	1.3525	1.4858	0.7287	3.5679	0.6026	-1.1108	-0.3379	1.2991	-0.5873	0.4743	1.1768	-1.611	0.0493	1.5488	-0.7454	-0.1493	1.1983	0.0843	0.3409	31.9277	3.9627	95.7857
5	2.173	1.1262	2.1988	2.1189	0.7648	5.225	0.4051	-0.1307	-0.4202	0.5371	-0.0767	-0.3641	0.8566	-0.0397	-0.2823	0.4936	-0.0281	-0.1273	0.2687	-0.036	0.3071	35.4605	4.5524	67.3849
6	2.3691	0.0477	-0.7968	2.9522	0.9322	5.2657	0.1568	0.3701	0.0918	-1.0082	-0.2016	-0.0086	0.0376	-0.35	0.0443	0.6391	0.081	0.0043	0.3563	-0.0272	0.2543	33.7067	2.9261	43.3981

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 114 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 115 through 172 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 173 through 303 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 304 through 375 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 376 through 489 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 490 through 583 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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