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- PDB-6o6p: Structure of the regulator FasR from Mycobacterium tuberculosis i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o6p
タイトルStructure of the regulator FasR from Mycobacterium tuberculosis in complex with DNA
要素
  • DNA-forward
  • DNA-reverse
  • TetR family transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / TetR-like transcription factor / fatty acid biosynthesis regulation / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / : / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / : / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / HTH-type transcriptional activator FasR
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.851 Å
データ登録者Larrieux, N. / Trajtenberg, F. / Lara, J. / Gramajo, H. / Buschiazzo, A.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Mycobacterium tuberculosis FasR senses long fatty acyl-CoA through a tunnel and a hydrophobic transmission spine.
著者: Lara, J. / Diacovich, L. / Trajtenberg, F. / Larrieux, N. / Malchiodi, E.L. / Fernandez, M.M. / Gago, G. / Gramajo, H. / Buschiazzo, A.
履歴
登録2019年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TetR family transcriptional regulator
B: TetR family transcriptional regulator
C: DNA-forward
D: DNA-reverse


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,9314
ポリマ－69,9314
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.697, 174.680, 158.169
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 38 through 77 or (resid 78...
21(chain B and (resid 38 through 90 or (resid 91...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPTYRTYR(chain A and (resid 38 through 77 or (resid 78...AA38 - 7758 - 97
12GLNGLNGLNGLN(chain A and (resid 38 through 77 or (resid 78...AA7898
13ARGARGPROPRO(chain A and (resid 38 through 77 or (resid 78...AA37 - 22457 - 244
14ARGARGPROPRO(chain A and (resid 38 through 77 or (resid 78...AA37 - 22457 - 244
15ARGARGPROPRO(chain A and (resid 38 through 77 or (resid 78...AA37 - 22457 - 244
16ARGARGPROPRO(chain A and (resid 38 through 77 or (resid 78...AA37 - 22457 - 244
21ASPASPVALVAL(chain B and (resid 38 through 90 or (resid 91...BB38 - 9058 - 110
22LEULEULEULEU(chain B and (resid 38 through 90 or (resid 91...BB91111
23ASPASPPROPRO(chain B and (resid 38 through 90 or (resid 91...BB38 - 22458 - 244
24ASPASPPROPRO(chain B and (resid 38 through 90 or (resid 91...BB38 - 22458 - 244
25ASPASPPROPRO(chain B and (resid 38 through 90 or (resid 91...BB38 - 22458 - 244
26ASPASPPROPRO(chain B and (resid 38 through 90 or (resid 91...BB38 - 22458 - 244

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要素

#1: タンパク質 TetR family transcriptional regulator


分子量: 27286.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: Rv3208 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O05858
#2: DNA鎖 DNA-forward


分子量: 7627.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
#3: DNA鎖 DNA-reverse


分子量: 7729.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 28% PEG2000 MME, 0.25 M ammonium citrate, 0.1 M imidazole

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.97948 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月2日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97948 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.85→39.54 Å / Num. obs: 6467 / % possible obs: 76.5 % / 冗長度: 8.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.166 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.176 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
3.85-4.315.61.45414520.6230.5951.58162.3
8.61-39.54110.0638210.9980.020.06699

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
Aimlessデータスケーリング
TRUNCATEデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6O6N

6o6n


解像度: 3.851→39.066 Å / SU ML: 0.67 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 40.78
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3315 647 10.06 %
Rwork0.2875 --
obs0.2919 6431 76.42 %
溶媒の処理減衰半径: 1.2 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso max: 357.1 Å2 / Biso mean: 155.8803 Å2 / Biso min: 49.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.851→39.066 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2860 943 0 0 3803
残基数----421
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1532X-RAY DIFFRACTION11.988TORSIONAL
12B1532X-RAY DIFFRACTION11.988TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.8509-4.14790.42641020.396488999161
4.1479-4.56480.34791110.35591017112868
4.5648-5.22390.37661070.32651114122173
5.2239-6.57650.34921510.34321256140783
6.5765-39.06840.29991760.23031508168495
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.0381-0.6395-3.31127.7227-3.63239.58950.5665-0.4276-0.04040.00960.18881.1421-2.34580.4999-0.60781.44260.28290.10941.5383-0.19241.2964-17.941721.873836.3593
26.68776.8583-2.3088.7598-3.37672.64190.4081-2.8260.87871.7593-0.99470.1154-1.95880.13380.31091.68640.1470.01222.0886-0.23321.0371-3.315142.337825.0672
34.63243.80390.63952.0419-2.24375.6825-1.5222-0.19490.1231-1.76070.67111.98572.42161.6344-0.16730.91390.4550.48080.9932-0.05171.4866-13.984615.60242.6139
44.43273.80970.60766.31831.06282.7757-0.3308-0.26440.0344-0.5002-0.2349-0.8834-0.30360.12660.59041.64130.24510.03560.93760.16251.21273.916534.69899.4298
51.9087-4.0667-0.78324.4213.76312.0939-0.2139-0.3263-0.68022.2373-0.3410.5524.8531-2.59310.36951.4785-0.60760.43161.3920.26040.9202-28.01656.471825.5227
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 37:81A37 - 81
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 82:224A82 - 224
3X-RAY DIFFRACTION3chain B and resid 38:81B38 - 81
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and resid 82:224B82 - 224
5X-RAY DIFFRACTION5chain C or chain DC3 - 25
6X-RAY DIFFRACTION5chain C or chain DD1 - 23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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