PDB-3hru: Crystal Structure of ScaR with bound Zn2+

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hru

タイトル

Crystal Structure of ScaR with bound Zn2+

要素

Metalloregulator ScaR

キーワード

TRANSCRIPTION / DtxR/MntR family member

機能・相同性

機能・相同性情報

transition metal ion binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus gordonii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Stoll, K.E. / Draper, W.E. / Kliegman, J.I. / Golynskiy, M.V. / Brew-Appiah, R.A.T. / Brown, H.K. / Breyer, W.A. / Jakubovics, N.S. / Jenkinson, H.F. / Brennan, R.B. ...

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Characterization and structure of the manganese-responsive transcriptional regulator ScaR.
著者: Stoll, K.E. / Draper, W.E. / Kliegman, J.I. / Golynskiy, M.V. / Brew-Appiah, R.A. / Phillips, R.K. / Brown, H.K. / Breyer, W.A. / Jakubovics, N.S. / Jenkinson, H.F. / Brennan, R.G. / Cohen, S.M. / Glasfeld, A.

履歴

登録	2009年6月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hru.cif.gz	183.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hru.ent.gz	150.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hru.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/3hru ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/3hru	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hrsSC 3hrtC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6o5c-1 3hrs-d 3hrt-d 1mm9-1 5joc-d 5edk-d 6wl2-3 2fv7-d 2qyk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Metalloregulator ScaR

B: Metalloregulator ScaR

ヘテロ分子

49.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.700, 70.700, 301.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Metalloregulator ScaR 分子量: 24701.393 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus gordonii (バクテリア) 遺伝子: scaR / プラスミド: pET11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9RFN3
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.61 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 1.6 M lithium sulfate, 0.05 M sodium cacodylate in the presence of 1 mM MnCl2 and 1 mM duplex DNA, pH 6.0, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.2131 Å

検出器

タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.2131 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.9→49.99 Å / Num. obs: 17514 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 6.17 % / R_merge(I) obs: 0.071 / Χ²: 0.96 / Scaling rejects: 817

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.9-3	4.28	0.449	2	5977	1389	1.3	79.2
3-3.12	4.73	0.362	2.8	7723	1621	1.3	92.1
3.12-3.27	5.83	0.291	3.8	10171	1726	1.19	99
3.27-3.44	6.52	0.194	5.8	11694	1773	1.15	99.9
3.44-3.65	6.84	0.141	8.2	12151	1754	1.22	100
3.65-3.94	6.66	0.125	8.9	12199	1802	1.2	100
3.94-4.33	6.74	0.074	12.9	11996	1777	0.66	99.9
4.33-4.96	6.66	0.063	15.4	12179	1822	0.66	99.9
4.96-6.24	6.65	0.058	16.8	12394	1858	0.64	100
6.24-49.99	6.18	0.04	21.7	12359	1992	0.7	98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK	9.4LDz	データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
d*TREK		データ削減
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3HRS

3hrs

解像度: 2.9→49.99 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.73 / 立体化学のターゲット値: ml

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.292	1713	9.94 %
R_work	0.23	-	-
obs	-	17233	96.22 %

溶媒の処理

B_sol: 40.727 Å² / k_sol: 0.258 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 214.83 Å² / B_iso mean: 106.754 Å² / B_iso min: 37.49 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.862 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	6.862 Å²	0 Å²
3-	-	-	-13.724 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→49.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3350	0	22	4	3376

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Weight
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.411	1
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	1
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.088	1
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.258	1
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1
X-RAY DIFFRACTION	f_nbd_refined	4.117	1

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	Total num. of bins used	% reflection obs (%)
2.9-2.932	0.337	370	X-RAY DIFFRACTION	31	63
2.932-2.965	0.341	388	X-RAY DIFFRACTION	31	71
2.965-3	0.331	426	X-RAY DIFFRACTION	31	77
3-3.037	0.338	436	X-RAY DIFFRACTION	31	76
3.037-3.075	0.358	446	X-RAY DIFFRACTION	31	78
3.075-3.115	0.336	464	X-RAY DIFFRACTION	31	86
3.115-3.158	0.312	488	X-RAY DIFFRACTION	31	87
3.158-3.203	0.321	511	X-RAY DIFFRACTION	31	90
3.203-3.25	0.294	495	X-RAY DIFFRACTION	31	89
3.25-3.301	0.27	506	X-RAY DIFFRACTION	31	90
3.301-3.355	0.263	525	X-RAY DIFFRACTION	31	90
3.355-3.412	0.273	491	X-RAY DIFFRACTION	31	90
3.412-3.474	0.265	501	X-RAY DIFFRACTION	31	89
3.474-3.54	0.27	514	X-RAY DIFFRACTION	31	88
3.54-3.612	0.242	490	X-RAY DIFFRACTION	31	88
3.612-3.69	0.206	508	X-RAY DIFFRACTION	31	89
3.69-3.776	0.222	498	X-RAY DIFFRACTION	31	88
3.776-3.869	0.213	520	X-RAY DIFFRACTION	31	90
3.869-3.973	0.225	522	X-RAY DIFFRACTION	31	90
3.973-4.089	0.201	500	X-RAY DIFFRACTION	31	90
4.089-4.22	0.189	531	X-RAY DIFFRACTION	31	90
4.22-4.369	0.17	521	X-RAY DIFFRACTION	31	91
4.369-4.542	0.155	524	X-RAY DIFFRACTION	31	90
4.542-4.747	0.175	532	X-RAY DIFFRACTION	31	90
4.747-4.993	0.17	529	X-RAY DIFFRACTION	31	91
4.993-5.3	0.188	527	X-RAY DIFFRACTION	31	91
5.3-5.701	0.247	524	X-RAY DIFFRACTION	31	89
5.701-6.259	0.218	537	X-RAY DIFFRACTION	31	88
6.259-7.128	0.265	549	X-RAY DIFFRACTION	31	90
7.128-8.849	0.214	555	X-RAY DIFFRACTION	31	89
8.849-19.99	0.198	592	X-RAY DIFFRACTION	31	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0856	1.1173	-0.3319	3.6692	0.7125	1.4164	0.183	0.4238	0.0179	-0.4158	-0.2443	0.5781	0.3306	-0.2564	-0.0003	0.8619	-0.1313	-0.0829	0.2594	0.013	0.6608	76.0681	113.6227	28.6221
2	2.2556	0.4101	-0.6329	1.6819	-1.7692	3.8015	0.0866	0.0595	0.1823	0.0176	0.0451	0.0347	-0.4967	0.2017	-0.0002	0.7601	-0.0304	0.0932	0.1131	-0.0196	0.5624	86.0678	96.3675	39.4608
3	4.636	1.745	-0.8644	2.574	0.1626	2.9918	0.9789	1.5938	-0.5207	0.2419	-0.083	0.3075	0.1158	-0.3172	-0.0025	1.158	0.2724	-0.2544	0.6923	-0.1449	0.6887	81.7037	88.3927	16.8124
4	-0.0845	0.0481	-0.089	-0.1036	0.0125	0.295	0.003	-0.9916	0.8945	-0.6211	0.8495	-0.3206	-0.5883	0.3856	-0.0006	2.0935	0.0516	0.5477	0.7848	-0.0016	0.8164	68.6467	95.9205	69.6616
5	-0.1977	-0.7146	-0.0198	-0.1901	0.6526	0.4521	-0.3095	-0.1879	0.5776	0.1974	0.4708	-0.5145	-0.6227	0.0133	-0.0011	2.0505	-0.0341	0.0856	1.0729	0.032	1.3804	62.4634	98.6626	73.6996
6	1.0979	-0.0701	-0.098	-0.6113	-0.5447	1.9924	0.7102	-0.6565	0.1108	0.9554	-0.2272	-0.1549	-0.5906	-0.188	0.0001	1.3742	-0.1498	0.176	0.4587	-0.0506	0.6572	76.1204	92.6029	64.8776
7	0.8113	1.8125	-1.3146	1.0238	-0.5104	2.1398	0.4579	-0.6782	0.113	0.4391	-0.376	0.1153	0.7632	-0.2226	0.0012	1.2987	-0.24	0.0804	0.4957	0.0051	0.6232	80.5035	86.8405	59.4883
8	1.3783	0.1056	1.1032	3.0835	-1.0587	1.0635	0.2159	-0.7899	0.3298	0.6195	-0.0349	0.4282	-0.375	-0.085	-0.0003	1.1846	-0.2018	0.0942	1.2141	-0.2104	0.7168	90.7033	96.1244	81.5612

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 3:70)	A	3 - 70
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 71:140)	A	71 - 140
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 141:215)	A	141 - 215
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 6:15)	B	6 - 15
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 16:49)	B	16 - 49
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 50:97)	B	50 - 97
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 98:140)	B	98 - 140
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 141:215)	B	141 - 215

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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