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- PDB-6xib: PCSK9(deltaCRD) in complex with cyclic peptide 30 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xib
タイトルPCSK9(deltaCRD) in complex with cyclic peptide 30
要素
  • (Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9) x 2
  • Peptide 30
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / protein-peptide complex / cyclic peptide / non-natural amino acids / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of low-density lipoprotein particle receptor binding / negative regulation of receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / extrinsic component of external side of plasma membrane / PCSK9-LDLR complex / very-low-density lipoprotein particle binding / negative regulation of receptor recycling / PCSK9-AnxA2 complex / negative regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / apolipoprotein receptor binding ...negative regulation of low-density lipoprotein particle receptor binding / negative regulation of receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / extrinsic component of external side of plasma membrane / PCSK9-LDLR complex / very-low-density lipoprotein particle binding / negative regulation of receptor recycling / PCSK9-AnxA2 complex / negative regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / apolipoprotein receptor binding / negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance / low-density lipoprotein particle binding / signaling receptor inhibitor activity / LDL clearance / positive regulation of low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / lipoprotein metabolic process / very-low-density lipoprotein particle receptor binding / negative regulation of low-density lipoprotein receptor activity / negative regulation of receptor internalization / endolysosome membrane / regulation of signaling receptor activity / sodium channel inhibitor activity / lysosomal transport / low-density lipoprotein particle receptor binding / triglyceride metabolic process / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / apolipoprotein binding / positive regulation of receptor internalization / protein autoprocessing / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / phospholipid metabolic process / regulation of neuron apoptotic process / VLDLR internalisation and degradation / cellular response to starvation / cholesterol metabolic process / neurogenesis / liver development / kidney development / cholesterol homeostasis / Post-translational protein phosphorylation / neuron differentiation / cellular response to insulin stimulus / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / : / positive regulation of neuron apoptotic process / late endosome / lysosome / early endosome / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / serine-type endopeptidase activity / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum / RNA binding / extracellular space / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 3 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 2 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 1 / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily ...Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 3 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 2 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 1 / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8, subtilisin-related / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.546 Å
データ登録者Orth, P.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Series of Novel and Highly Potent Cyclic Peptide PCSK9 Inhibitors Derived from an mRNA Display Screen and Optimized via Structure-Based Design.
著者: Alleyne, C. / Amin, R.P. / Bhatt, B. / Bianchi, E. / Blain, J.C. / Boyer, N. / Branca, D. / Embrey, M.W. / Ha, S.N. / Jette, K. / Johns, D.G. / Kerekes, A.D. / Koeplinger, K.A. / LaPlaca, D. ...著者: Alleyne, C. / Amin, R.P. / Bhatt, B. / Bianchi, E. / Blain, J.C. / Boyer, N. / Branca, D. / Embrey, M.W. / Ha, S.N. / Jette, K. / Johns, D.G. / Kerekes, A.D. / Koeplinger, K.A. / LaPlaca, D. / Li, N. / Murphy, B. / Orth, P. / Ricardo, A. / Salowe, S. / Seyb, K. / Shahripour, A. / Stringer, J.R. / Sun, Y. / Tracy, R. / Wu, C. / Xiong, Y. / Youm, H. / Zokian, H.J. / Tucker, T.J.
履歴
登録2020年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02024年4月24日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.pdbx_ec / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_num_residues

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9
B: Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9
I: Peptide 30
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2424
ポリマ－48,1503
非ポリマー921
水6,143341
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3970 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area16230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.027, 71.027, 152.357
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9


分子量: 13791.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCSK9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8NBP7
#2: タンパク質 Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9


分子量: 32836.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCSK9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8NBP7
#3: タンパク質・ペプチド Peptide 30


分子量: 1521.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.56 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 20% PEG3350, 200mM CaCl2, 100mM MES pH 6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.546→61.511 Å / Num. obs: 57785 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 9.3 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 1.546→1.631 Å / Num. unique obs: 2883 / CC1/2: 0.577

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7 (6-FEB-2020)精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4NMX

4nmx


解像度: 1.546→61.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU R Cruickshank DPI: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.088 / SU Rfree Blow DPI: 0.082 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.079
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2047 1111 -RANDOM
Rwork0.1891 ---
obs0.1894 57717 87.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1529 Å20 Å20 Å2
2--0.1529 Å20 Å2
3----0.3058 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.546→61.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2951 0 6 341 3298
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0083022HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.94111HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1009SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes517HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3022HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion391SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2802SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.35
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.9
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 17 -
Rwork0.2038 --
obs0.2044 1155 20.18 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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