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- PDB-6oby: The nucleotide-binding protein AF_226 in complex with ADP from Ar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oby
タイトルThe nucleotide-binding protein AF_226 in complex with ADP from Archaeoglobus fulgidus with Co found by PIXE. Based on 3KB1.
要素Iron-sulfur cluster carrier protein
キーワードMETAL TRANSPORT / ALPHA-BETA PROTEIN / PIXE
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-dependent FeS chaperone activity / iron-sulfur cluster assembly / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Mrp, conserved site / Mrp family signature. / Iron-sulfur protein NUBPL-like / Mrp/NBP35 ATP-binding protein / Flagellum site-determining protein YlxH/ Fe-S cluster assembling factor NBP35 / NUBPL iron-transfer P-loop NTPase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / Iron-sulfur cluster carrier protein
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.87 Å
データ登録者Snell, E.H. / Garman, E.F. / Lowe, E.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1231306 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: High-Throughput PIXE as an Essential Quantitative Assay for Accurate Metalloprotein Structural Analysis: Development and Application.
著者: Grime, G.W. / Zeldin, O.B. / Snell, M.E. / Lowe, E.D. / Hunt, J.F. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Snell, E.H. / Garman, E.F.
履歴
登録2019年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
Remark 0THIS ENTRY 6OBY REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL DATA IN 3KB1, DETERMINED BY F. ...THIS ENTRY 6OBY REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL DATA IN 3KB1, DETERMINED BY F.FOROUHAR,S.LEW,M.ABASHIDZE,J.SEETHARAMAN,M.MAO,R.XIAO, C.CICCOSANTI,H.WANG,J.K.EVERETT,R.NAIR,T.B.ACTON,B.ROST,.T.MONTELIONE,J.F.HUNT,L.TONG,NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM (NESG)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Iron-sulfur cluster carrier protein
B: Iron-sulfur cluster carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8395
ポリマ－58,9262
非ポリマー9133
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3350 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area21380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.440, 67.682, 79.403
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 4 - 258 / Label seq-ID: 4 - 258

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Iron-sulfur cluster carrier protein


分子量: 29462.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / プラスミド: PET21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ MAGIC / 参照: UniProt: O28015
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.56 % / 解説: Authors used the sf data from the entry 3KB1
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PROTEIN SOLUTION: 100MM NACL, 5MM DTT, 0.02% NAN3, 10MM TRIS-HCL (PH 7.5). RESERVOIR SOLUTION: 100 MM NAACETATE (PH 4.6), 30% MPD, AND 200 MM NACL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97899 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月7日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL MIRRORS / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97899 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 26385 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.254 / Num. unique obs: 0 / Rsym value: 0.22 / % possible all: 88.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0241精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.87→28.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.859 / SU B: 23.812 / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.481 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28395 587 4.8 %RANDOM
Rwork0.21711 ---
obs0.22036 11606 96.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 49.987 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.61 Å2-0 Å2-0.23 Å2
2--3.81 Å20 Å2
3---3.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.87→28.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3764 0 55 8 3827
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0133894
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173750
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4341.6485276
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1381.5768706
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5925482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.44623.103174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.64115650
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2211518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.2510
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024254
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02758
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2685.1281940
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.2685.1281939
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.267.6812418
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.2597.6812419
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.55.4711954
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.55.4711954
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.7288.0252859
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.9797.0815924
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.9797.07515925
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 7544 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.872→2.947 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 29 -
Rwork0.31 718 -
obs--80.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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