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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6o6n | ||||||
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タイトル | Structure of the regulator FasR from Mycobacterium tuberculosis in complex with C20-CoA | ||||||
要素 | TetR family transcriptional regulator | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / TetR-like transcription factor / fatty acid biosynthesis regulation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of gene expression / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Larrieux, N. / Trajtenberg, F. / Lara, J. / Gramajo, H. / Buschiazzo, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Mycobacterium tuberculosis FasR senses long fatty acyl-CoA through a tunnel and a hydrophobic transmission spine. 著者: Lara, J. / Diacovich, L. / Trajtenberg, F. / Larrieux, N. / Malchiodi, E.L. / Fernandez, M.M. / Gago, G. / Gramajo, H. / Buschiazzo, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6o6n.cif.gz | 98 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6o6n.ent.gz | 72.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6o6n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/6o6n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/6o6n | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6o6oC 6o6pC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: 10.15785/SBGRID/647 / データの種類: diffraction image data 詳細: X-Ray Diffraction data from FasR transcription factor from Mycobacterium tuberculosis in complex with C20-CoA, source of 6O6N structure Metadata reference: 10.15785/SBGRID/647 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21592.369 Da / 分子数: 1 / 断片: delta-33 construct (UNP residues 35-225) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: kstR2_2, kstR2_1, kstR2_3, kstR2_4, kstR2_5, kstR2_6, kstR2_7, DSI35_30495, ERS007661_03222, ERS007663_03464, ERS007665_00400, ERS007720_01056, ERS007741_00500, ERS023446_00266, ERS027646_ ...遺伝子: kstR2_2, kstR2_1, kstR2_3, kstR2_4, kstR2_5, kstR2_6, kstR2_7, DSI35_30495, ERS007661_03222, ERS007663_03464, ERS007665_00400, ERS007720_01056, ERS007741_00500, ERS023446_00266, ERS027646_02562, ERS027651_00856, ERS027652_02035, ERS027653_03199, ERS027656_00595, ERS027666_01457, ERS124361_00903, SAMEA2682864_03848, SAMEA2683035_03897 プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A045JBR0, UniProt: O05858*PLUS | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-5F9 / | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.3 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7 詳細: 2.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium acetate trihydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月14日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97857 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.7→20.2 Å / Num. obs: 28969 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 14.181 % / Biso Wilson estimate: 22.84 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rrim(I) all: 0.067 / Χ2: 1.132 / Net I/σ(I): 22.58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.7→20.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU R Cruickshank DPI: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.1 / SU Rfree Blow DPI: 0.097 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.092
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原子変位パラメータ | Biso max: 108.12 Å2 / Biso mean: 25.3 Å2 / Biso min: 3.94 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.21 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.7→20.2 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.71 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 20.09 Å / Origin y: -29.0942 Å / Origin z: 2.817 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: { A|* } |