PDB-6oc8: Crystal structure of a VHH against the capsid protein from BLV

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6oc8

タイトル

Crystal structure of a VHH against the capsid protein from BLV

要素

VHH8c

キーワード

IMMUNE SYSTEM / VHH heavy chain antibody / BLV capsid protein

生物種

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.109 Å

データ登録者

Carrion, F. / Larrieux, N. / Trajtenberg, F. / Buschiazzo, A.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: BLV capsid self-assembly inhibition by heavy chain antibodies
著者: Carrion, F. / Larrieux, N. / Trajtenberg, F. / Gonzalez-Sapienza, G. / Buschiazzo, A. / Pritsch, O.

履歴

登録	2019年3月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年3月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6oc8.cif.gz	187.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6oc8.ent.gz	150 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6oc8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6oc8_validation.pdf.gz	468 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6oc8_full_validation.pdf.gz	469.3 KB	表示
XML形式データ	6oc8_validation.xml.gz	18.7 KB	表示
CIF形式データ	6oc8_validation.cif.gz	24.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/6oc8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/6oc8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xt1S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4g4k-1 5m7q-1 4b41-1 6xxn-5 1u0q-1 6heq-d 6xxn-3 1j4r-1 6xxn-4 3qxv-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: VHH8c

B: VHH8c

C: VHH8c

D: VHH8c

ヘテロ分子

53.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: VHH8c

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
13.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: VHH8c

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: VHH8c

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: VHH8c

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.560, 120.720, 69.941
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 4 through 5 or (resid 6...
2	1	(chain B and (resid 4 through 7 or (resid 8...
3	1	(chain C and (resid 4 through 23 or resid 25...
4	1	(chain D and (resid 4 through 23 or resid 25...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	ALA	ALA	(chain A and (resid 4 through 5 or (resid 6...	A	A	4 - 5	4 - 5
1	2	GLU	GLU	GLU	GLU	(chain A and (resid 4 through 5 or (resid 6...	A	A	6	6
1	3	MET	MET	SER	SER	(chain A and (resid 4 through 5 or (resid 6...	A	A	4 - 124	4 - 124
1	4	MET	MET	SER	SER	(chain A and (resid 4 through 5 or (resid 6...	A	A	4 - 124	4 - 124
1	5	MET	MET	SER	SER	(chain A and (resid 4 through 5 or (resid 6...	A	A	4 - 124	4 - 124
1	6	MET	MET	SER	SER	(chain A and (resid 4 through 5 or (resid 6...	A	A	4 - 124	4 - 124
2	1	MET	MET	VAL	VAL	(chain B and (resid 4 through 7 or (resid 8...	B	B	4 - 7	4 - 7
2	2	GLN	GLN	GLN	GLN	(chain B and (resid 4 through 7 or (resid 8...	B	B	8	8
2	3	HIS	HIS	SER	SER	(chain B and (resid 4 through 7 or (resid 8...	B	B	3 - 125	3 - 125
2	4	HIS	HIS	SER	SER	(chain B and (resid 4 through 7 or (resid 8...	B	B	3 - 125	3 - 125
2	5	HIS	HIS	SER	SER	(chain B and (resid 4 through 7 or (resid 8...	B	B	3 - 125	3 - 125
3	1	MET	MET	LEU	LEU	(chain C and (resid 4 through 23 or resid 25...	C	C	4 - 23	4 - 23
3	2	LEU	LEU	GLN	GLN	(chain C and (resid 4 through 23 or resid 25...	C	C	25 - 44	25 - 44
3	3	THR	THR	THR	THR	(chain C and (resid 4 through 23 or resid 25...	C	C	45	45
3	4	MET	MET	SER	SER	(chain C and (resid 4 through 23 or resid 25...	C	C	4 - 125	4 - 125
3	5	MET	MET	SER	SER	(chain C and (resid 4 through 23 or resid 25...	C	C	4 - 125	4 - 125
3	6	MET	MET	SER	SER	(chain C and (resid 4 through 23 or resid 25...	C	C	4 - 125	4 - 125
3	7	MET	MET	SER	SER	(chain C and (resid 4 through 23 or resid 25...	C	C	4 - 125	4 - 125
4	1	MET	MET	LEU	LEU	(chain D and (resid 4 through 23 or resid 25...	D	D	4 - 23	4 - 23
4	2	LEU	LEU	GLN	GLN	(chain D and (resid 4 through 23 or resid 25...	D	D	25 - 44	25 - 44
4	3	MET	MET	VAL	VAL	(chain D and (resid 4 through 23 or resid 25...	D	D	4 - 123	4 - 123
4	4	MET	MET	VAL	VAL	(chain D and (resid 4 through 23 or resid 25...	D	D	4 - 123	4 - 123
4	5	MET	MET	VAL	VAL	(chain D and (resid 4 through 23 or resid 25...	D	D	4 - 123	4 - 123
4	6	MET	MET	VAL	VAL	(chain D and (resid 4 through 23 or resid 25...	D	D	4 - 123	4 - 123
4	7	MET	MET	VAL	VAL	(chain D and (resid 4 through 23 or resid 25...	D	D	4 - 123	4 - 123
4	8	MET	MET	VAL	VAL	(chain D and (resid 4 through 23 or resid 25...	D	D	4 - 123	4 - 123

#1: タンパク質	VHH8c 分子量: 13137.548 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 2.00 M ammonium sulfate, 7% isopropanol, 15% pentaerythritol ethoxylate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SOLEIL

/ ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月17日 / 詳細: Kirkpatrick-Baez pair of bi-morph mirrors

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9801 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Operator: -k,h,l / Fraction: 0.48

反射

解像度: 2.11→60.36 Å / Num. obs: 29590 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.1 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.138 / R_pim(I) all: 0.065 / R_rim(I) all: 0.153 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 152335 / Scaling rejects: 6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.11-2.22	5.3	0.666	22554	4280	0.762	0.315	0.74	2.3	99.9
6.67-60.36	4.8	0.056	4853	1019	0.997	0.027	0.063	20.2	98.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4XT1

4xt1

解像度: 2.109→60.36 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 34.48 / 位相誤差: 26.9 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2407	1567	5.3 %
R_work	0.2053	28008	-
obs	0.2107	29584	99.16 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 86.45 Å² / B_iso mean: 28.4875 Å² / B_iso min: 4.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.109→60.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3513	0	51	38	3602
B_iso mean	-	-	48.33	17.45	-
残基数	-	-	-	-	486

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	1432	X-RAY DIFFRACTION	4.25	TORSIONAL
1	2	B	1432	X-RAY DIFFRACTION	4.25	TORSIONAL
1	3	C	1432	X-RAY DIFFRACTION	4.25	TORSIONAL
1	4	D	1432	X-RAY DIFFRACTION	4.25	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1085-2.1765	0.2868	126	0.241	2554	2680	95
2.1765-2.2543	0.2776	138	0.2415	2544	2682	95
2.2543-2.3445	0.2698	142	0.238	2515	2657	95
2.3445-2.4511	0.2802	143	0.2386	2537	2680	94
2.4511-2.5803	0.2566	144	0.2287	2536	2680	94
2.5803-2.7418	0.2822	141	0.2197	2536	2677	94
2.7418-2.9532	0.3195	157	0.2225	2531	2688	94
2.9532-3.25	0.2412	133	0.2089	2562	2695	95
3.25-3.7192	0.2477	149	0.1943	2448	2597	90
3.7192-4.6818	0.2079	148	0.1766	2564	2712	93
4.6818-26.9888	0.2048	138	0.1984	2681	2819	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2113	-0.5306	-0.4245	1.6215	-0.3388	0.6353	-0.0343	-0.0487	0.3453	-0.1905	0.0301	0.0725	-0.0387	0.0041	-0.011	0.1539	0.0034	-0.0943	0.1021	-0.0225	0.4551	13.6113	-19.6504	-18.226
2	0.986	0.1759	0.3692	1.9887	-0.5993	1.1651	0.0099	-0.0307	0.0249	-0.042	0.025	0.4379	-0.0724	-0.0436	-0.0117	0.1654	0.0115	0.0387	0.0881	-0.0238	0.3304	17.0262	-49.3594	-18.3948
3	1.1676	0.639	0.2377	2.8668	1.4483	2.0403	-0.0075	0.0597	0.0551	-0.0896	0.0376	-0.2345	-0.025	0.0816	-0.0197	0.164	0.0082	0.018	0.0692	0.0252	0.2675	43.3756	-16.1532	-17.4686
4	1.3405	-0.4444	0.6924	1.7918	-0.3328	1.2692	0.089	0.0635	-0.1755	0.0131	-0.1648	-0.2447	0.2609	0.0607	0.0285	0.1891	-0.0124	0.0298	0.1085	0.0116	0.4292	46.8803	-45.8695	-18.0496

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resseq 4:124)	A	4 - 124
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resseq 3:125)	B	3 - 125
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain C and resseq 4:125)	C	4 - 125
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain D and resseq 4:123)	D	4 - 123

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)