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- PDB-6oar: Structure of the Kupe virus OTU bound to the C-terminal domain of... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 6oar

タイトル

Structure of the Kupe virus OTU bound to the C-terminal domain of sheep ISG15

要素

Interferon stimulated gene 17
RNA-dependent RNA polymerase

キーワード

HYDROLASE / DUB / deISGylase / Innate Immunity

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能

生物種

Kupe virus (ウイルス)

Ovis aries (ヒツジ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.063 Å

データ登録者

Dzimianski, J.V. / Williams, I.L. / Pegan, S.D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2019
タイトル: Determining the molecular drivers of species-specific interferon-stimulated gene product 15 interactions with nairovirus ovarian tumor domain proteases.
著者: Dzimianski, J.V. / Scholte, F.E.M. / Williams, I.L. / Langley, C. / Freitas, B.T. / Spengler, J.R. / Bergeron, E. / Pegan, S.D.

履歴

登録	2019年3月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年1月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6oar.cif.gz	410.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6oar.ent.gz	340.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6oar.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6oar_validation.pdf.gz	482.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6oar_full_validation.pdf.gz	486.9 KB	表示
XML形式データ	6oar_validation.xml.gz	36.7 KB	表示
CIF形式データ	6oar_validation.cif.gz	51.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/6oar ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/6oar	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6oatC 3phxS 3pseS 4hxdS 5jzeS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7jms-1 4hxd-1 3emg-d 5jze-2 4hxd-2 2hzi-2 3phw-3 5glc-d 5qix-d 3bc1-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

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集合体

登録構造単位

A: RNA-dependent RNA polymerase

B: Interferon stimulated gene 17

C: RNA-dependent RNA polymerase

D: Interferon stimulated gene 17

E: RNA-dependent RNA polymerase

F: Interferon stimulated gene 17

G: RNA-dependent RNA polymerase

H: Interferon stimulated gene 17

ヘテロ分子

117 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

A: RNA-dependent RNA polymerase

B: Interferon stimulated gene 17

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

C: RNA-dependent RNA polymerase

D: Interferon stimulated gene 17

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.4 kDa, 2 ポリマー
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E: RNA-dependent RNA polymerase

F: Interferon stimulated gene 17

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.4 kDa, 2 ポリマー
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G: RNA-dependent RNA polymerase

H: Interferon stimulated gene 17

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	41.796, 158.758, 171.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

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要素

#1: タンパク質	RNA-dependent RNA polymerase 分子量: 20392.881 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kupe virus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B8PWH5
#2: タンパク質	Interferon stimulated gene 17 分子量: 8916.149 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ovis aries (ヒツジ) / 遺伝子: ISG17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9GKP4
#3: 化合物	ChemComp-AYE / prop-2-en-1-amine / ALLYLAMINE / アリルアミン分子量: 57.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₇N
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.55 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.1, 2.2 M potassium acetate

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.06→50 Å / Num. obs: 70403 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.1 % / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 15.9
反射シェル	解像度: 2.06→2.11 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.51 / Num. unique obs: 6137 / CC_1/2: 0.699 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: composite homology model generated from PDB entries 4HXD, 5JZE, 3PSE, and 3PHX

解像度: 2.063→41.289 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.54

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2166	3510	4.99 %
R_work	0.1764	-	-
obs	0.1785	70368	98.51 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.063→41.289 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7512	0	16	359	7887

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	7711
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.543	10429
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.509	4569
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	1161
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1350

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0627-2.091	0.3056	102	0.2613	1831	X-RAY DIFFRACTION	68
2.091-2.1208	0.3008	120	0.2527	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1208-2.1525	0.3254	129	0.2533	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1525-2.1861	0.2708	126	0.2329	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1861-2.222	0.2963	160	0.2281	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.222-2.2603	0.2737	131	0.2371	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2603-2.3014	0.282	139	0.2147	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3014-2.3456	0.2512	127	0.2122	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3456-2.3935	0.2574	137	0.2057	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3935-2.4455	0.2673	132	0.2023	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4455-2.5024	0.2398	132	0.1969	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5024-2.565	0.2612	149	0.1983	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.565-2.6343	0.2407	135	0.2039	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6343-2.7118	0.2379	150	0.2053	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7118-2.7994	0.2463	133	0.2119	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7994-2.8994	0.2739	135	0.2057	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8994-3.0154	0.2723	127	0.2028	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0154-3.1526	0.2796	157	0.1881	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1526-3.3188	0.2227	132	0.167	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3188-3.5266	0.2172	140	0.1608	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5266-3.7987	0.1763	151	0.1559	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7987-4.1807	0.1631	164	0.1312	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1807-4.7848	0.1447	149	0.1213	2723	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7848-6.0254	0.1907	177	0.1473	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0254-41.2968	0.1988	176	0.1802	2926	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.6667	4.7254	-1.8617	3.508	-0.2234	2.0832	-0.4435	0.1086	0.3918	-0.2187	-0.0423	0.1121	-0.4607	-0.8237	0.4886	0.3131	0.0058	0.0272	0.5052	0.0601	0.4836	-9.8179	11.2023	-15.4766
2	3.2333	0.3013	2.8702	5.7819	-1.9595	3.4195	-0.3652	-0.3435	0.3415	1.5903	0.2449	0.3547	-0.6263	0.0409	0.2009	0.6424	0.0272	0.0435	0.4481	0.0065	0.3176	0.6957	13.0671	-4.6702
3	8.8465	1.2605	1.0655	8.5507	3.9841	2.1598	-0.2702	-0.2228	0.2907	0.6534	0.0942	0.5675	-0.7576	-0.3259	0.1112	0.4893	0.0498	-0.0082	0.2883	0.0804	0.2465	0.6837	12.0721	-9.5514
4	8.9123	-0.4407	-1.3605	4.3101	-4.0806	4.6504	0.5566	1.3761	-0.6738	-1.0177	0.5369	0.8258	2.3404	-0.9422	-1.0039	0.4882	-0.138	-0.1312	0.505	0.0125	0.4866	-3.7736	8.4012	-25.3349
5	6.202	5.4681	-5.6938	5.0509	-4.7864	5.3998	-0.6719	0.8346	-0.3404	-0.4309	0.9802	0.2638	0.1013	-1.625	-0.3533	0.186	0.0009	-0.0191	0.5336	0.091	0.3739	-2.3212	17.242	-28.2784
6	2.8556	0.174	-0.7476	3.362	-0.0236	5.4947	0.0574	0.0469	0.1146	0.2939	0.0227	-0.329	-0.6485	0.0802	-0.1551	0.2666	-0.0143	-0.0256	0.2128	0.0568	0.2267	10.0482	25.4526	-24.6644
7	2.9494	4.1652	-2.5155	8.0299	-7.3863	9.6917	-0.3042	0.2058	0.515	-0.0019	0.4509	0.2514	-0.451	-0.7942	-0.2749	0.5205	0.1125	0.091	0.303	0.0924	0.3806	1.9613	32.2141	-24.9943
8	2.5207	0.3037	2.1761	5.1741	5.9518	8.1978	0.9865	-0.0885	0.9368	1.1043	0.5994	-0.1769	-1.5426	0.4101	-1.1692	0.5203	-0.0282	0.135	0.2402	0.0223	0.465	10.7305	34.5824	-24.3115
9	7.3176	1.0189	-0.006	6.7369	3.5292	6.6081	0.3038	-0.5039	1.7786	0.6972	-0.1167	-0.1306	-1.7558	0.2508	-0.2014	0.7095	-0.135	0.0178	0.2883	-0.0732	0.4627	11.6376	33.7385	-14.1193
10	2.8467	-3.5153	0.5307	7.5214	1.7126	7.3332	0.5435	-0.5783	0.8047	0.7846	-0.6007	-0.7801	-1.7651	1.1492	-0.2477	1.0619	-0.1908	-0.1573	0.4511	-0.12	0.4279	13.0103	29.1785	-4.8926
11	1.9156	2.6868	2.7736	5.4428	5.0265	4.7936	-0.0134	-0.2963	0.3382	1.3063	-0.0478	-0.5884	0.8623	1.3318	0.1043	0.8927	-0.0444	-0.1786	0.5479	0.0071	0.369	13.552	21.2043	-3.5496
12	9.2333	-1.1725	1.2594	0.6918	0.7985	3.6235	0.0801	-1.4679	-0.6294	0.8505	0.3405	-0.1232	0.9189	1.2044	-0.4482	0.9233	-0.2302	-0.5441	1.1936	0.1703	0.5745	21.1432	22.1189	-4.1466
13	9.6219	3.1096	5.0816	2.7207	3.1676	4.0402	-0.5833	-2.0936	0.55	0.6767	0.3382	-0.5367	-0.9003	1.1346	0.4265	0.7311	-0.2266	-0.2224	0.8355	-0.186	0.7229	21.9137	29.0727	-9.982
14	9.5671	1.4666	-5.3926	4.4722	-1.0016	3.0838	0.4471	-0.2481	0.6632	0.3689	-0.3372	-0.5044	-1.6434	0.8431	-0.0642	0.5458	-0.1713	-0.0866	0.5164	0.0417	0.458	18.4932	26.354	-20.0685
15	6.1455	-1.5122	-1.5188	7.2499	1.2525	5.5118	0.2796	-0.4617	0.2543	0.9757	-0.2679	-0.145	-0.4108	0.1026	-0.0314	0.6301	-0.0565	-0.0554	0.3182	-0.0134	0.3177	8.4435	24.1993	-10.2811
16	5.8188	1.6704	1.3637	4.1473	-2.7309	3.3649	0.0119	0.0624	0.2533	0.4288	0.0539	0.2449	-0.4969	-0.1718	-0.0245	0.2691	0.037	0.0207	0.2027	0.0656	0.1559	2.2336	20.1221	-15.5194
17	2.6495	1.0598	-4.0589	7.1787	-1.7496	9.1025	-0.3143	0.9499	-0.85	-1.4625	0.1578	-1.4999	0.2829	0.9219	0.2553	0.5593	-0.0288	0.1518	0.5308	-0.0907	0.4436	3.4772	6.8157	-24.0604
18	2.1791	3.446	2.0355	8.2063	1.9939	2.552	0.0667	0.3751	0.6172	0.4906	0.0627	0.8002	-0.5559	-1.1369	-0.1505	0.4517	0.0663	0.1053	0.4991	0.065	0.3013	-2.9866	18.8765	-11.7276
19	3.0078	-2.8466	-3.6876	7.4676	0.9465	6.0204	-0.0211	0.0024	-0.2534	0.1573	-0.0608	0.0187	-0.0418	-0.0461	0.0267	0.2851	0.0327	-0.0045	0.2867	0.0183	0.2444	5.6534	17.4851	-22.4187
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98	X-RAY DIFFRACTION	98	(chain F and resid 141:147)
99	X-RAY DIFFRACTION	99	(chain F and resid 148:156)
100	X-RAY DIFFRACTION	100	(chain G and resid 2:6)
101	X-RAY DIFFRACTION	101	(chain G and resid 7:12)
102	X-RAY DIFFRACTION	102	(chain G and resid 13:20)
103	X-RAY DIFFRACTION	103	(chain G and resid 21:26)
104	X-RAY DIFFRACTION	104	(chain G and resid 27:31)
105	X-RAY DIFFRACTION	105	(chain G and resid 32:41)
106	X-RAY DIFFRACTION	106	(chain G and resid 42:50)
107	X-RAY DIFFRACTION	107	(chain G and resid 51:58)
108	X-RAY DIFFRACTION	108	(chain G and resid 59:63)
109	X-RAY DIFFRACTION	109	(chain G and resid 64:72)
110	X-RAY DIFFRACTION	110	(chain G and resid 73:77)
111	X-RAY DIFFRACTION	111	(chain G and resid 78:84)
112	X-RAY DIFFRACTION	112	(chain G and resid 85:94)
113	X-RAY DIFFRACTION	113	(chain G and resid 95:101)
114	X-RAY DIFFRACTION	114	(chain G and resid 102:113)
115	X-RAY DIFFRACTION	115	(chain G and resid 114:122)
116	X-RAY DIFFRACTION	116	(chain G and resid 123:127)
117	X-RAY DIFFRACTION	117	(chain G and resid 128:138)
118	X-RAY DIFFRACTION	118	(chain G and resid 139:154)
119	X-RAY DIFFRACTION	119	(chain G and resid 155:159)
120	X-RAY DIFFRACTION	120	(chain H and resid 80:86)
121	X-RAY DIFFRACTION	121	(chain H and resid 87:91)
122	X-RAY DIFFRACTION	122	(chain H and resid 92:96)
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126	X-RAY DIFFRACTION	126	(chain H and resid 115:119)
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128	X-RAY DIFFRACTION	128	(chain H and resid 124:129)
129	X-RAY DIFFRACTION	129	(chain H and resid 130:135)
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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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