+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5zq0 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of spRlmCD with U747loop RNA | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | TRANSFERASE/RNA / methyltransferase / Ribosome / 23S RNA / Streptococcus pneumoniae / TRANSFERASE / TRANSFERASE-RNA complex | ||||||
Function / homology | ![]() rRNA (uridine-C5-)-methyltransferase activity / rRNA base methylation / Transferases; Transferring one-carbon groups; Methyltransferases Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jiang, Y.Y. / Yu, H.L. | ||||||
![]() | ![]() Title: Unveiling the structural features that determine the dual methyltransferase activities of Streptococcus pneumoniae RlmCD Authors: Jiang, Y. / Yu, H. / Li, F. / Cheng, L. / Zhu, L. / Shi, Y. / Gong, Q. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 116.7 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 85.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 753 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 753.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 20 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 28.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5zq1C ![]() 5zq8C ![]() 5zthC ![]() 5xj1S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 51303.023 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: Q443E Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC BAA-334 / TIGR4 / Gene: SP_1029 Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q97R12, Transferases; Transferring one-carbon groups; Methyltransferases |
---|---|
#2: RNA chain | Mass: 2574.652 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() |
#3: Chemical | ChemComp-SAH / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.41 Å3/Da / Density % sol: 48.89 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 36%(w/v) PEG600 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 25, 2017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9778 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. obs: 35944 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 0.483 / Net I/σ(I): 4.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5XJ1 Resolution: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 3.204 / SU ML: 0.09 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.143 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 93.15 Å2 / Biso mean: 27.124 Å2 / Biso min: 7.1 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→50 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.001→2.053 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
|