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万見
- PDB-6o5c: X-ray crystal structure of metal-dependent transcriptional regula... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o5c
タイトルX-ray crystal structure of metal-dependent transcriptional regulator MtsR
要素Putative metal-dependent transcriptional regulator
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Manganese / Transcription Regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


transition metal ion binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
FeoA domain / Ferrous iron transport protein A (FeoA) / Ferrous iron transporter, core domain / Ferrous iron transporter FeoA domain / FeoA / : / DtxR-type HTH domain profile. / DTXR-type HTH domain / Iron dependent repressor, N-terminal DNA binding domain / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain ...FeoA domain / Ferrous iron transport protein A (FeoA) / Ferrous iron transporter, core domain / Ferrous iron transporter FeoA domain / FeoA / : / DtxR-type HTH domain profile. / DTXR-type HTH domain / Iron dependent repressor, N-terminal DNA binding domain / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Iron dependent repressor / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain superfamily / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Helix-turn-helix diphteria tox regulatory element / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / SH3 type barrels. / Arc Repressor Mutant, subunit A / Roll / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Manganese transport regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes serotype M3 (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Do, H. / Kumaraswami, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R01AI109096-01A1 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Metal sensing and regulation of adaptive responses to manganese limitation by MtsR is critical for group A streptococcus virulence.
著者: Do, H. / Makthal, N. / Chandrangsu, P. / Olsen, R.J. / Helmann, J.D. / Musser, J.M. / Kumaraswami, M.
履歴
登録2019年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative metal-dependent transcriptional regulator
B: Putative metal-dependent transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7247
ポリマ－50,3982
非ポリマー3265
水18010
1
A: Putative metal-dependent transcriptional regulator
ヘテロ分子

B: Putative metal-dependent transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7247
ポリマ－50,3982
非ポリマー3265
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_444y-1/2,-x-1/2,z-1/41
Buried area2210 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area23020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.904, 67.904, 293.673
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Putative metal-dependent transcriptional regulator


分子量: 25198.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes serotype M3 (化膿レンサ球菌)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2UTK0
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.38 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 40 mM sodium acetate, 0.16 M magnesium formate, 2.6 M lithium acetate, 20% PEG 2000, 66 mM ammonium sulfate, and 0.8 mM manganese chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→30 Å / Num. obs: 23865 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.1 % / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 3.1→3.27 Å / Num. unique obs: 3461

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CVI

5cvi


解像度: 3.1→29.738 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2862 650 4.89 %RANDOM
Rwork0.2453 ---
obs0.2474 13301 99.92 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→29.738 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3413 0 11 10 3434
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023489
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5944719
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.791303
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.022541
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002594
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.33910.37211280.33462429X-RAY DIFFRACTION100
3.3391-3.67460.36181340.30122461X-RAY DIFFRACTION100
3.6746-4.2050.38721080.25622521X-RAY DIFFRACTION100
4.205-5.2930.27331300.23852534X-RAY DIFFRACTION100
5.293-29.73960.24971500.22492706X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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