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- PDB-6o8e: Crystal structure of UvrB bound to duplex DNA with ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o8e
タイトルCrystal structure of UvrB bound to duplex DNA with ADP
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*CP*GP*TP*AP*TP*GP*CP*CP*AP*AP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*TP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*GP*GP*C)-3')
  • UvrABC system protein B
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Nucleotide excision repair / DNA repair / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


excinuclease ABC activity / excinuclease repair complex / SOS response / nucleotide-excision repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #240 / Penicillin-binding protein 1b fold / Penicillin-binding protein 1b domain / UvrB, YAD/RRR-motif-containing domain / Ultra-violet resistance protein B / UvrABC system, subunit B / UVR domain superfamily / UvrB/uvrC motif / UvrB, interaction domain / UvrB interaction domain ...Helix Hairpins - #240 / Penicillin-binding protein 1b fold / Penicillin-binding protein 1b domain / UvrB, YAD/RRR-motif-containing domain / Ultra-violet resistance protein B / UvrABC system, subunit B / UVR domain superfamily / UvrB/uvrC motif / UvrB, interaction domain / UvrB interaction domain / UVR domain / UVR domain profile. / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Helix Hairpins / Helix non-globular / Helicase conserved C-terminal domain / Special / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / DNA / DNA (> 10) / UvrABC system protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus caldotenax (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Lee, S.-J. / Verdine, G.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA100742 米国
引用ジャーナル: Res / 年: 2019
タイトル: Mechanism of DNA Lesion Homing and Recognition by the Uvr Nucleotide Excision Repair System.
著者: Lee, S.J. / Sung, R.J. / Verdine, G.L.
履歴
登録2019年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UvrABC system protein B
B: UvrABC system protein B
C: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*TP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*GP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*GP*TP*AP*TP*GP*CP*CP*AP*AP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*GP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*TP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*GP*GP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*GP*TP*AP*TP*GP*CP*CP*AP*AP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,23321
ポリマ－160,7256
非ポリマー1,50915
水28816
1
A: UvrABC system protein B
C: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*TP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*GP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*GP*TP*AP*TP*GP*CP*CP*AP*AP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,22912
ポリマ－80,3623
非ポリマー8679
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8070 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area30740 Å2
手法PISA
2
B: UvrABC system protein B
E: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*TP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*GP*GP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*GP*TP*AP*TP*GP*CP*CP*AP*AP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,0049
ポリマ－80,3623
非ポリマー6426
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7700 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area30810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.269, 115.719, 266.795
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 UvrABC system protein B / Protein UvrB / Excinuclease ABC subunit B


分子量: 68143.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus caldotenax (バクテリア)
遺伝子: uvrB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56981

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 CEDF

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*TP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*GP*GP*C)-3')


分子量: 6099.952 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*CP*GP*TP*AP*TP*GP*CP*CP*AP*AP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*GP*C)-3')


分子量: 6118.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 31分子

#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM Bis-Tris, pH 6.5, 100 mM ammonium acetate, 17-19% w/v PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月8日
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.61→70.51 Å / Num. obs: 65131 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.61→2.67 Å / Num. unique obs: 4600

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
PHASER位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.61→70.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 18.864 / SU ML: 0.348 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.476 / ESU R Free: 0.309
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2698 3284 5.1 %RANDOM
Rwork0.2147 ---
obs0.2175 61517 97.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 160.34 Å2 / Biso mean: 71.783 Å2 / Biso min: 22.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å20 Å20 Å2
2---0.2 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.61→70.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9560 1620 83 16 11279
Biso mean--78.85 47.78 -
残基数----1262
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01811610
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0210415
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3941.84416040
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.282323967
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.03251180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.2323.24500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.175151781
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.52315111
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21720
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02111919
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.022638
LS精密化 シェル解像度: 2.61→2.678 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.466 231 -
Rwork0.429 4348 -
all-4579 -
obs--94.49 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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