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- PDB-6o8d: Anti-CD28xCD3 CODV Fab bound to CD28 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o8d
タイトルAnti-CD28xCD3 CODV Fab bound to CD28
要素
  • Anti-CD28xCD3 CODV Fab Heavy chain
  • Anti-CD28xCD3 CODV Fab Light chain
  • T-cell-specific surface glycoprotein CD28
キーワードIMMUNE SYSTEM / Multispecific antibody / cross-over dual variable immunoglobin / multifunctional biotherapeutic format / bispecific property / CODV / T cell activation
機能・相同性
機能・相同性情報


Nef mediated downregulation of CD28 cell surface expression / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / regulatory T cell differentiation / protein complex involved in cell adhesion / regulation of regulatory T cell differentiation / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative thymic T cell selection / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / Co-stimulation by CD28 ...Nef mediated downregulation of CD28 cell surface expression / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / regulatory T cell differentiation / protein complex involved in cell adhesion / regulation of regulatory T cell differentiation / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative thymic T cell selection / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / Co-stimulation by CD28 / CD28 dependent Vav1 pathway / positive regulation of interleukin-4 production / humoral immune response / positive regulation of interleukin-10 production / immunological synapse / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / positive regulation of viral genome replication / positive regulation of T cell proliferation / coreceptor activity / T cell costimulation / positive regulation of interleukin-2 production / positive regulation of mitotic nuclear division / T cell activation / positive regulation of translation / positive regulation of cytokine production / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / apoptotic signaling pathway / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / PIP3 activates AKT signaling / T cell receptor signaling pathway / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / transcription by RNA polymerase II / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
T cell antigen CD28 / ICOS V-set domain / Cytotoxic T-lymphocyte protein 4/CD28 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell-specific surface glycoprotein CD28
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.547 Å
データ登録者Lord, D.M. / Wei, R.R.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Trispecific antibodies enhance the therapeutic efficacy of tumor-directed T cells through T cell receptor co-stimulation
著者: Wu, L. / Seung, E. / Xu, L. / Rao, E. / Lord, D.M. / Wei, R.R. / Cortez-Retamozo, V. / Ospina, B. / Posternak, V. / Ulinski, G. / Piepenhagen, P. / Francesconi, E. / El Murr, N. / Beil, C. / ...著者: Wu, L. / Seung, E. / Xu, L. / Rao, E. / Lord, D.M. / Wei, R.R. / Cortez-Retamozo, V. / Ospina, B. / Posternak, V. / Ulinski, G. / Piepenhagen, P. / Francesconi, E. / El Murr, N. / Beil, C. / Dabdoubi, T. / Cameron, B. / Bertrand, T. / Ferrari, P. / Pouzieux, S. / Lemoine, C. / Prades, C. / Park, A. / Qiu, H. / Song, Z. / Zhang, B. / Sun, F. / Chiron, M. / Rao, S. / Radosevic, K. / Zhi-yong, Y. / Nabel, G.J.
履歴
登録2019年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: T-cell-specific surface glycoprotein CD28
L: Anti-CD28xCD3 CODV Fab Light chain
H: Anti-CD28xCD3 CODV Fab Heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,2515
ポリマ－90,6053
非ポリマー6462
水00
1
C: T-cell-specific surface glycoprotein CD28
L: Anti-CD28xCD3 CODV Fab Light chain
H: Anti-CD28xCD3 CODV Fab Heavy chain
ヘテロ分子

C: T-cell-specific surface glycoprotein CD28
L: Anti-CD28xCD3 CODV Fab Light chain
H: Anti-CD28xCD3 CODV Fab Heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,50210
ポリマ－181,2106
非ポリマー1,2914
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)153.140, 60.139, 152.558
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.040, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 T-cell-specific surface glycoprotein CD28 / TP44


分子量: 14617.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD28 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P10747
#2: 抗体 Anti-CD28xCD3 CODV Fab Light chain


分子量: 36794.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Anti-CD28xCD3 CODV Fab Heavy chain


分子量: 39192.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.29 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 26% PEG3350, 0.75% myo-inositol, 0.263M potassium citrate tribasic monohydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.55→74.05 Å / Num. obs: 16611 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.635 / Rmerge(I) obs: 0.192 / Rpim(I) all: 0.133 / Rrim(I) all: 0.235 / Net I/σ(I): 4 / Num. measured all: 53137 / Scaling rejects: 697
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.55-3.643.30.717398711920.5670.4650.8581.599.7
15.88-74.052.50.1095352110.9370.0930.1449.899.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
Aimless0.6.2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CODV-Fab: 6O89, CD28: 1YJD

6o89

1yjd


解像度: 3.547→73.972 Å / SU ML: 0.71 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 42.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3561 1659 10.01 %
Rwork0.2723 14918 -
obs0.2807 16577 99.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 372.45 Å2 / Biso mean: 150.965 Å2 / Biso min: 38.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.547→73.972 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6141 0 42 0 6183
Biso mean--166.93 --
残基数----796
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.5472-3.65150.4571300.36991180131097
3.6515-3.76940.4511370.35731236137399
3.7694-3.90410.41191390.3541239137899
3.9041-4.06040.43631370.327412291366100
4.0604-4.24520.37591360.294612311367100
4.2452-4.4690.29431370.25212321369100
4.469-4.74890.29391390.238312411380100
4.7489-5.11550.32061410.23411264140599
5.1155-5.63010.36271350.26212281363100
5.6301-6.44440.34861420.279912611403100
6.4444-8.11770.37751400.286212701410100
8.1177-73.98820.33011460.22581307145399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1077-0.037-0.06980.01160.0010.0173-1.0153-0.079-0.12910.08460.06630.33720.5696-0.2545-0.00061.4449-0.04310.39471.767-0.06481.3562-28.26193.581379.1596
22.97021.360.63621.41020.03510.2727-0.39820.01061.05410.79730.38540.72270.5575-0.9083-0.31322.70690.14360.32532.4566-0.03860.0385-37.80574.255275.3356
30.13040.07020.03090.1151-0.2020.3177-0.0922-0.0439-0.35170.2591-0.6071-0.4935-0.6527-1.1525-0.00081.5261-0.44060.24112.9922-0.03881.1832-30.79613.401865.4971
40.0790.04430.10450.02130.0720.07860.751-0.58330.3038-0.39490.51290.55151.6652-0.4726-0.00072.19420.06890.13822.6995-0.3241.4671-42.46051.046865.4351
50.1654-0.0007-0.02870.0025-0.0190.0264-0.23570.8347-0.33420.4274-0.54080.3539-0.07710.52170.0012.6532-0.9595-0.37193.88830.23711.5818-41.0142.763876.938
60.046-0.05420.01690.0228-0.0340.02290.49850.2092-0.3122-0.2550.2692-0.49890.92310.1340.00051.94040.0307-0.76421.6615-0.08981.9372-27.7076-9.347268.4025
74.2778-0.4788-0.30491.38391.32821.25250.4060.0079-0.5669-0.06180.4567-0.15530.09350.10990.16212.0435-0.3643-0.11242.1326-0.1295-0.6936-31.618.974269.7863
80.0727-0.0477-0.01320.02690.01410.01290.4544-0.37170.3610.3651-0.3259-1.0246-0.4-0.23520.00012.19380.0220.02281.9312-0.35291.8708-32.154719.246770.8759
90.0223-0.0368-0.01720.03950.01220.0111-0.25540.0349-0.87920.2536-0.17620.1010.4384-0.6810.0012.09650.35510.0441.8473-0.14791.7922-23.6663-1.507975.8962
100.2508-0.22871.21150.2458-0.26890.728-0.2623-0.6822-0.0278-0.0725-0.0291-0.01180.0417-0.1145-01.35050.0142-0.32081.1473-0.05671.0126-17.87649.387537.0337
113.74091.2473-3.03621.1484-1.19493.17190.0839-1.61960.86140.4116-0.4874-0.269-0.35790.6382-1.50071.3581-0.0779-0.45291.3706-0.22941.5107-40.13612.972639.1299
121.4993-0.01560.01140.21660.30181.2209-0.19490.0405-0.1999-0.22440.21310.32040.1552-0.03970.00020.50340.02210.11650.4388-0.02310.5816-45.59980.6764-7.221
130.64930.8549-0.51541.468-0.89770.45730.59520.49030.07210.6591-0.590.1744-1.1744-1.2953-0.00011.5632-0.045-0.29581.8013-0.11521.0691-32.313519.296145.8431
140.6228-0.2371-0.40570.0237-0.50320.648-0.1721-0.3567-0.3934-0.714-0.21830.0511-0.8502-0.2329-0.00990.64960.1764-0.16091.0306-0.08090.7974-22.313315.606526.5016
152.4565-1.3331.08021.1411-1.36862.3308-1.21960.34230.45860.4381-0.2382-1.102-1.1880.6307-0.30820.53410.03570.21730.61840.02240.5824-4.122514.659611.971
160.7334-0.32-0.86140.27220.08171.26010.1764-0.1699-0.24730.1274-0.05010.0756-0.02760.0818-0.00010.624-0.01510.03430.4491-0.06280.825-31.75088.3243-3.8091
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 20 through 31 )C20 - 31
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 32 through 52 )C32 - 52
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 53 through 70 )C53 - 70
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 71 through 87 )C71 - 87
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 88 through 97 )C88 - 97
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 98 through 109 )C98 - 109
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 110 through 117 )C110 - 117
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 118 through 127 )C118 - 127
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 128 through 134 )C128 - 134
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resid 1 through 198 )L1 - 198
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'L' and (resid 199 through 224 )L199 - 224
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'L' and (resid 225 through 338 )L225 - 338
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'H' and (resid 1 through 90 )H1 - 90
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'H' and (resid 91 through 160 )H91 - 160
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'H' and (resid 161 through 250 )H161 - 250
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'H' and (resid 251 through 347 )H251 - 347

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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