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- PDB-6obe: Ricin A chain bound to VHH antibody V6H8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6obe
タイトルRicin A chain bound to VHH antibody V6H8
要素
  • Ricin A chain
  • VHH antibody V6H8
キーワードTOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / AMP binding / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 ...Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Few Secondary Structures / Irregular / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / NICKEL (II) ION / Ricin
類似検索 - 構成要素
生物種Ricinus communis (トウゴマ)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.732 Å
データ登録者Rudolph, M.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201400021C 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Intracellular Neutralization of Ricin Toxin by Single-domain Antibodies Targeting the Active Site.
著者: Rudolph, M.J. / Czajka, T.F. / Davis, S.A. / Thi Nguyen, C.M. / Li, X.P. / Tumer, N.E. / Vance, D.J. / Mantis, N.J.
履歴
登録2019年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月14日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ricin A chain
B: VHH antibody V6H8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9938
ポリマ－42,6202
非ポリマー3736
水7,386410
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area16190 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)90.371, 90.371, 204.015
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

NI

21A-675-

HOH

-
要素

-
タンパク質 / 抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ricin A chain


分子量: 29676.428 Da / 分子数: 1 / 断片: Toxin catalytic subunit, residues 38-302 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ricinus communis (トウゴマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase
#2: 抗体 VHH antibody V6H8


分子量: 12943.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 416分子

#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 410 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.4 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 100 mM citric acid and 15% PEG

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→50 Å / Num. obs: 52131 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.2 % / Biso Wilson estimate: 20.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.169 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.173 / Χ2: 1.094 / Net I/σ(I): 6.2 / Num. measured all: 1053545
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.73-1.7613.12.53825370.6860.7182.6390.569100
1.76-1.7915.32.225520.7880.5732.2750.587100
1.79-1.8317.21.88325540.8590.4621.940.611100
1.83-1.8618.81.69225540.8860.3981.7390.629100
1.86-1.9211.42525700.9460.3191.4610.681100
1.9-1.9521.71.04425460.9490.231.0690.782100
1.95-221.70.78725610.9710.1730.8060.73100
2-2.0521.70.64125730.9770.1410.6560.758100
2.05-2.1121.70.52125700.9870.1150.5340.858100
2.11-2.1821.70.38425620.9920.0850.3930.834100
2.18-2.2621.60.34326010.9920.0760.3511.032100
2.26-2.3521.60.26525590.9960.0580.2710.903100
2.35-2.4521.60.22126010.9960.0490.2270.913100
2.45-2.5821.60.17825970.9970.0390.1830.945100
2.58-2.7521.50.14126230.9970.0310.1441.088100
2.75-2.9621.30.1126190.9980.0240.1121.223100
2.96-3.2621.10.08726410.9990.0190.0891.601100
3.26-3.7320.70.07426780.9990.0170.0752.284100
3.73-4.69200.05627040.9990.0130.0582.35100
4.69-5019.20.0529290.9990.0120.0511.98499.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2 Å44.12 Å
Translation2 Å44.12 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX(1.7.1_743)精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.732→44.116 Å / FOM work R set: 0.8757 / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2079 2570 4.94 %
Rwork0.1706 49462 -
obs0.1725 52032 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 34.471 Å2 / ksol: 0.328 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 97 Å2 / Biso mean: 28.09 Å2 / Biso min: 8.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.3321 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.3321 Å2-0 Å2
3----2.6643 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.732→44.116 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3000 0 19 410 3429
Biso mean--24.95 37.52 -
残基数----382
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113151
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2644287
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.094470
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006569
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0521152
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.732-1.76530.34381480.299626542802
1.7653-1.80130.27731290.26527342863
1.8013-1.84050.27551250.234127272852
1.8405-1.88330.24391430.207526842827
1.8833-1.93040.22711380.180826852823
1.9304-1.98260.18421390.159726952834
1.9826-2.0410.22191370.149327192856
2.041-2.10680.18341510.153327032854
2.1068-2.18210.17521490.146326972846
2.1821-2.26950.16961360.149827312867
2.2695-2.37280.20571470.152727432890
2.3728-2.49790.22151410.166727172858
2.4979-2.65430.20521120.169227912903
2.6543-2.85930.21121450.169827422887
2.8593-3.14690.21081470.170927792926
3.1469-3.60210.2111480.167928032951
3.6021-4.53750.17941520.149228462998
4.5375-44.13070.21611830.184330123195
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.38951.211-0.08853.3367-0.55122.7065-0.10420.1338-0.0172-0.18440.09040.22090.0448-0.2453-0.00460.1069-0.0498-0.02760.13140.03240.058211.0652.6979-5.2956
22.1198-0.5325-1.04030.8535-0.2642.08060.02940.19770.0356-0.01850.04870.0285-0.0254-0.1857-0.07820.112-0.0115-0.01530.09910.01990.067217.618860.4878-4.6468
31.0936-0.6184-0.26272.39670.09652.4663-0.03460.04320.11920.1510.1290.1862-0.2358-0.2164-0.0570.11730.01710.02960.09120.04920.108914.738167.55457.5203
43.07020.4939-0.91551.51290.17542.0732-0.0539-0.1326-0.05720.24150.12180.11450.1426-0.1392-0.07340.16890.00620.02760.1070.06470.119115.758551.86513.7286
54.70173.0835-0.95426.849-1.22771.0386-0.15780.1992-0.3268-0.09570.1024-0.0660.2776-0.0650.03910.1876-0.00820.01240.12050.01020.104320.770343.9353-1.1562
66.20713.0892-0.95723.5619-0.86631.5652-0.1291-0.2447-0.55440.18760.095-0.19740.3016-0.01720.02960.19690.0320.01820.12180.03180.117325.531743.49556.1233
72.5907-0.2031-0.22882.4224-0.10752.68220.0133-0.029-0.0892-0.05650.0073-0.23620.04650.37730.01580.11010.00260.00770.13120.00310.086237.002252.2893-6.1343
84.1564-2.12540.26611.1512-0.17521.55370.01570.82960.75730.1386-0.2394-0.13640.02830.10120.4560.2488-0.0284-0.12890.5194-0.1560.603545.586568.512312.3048
90.33490.5460.18222.6208-0.71980.69520.12380.2188-0.20920.0843-0.1432-0.44180.21750.4434-0.03150.54520.1717-0.39080.8524-0.18720.91564.158854.316918.3127
105.3991-5.58143.77536.1389-4.17413.87550.0586-0.16050.17680.2786-0.2379-0.32780.03430.30970.12370.40550.1456-0.29030.5242-0.19140.606850.939260.638419.4217
114.6538-0.4896-0.61280.2774-0.29380.6526-0.0233-0.17680.56970.16080.1927-0.6309-0.06230.1671-0.13050.19880.0972-0.09370.2893-0.12760.382341.009259.533512.301
126.45320.6503-6.93190.4218-0.60857.46910.00320.2951-0.37180.06490.0572-0.4439-0.1235-0.3643-0.06470.23170.1029-0.08320.3088-0.06520.539750.017550.94557.0251
138.4264-4.15770.98422.7694-0.36540.13520.17530.0177-0.7197-0.0818-0.1732-0.74820.38780.51490.00350.38310.1852-0.06670.38230.05750.469139.223648.208716.7918
144.679-1.7244-0.62632.3978-0.59092.6054-0.0775-0.5749-0.50860.4093-0.032-0.59650.2410.37280.16360.36840.2097-0.2210.5042-0.04630.48547.523352.804420.02
150.8823-0.0668-2.05090.0050.15524.7675-0.3269-0.7135-1.0080.11960.1531-0.06280.6310.74350.19570.47880.3136-0.14250.72-0.06110.983261.43747.402614.0541
162.2525-0.45660.55730.745-0.26260.7105-0.0665-0.00930.19160.15490.2521-0.67550.0670.3845-0.06610.11790.0292-0.03150.2612-0.140.37244.238260.12848.3585
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 3:32)A3 - 32
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 33:75)A33 - 75
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 76:122)A76 - 122
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 123:174)A123 - 174
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 175:194)A175 - 194
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 195:210)A195 - 210
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 211:267)A211 - 267
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq 0:7)B0 - 7
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resseq 8:15)B8 - 15
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 17:25)B17 - 25
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resseq 26:39)B26 - 39
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resseq 40:52)B40 - 52
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resseq 53:60)B53 - 60
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resseq 61:83)B61 - 83
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resseq 84:90)B84 - 90
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resseq 91:117)B91 - 117

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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