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万見
- PDB-6o85: Electron cryo-microscopy of the eukaryotic translation initiation... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o85
タイトルElectron cryo-microscopy of the eukaryotic translation initiation factor 2B bound to eukaryotic translation initiation factor 2 from Homo sapiens
要素
  • (Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit ...) x 3
  • (Translation initiation factor eIF-2B subunit ...) x 5
キーワードTRANSLATION / eukaryotic translation initiation factor 2B / eukaryotic translation initiation factor 2
機能・相同性
機能・相同性情報


translation initiation ternary complex / regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / glial limiting end-foot / HRI-mediated signaling / Cellular response to mitochondrial stress / eukaryotic translation initiation factor 2B complex / response to manganese-induced endoplasmic reticulum stress / positive regulation of type B pancreatic cell apoptotic process / Response of EIF2AK1 (HRI) to heme deficiency / Recycling of eIF2:GDP ...translation initiation ternary complex / regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / glial limiting end-foot / HRI-mediated signaling / Cellular response to mitochondrial stress / eukaryotic translation initiation factor 2B complex / response to manganese-induced endoplasmic reticulum stress / positive regulation of type B pancreatic cell apoptotic process / Response of EIF2AK1 (HRI) to heme deficiency / Recycling of eIF2:GDP / negative regulation of translational initiation in response to stress / methionyl-initiator methionine tRNA binding / PERK-mediated unfolded protein response / PERK regulates gene expression / response to kainic acid / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / cytoplasmic translational initiation / regulation of translational initiation in response to stress / guanyl-nucleotide exchange factor complex / translation factor activity, RNA binding / formation of translation preinitiation complex / astrocyte development / eukaryotic 48S preinitiation complex / astrocyte differentiation / oligodendrocyte development / protein-synthesizing GTPase / regulation of translational initiation / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / positive regulation of translational initiation / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / response to glucose / mitophagy / ovarian follicle development / translation initiation factor binding / myelination / translation initiation factor activity / stress granule assembly / cellular response to amino acid starvation / response to endoplasmic reticulum stress / guanyl-nucleotide exchange factor activity / central nervous system development / hippocampus development / translational initiation / ABC-family proteins mediated transport / response to peptide hormone / PKR-mediated signaling / cytoplasmic stress granule / cellular response to UV / T cell receptor signaling pathway / regulation of translation / ribosome binding / cellular response to heat / response to heat / cellular response to oxidative stress / positive regulation of apoptotic process / cadherin binding / GTPase activity / synapse / GTP binding / mitochondrion / RNA binding / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor eIF-2B, N-terminal domain / Translation initiation factor eif-2b; domain 2 / Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha, N-terminal / : / : / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, W2 domain / : / : / EIF2B subunit epsilon LbH domain ...Translation initiation factor eIF-2B, N-terminal domain / Translation initiation factor eif-2b; domain 2 / Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha, N-terminal / : / : / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, W2 domain / : / : / EIF2B subunit epsilon LbH domain / Initiation factor 2B-related / Initiation factor 2B-like, C-terminal / Initiation factor 2 subunit family / eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon / Domain at the C-termini of GCD6, eIF-2B epsilon, eIF-4 gamma and eIF-5 / W2 domain / W2 domain profile. / Translation initiation factor 2, alpha subunit / Translation initiation factor 2, alpha subunit, middle domain superfamily / Translation initiation factor 2, alpha subunit, C-terminal / IF2a, S1-like domain / Eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit / Initiation factor eIF2 gamma, C-terminal / Initiation factor eIF2 gamma, domain 2 / Initiation factor eIF2 gamma, GTP-binding domain / Initiation factor eIF2 gamma, C terminal / : / Nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyl transferase / NagB/RpiA transferase-like / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Trimeric LpxA-like superfamily / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / S1 domain profile. / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Armadillo-type fold / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C7B / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1 / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3 / Translation initiation factor eIF2B subunit beta / Translation initiation factor eIF2B subunit epsilon / Translation initiation factor eIF2B subunit alpha / Translation initiation factor eIF2B subunit gamma / Translation initiation factor eIF2B subunit delta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.03 Å
データ登録者Nguyen, H.C. / Kenner, L.R. / Frost, A.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)55108523 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: eIF2B-catalyzed nucleotide exchange and phosphoregulation by the integrated stress response.
著者: Lillian R Kenner / Aditya A Anand / Henry C Nguyen / Alexander G Myasnikov / Carolin J Klose / Lea A McGeever / Jordan C Tsai / Lakshmi E Miller-Vedam / Peter Walter / Adam Frost /
要旨: The integrated stress response (ISR) tunes the rate of protein synthesis. Control is exerted by phosphorylation of the general translation initiation factor eIF2. eIF2 is a guanosine triphosphatase ...The integrated stress response (ISR) tunes the rate of protein synthesis. Control is exerted by phosphorylation of the general translation initiation factor eIF2. eIF2 is a guanosine triphosphatase that becomes activated by eIF2B, a two-fold symmetric and heterodecameric complex that functions as eIF2's dedicated nucleotide exchange factor. Phosphorylation converts eIF2 from a substrate into an inhibitor of eIF2B. We report cryo-electron microscopy structures of eIF2 bound to eIF2B in the dephosphorylated state. The structures reveal that the eIF2B decamer is a static platform upon which one or two flexible eIF2 trimers bind and align with eIF2B's bipartite catalytic centers to catalyze nucleotide exchange. Phosphorylation refolds eIF2α, allowing it to contact eIF2B at a different interface and, we surmise, thereby sequestering it into a nonproductive complex.
履歴
登録2019年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年5月15日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年5月15日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年5月15日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年5月15日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02019年5月15日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年5月15日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Author supporting evidence / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42025年5月28日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0651
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon
B: Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon
C: Translation initiation factor eIF-2B subunit beta
D: Translation initiation factor eIF-2B subunit beta
E: Translation initiation factor eIF-2B subunit delta
F: Translation initiation factor eIF-2B subunit delta
G: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha
H: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha
I: Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma
J: Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma
L: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1
S: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3
d: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)615,21714
ポリマ－614,76513
非ポリマー4511
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Translation initiation factor eIF-2B subunit ... , 5種, 10分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質 Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon / eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit epsilon


分子量: 80466.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2B5, EIF2BE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13144
#2: タンパク質 Translation initiation factor eIF-2B subunit beta / S20I15 / S20III15 / eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit beta


分子量: 41008.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2B2, EIF2BB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49770
#3: タンパク質 Translation initiation factor eIF-2B subunit delta / eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit delta


分子量: 57640.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2B4, EIF2BD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UI10
#4: タンパク質 Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha / eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit alpha


分子量: 33754.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2B1, EIF2BA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14232
#5: タンパク質 Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma / eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit gamma


分子量: 50304.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2B3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NR50

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Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit ... , 3種, 3分子 LSd

#6: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1 / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha / eIF-2alpha


分子量: 36029.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2S1, EIF2A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05198
#7: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3 / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma X / eIF-2gX


分子量: 51178.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2S3, EIF2G / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41091
#8: タンパク質・ペプチド Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta


分子量: 1209.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 1種, 1分子

#9: 化合物 ChemComp-C7B / 2-(4-chloranylphenoxy)-~{N}-[4-[2-(4-chloranylphenoxy)ethanoylamino]cyclohexyl]ethanamide / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma X / eIF-2gX / ISRIB / N-[4α-[[(4-クロロフェノキシ)アセチル]アミノ]シクロヘキサン-1β-イル]-2-(4-クロロフェニルオキシ(以下略)


分子量: 451.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C22H24Cl2N2O4 / コメント: 阻害剤*YM

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: eIF2 bound to eIF2B / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1-#8 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 80 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 44157 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00354687
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.80297795
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.29922215
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0674863
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0058965

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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