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- PDB-6obd: Crystal structure of anti-GLD52 Fab complex with human GLD52 pept... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6obd
タイトルCrystal structure of anti-GLD52 Fab complex with human GLD52 peptide mimetic
要素
  • (anti-GLD52 Fab ...) x 2
  • GLD52 peptide mimetic
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab / GLD52
機能・相同性
機能・相同性情報


Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / respiratory burst / side of membrane / sperm midpiece / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CAMPATH-1 antigen (CD52) / CAMPATH-1 antigen / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHORIC ACID MONO-(2-AMINO-ETHYL) ESTER / CAMPATH-1 antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Wei, R.
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2019
タイトル: Engineering an anti-CD52 antibody for enhanced deamidation stability.
著者: Qiu, H. / Wei, R. / Jaworski, J. / Boudanova, E. / Hughes, H. / VanPatten, S. / Lund, A. / Day, J. / Zhou, Y. / McSherry, T. / Pan, C.Q. / Sendak, R.
履歴
登録2019年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年9月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32025年4月2日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: anti-GLD52 Fab light chain
B: anti-GLD52 Fab heavy chain
L: anti-GLD52 Fab light chain
H: anti-GLD52 Fab heavy chain
E: GLD52 peptide mimetic
F: GLD52 peptide mimetic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,05413
ポリマ－95,4446
非ポリマー6097
水10,881604
1
A: anti-GLD52 Fab light chain
B: anti-GLD52 Fab heavy chain
E: GLD52 peptide mimetic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0597
ポリマ－47,7223
非ポリマー3374
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
L: anti-GLD52 Fab light chain
H: anti-GLD52 Fab heavy chain
F: GLD52 peptide mimetic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9946
ポリマ－47,7223
非ポリマー2723
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.400, 131.200, 133.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11L
21A
12H
22B
13E
23F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILEGLYGLYLC2 - 2162 - 216
21ILEILEGLYGLYAA2 - 2162 - 216
12GLUGLUGLUGLUHD1 - 2131 - 213
22GLUGLUGLUGLUBB1 - 2131 - 213
13ASPASPSERSEREE4 - 122 - 10
23ASPASPSERSERFF4 - 122 - 10

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 EF

#3: タンパク質・ペプチド GLD52 peptide mimetic


分子量: 1022.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P31358*PLUS

-
抗体 , 2種, 4分子 ALBH

#1: 抗体 anti-GLD52 Fab light chain


分子量: 23599.381 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 anti-GLD52 Fab heavy chain


分子量: 23099.850 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
非ポリマー , 3種, 611分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-OPE / PHOSPHORIC ACID MONO-(2-AMINO-ETHYL) ESTER / COLAMINE PHOSPHORIC ACID


分子量: 141.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H8NO4P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 604 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.83 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.8 / 詳細: 0.05M zinc acetate, 17% PEG3350, 0.1M MES pH 5.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: Cu FINE FOCUS / 波長: 1.5419 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5419 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30.53 Å / Num. obs: 47509 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 3.13 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rrim(I) all: 0.063 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I): 12.9 / Num. measured all: 149992 / Scaling rejects: 1126
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRrim(I) allΧ2% possible all
2.2-2.281.70.2162.841670.2931.2484.9
2.28-2.3720.1963.142950.2591.1887.9
2.37-2.482.260.1684.145700.2151.1493.8
2.48-2.612.610.1445.247270.1781.1197
2.61-2.772.940.1137.147970.1381.0598.1
2.77-2.993.470.091949050.1070.9999.4
2.99-3.293.990.06812.949210.0780.999.8
3.29-3.764.020.04817.849280.0560.8199.2
3.76-4.733.980.04221.750060.0480.8299.5
4.73-30.533.870.03923.651930.0450.8599.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
d*TREKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→30.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.869 / SU B: 7.894 / SU ML: 0.203 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.359 / ESU R Free: 0.28
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3068 2387 5 %RANDOM
Rwork0.2335 ---
obs0.2372 44897 95.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso max: 60.19 Å2 / Biso mean: 28.763 Å2 / Biso min: 12.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.92 Å20 Å20 Å2
2---0.64 Å20 Å2
3----0.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→30.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6629 0 21 604 7254
Biso mean--40.08 34.31 -
残基数----873
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0226808
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8481.9599262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4875865
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.98624.715263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.121151093
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.7681522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.21042
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0215102
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1L1645MEDIUM POSITIONAL0.350.5
1L1645MEDIUM THERMAL1.372
2H1567MEDIUM POSITIONAL0.340.5
2H1567MEDIUM THERMAL1.232
3E62MEDIUM POSITIONAL0.510.5
3E62MEDIUM THERMAL1.262
LS精密化 シェル解像度: 2.199→2.257 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 158 -
Rwork0.247 2874 -
all-3032 -
obs--83.34 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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