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万見
- PDB-6o8h: Crystal structure of UvrB mutant bound to duplex DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o8h
タイトルCrystal structure of UvrB mutant bound to duplex DNA
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*TP*GP*GP*AP*GP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*TP*AP*CP*C)-3')
  • UvrABC system protein B
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA repair / Nucleotide excision repair / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


excinuclease ABC activity / excinuclease repair complex / SOS response / nucleotide-excision repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UvrB, YAD/RRR-motif-containing domain / Ultra-violet resistance protein B / UvrABC system, subunit B / UVR domain superfamily / UvrB/uvrC motif / UvrB, interaction domain / UvrB interaction domain / UVR domain / UVR domain profile. / Helicase/UvrB, N-terminal ...UvrB, YAD/RRR-motif-containing domain / Ultra-violet resistance protein B / UvrABC system, subunit B / UVR domain superfamily / UvrB/uvrC motif / UvrB, interaction domain / UvrB interaction domain / UVR domain / UVR domain profile. / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / UvrABC system protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus caldotenax (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Lee, S.-J. / Verdine, G.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Res / 年: 2019
タイトル: Mechanism of DNA Lesion Homing and Recognition by the Uvr Nucleotide Excision Repair System.
著者: Lee, S.J. / Sung, R.J. / Verdine, G.L.
履歴
登録2019年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UvrABC system protein B
B: DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*TP*AP*CP*C)-3')
C: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*TP*GP*GP*AP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,1437
ポリマ－77,8803
非ポリマー2634
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3790 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area29580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.791, 124.791, 96.175
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 UvrABC system protein B / Protein UvrB / Excinuclease ABC subunit B


分子量: 68081.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus caldotenax (バクテリア)
遺伝子: uvrB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56981

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*TP*AP*CP*C)-3')


分子量: 4770.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*TP*GP*GP*AP*GP*A)-3')


分子量: 5028.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 3種, 162分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M potassium sulfate, 18-20% PEG3350, 2 mM ADP, 5 mM magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月19日
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→50 Å / Num. obs: 30412 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.2 % / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Num. unique obs: 2965

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.39→48.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 10.215 / SU ML: 0.233 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.466 / ESU R Free: 0.291
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2774 1540 5.1 %RANDOM
Rwork0.2272 ---
obs0.2297 28828 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 156.94 Å2 / Biso mean: 54.275 Å2 / Biso min: 27.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.39→48.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4600 531 12 158 5301
Biso mean--51.88 44.91 -
残基数----596
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0185297
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024905
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0491.8787264
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.269311270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7225574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.77423.138239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.20915870
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4221556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2798
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025595
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021222
LS精密化 シェル解像度: 2.395→2.457 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 117 -
Rwork0.293 2046 -
all-2163 -
obs--97.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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