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- PDB-6o6o: Structure of the regulator FasR from Mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o6o
タイトルStructure of the regulator FasR from Mycobacterium tuberculosis
要素TetR family transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / TetR-like transcription factor / fatty acid biosynthesis regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / : / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
MYRISTIC ACID / HTH-type transcriptional repressor KstR2 / HTH-type transcriptional activator FasR
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Larrieux, N. / Trajtenberg, F. / Lara, J. / Gramajo, H. / Buschiazzo, A.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Mycobacterium tuberculosis FasR senses long fatty acyl-CoA through a tunnel and a hydrophobic transmission spine.
著者: Lara, J. / Diacovich, L. / Trajtenberg, F. / Larrieux, N. / Malchiodi, E.L. / Fernandez, M.M. / Gago, G. / Gramajo, H. / Buschiazzo, A.
履歴
登録2019年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TetR family transcriptional regulator
B: TetR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6414
ポリマ－43,1852
非ポリマー4572
水3,693205
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4820 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area17170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.130, 100.180, 38.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-451-

HOH

21B-463-

HOH

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要素

#1: タンパク質 TetR family transcriptional regulator / TetR/AcrR family transcriptional regulator / FasR


分子量: 21592.369 Da / 分子数: 2 / 断片: delta-33 construct (UNP residues 35-225) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: kstR2_2, kstR2_1, kstR2_3, kstR2_4, kstR2_5, kstR2_6, kstR2_7, DSI35_30495, ERS007661_03222, ERS007663_03464, ERS007665_00400, ERS007720_01056, ERS007741_00500, ERS023446_00266, ERS027646_ ...遺伝子: kstR2_2, kstR2_1, kstR2_3, kstR2_4, kstR2_5, kstR2_6, kstR2_7, DSI35_30495, ERS007661_03222, ERS007663_03464, ERS007665_00400, ERS007720_01056, ERS007741_00500, ERS023446_00266, ERS027646_02562, ERS027651_00856, ERS027652_02035, ERS027653_03199, ERS027656_00595, ERS027666_01457, ERS124361_00903, SAMEA2682864_03848, SAMEA2683035_03897
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A045JBR0, UniProt: O05858*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID


分子量: 228.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 22% v/v PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54179 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年4月26日 / 詳細: Varimax-HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→28.78 Å / Num. obs: 41807 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 29.16 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 11.3 / Num. measured all: 147330 / Scaling rejects: 2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.63-1.663.50.467700519990.7980.2840.5491.896.4
8.93-28.7830.0269273130.9970.0180.03224.797.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.25データスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
TRUNCATEデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6O6N

6o6n


解像度: 1.63→28.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU R Cruickshank DPI: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.124 / SU Rfree Blow DPI: 0.11 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.108
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 1692 4.05 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.219 41762 98.3 %-
原子変位パラメータBiso max: 117.21 Å2 / Biso mean: 36.18 Å2 / Biso min: 15.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7664 Å20 Å20 Å2
2--2.8423 Å20 Å2
3----2.0759 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.63→28.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2891 0 32 205 3128
Biso mean--43.54 41.56 -
残基数----374
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1091SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes559HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3120HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion390SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies15HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4119SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3120HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4248HARMONIC20.9
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.63
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.5
LS精密化 シェル解像度: 1.63→1.64 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 46 5.5 %
Rwork0.247 790 -
all0.2465 836 -
obs--96.45 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2628-0.87140.19850.8822-0.14560.2006-0.1797-0.1718-0.2370.21830.13170.1593-0.0303-0.09120.048-0.0130.0090.0539-0.04620.0124-0.029931.331199.507438.8083
20.9415-0.0680.42521.1160.11360.6325-0.00710.019-0.1475-0.06310.0310.21870.03550.0006-0.0239-0.05270.01750.0109-0.037-0.0235-0.046912.3638102.35721.7906
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A35 - 224
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B40 - 225

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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