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- PDB-6o4p: The crystal structure of the interleukin 11 alpha receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o4p
タイトルThe crystal structure of the interleukin 11 alpha receptor
要素Interleukin-11 receptor subunit alpha
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / cytokine (サイトカイン) / interleukin (インターロイキン) / receptor (受容体)
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-11 receptor activity / interleukin-11 binding / head development / interleukin-11-mediated signaling pathway / 発生生物学 / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / cytokine-mediated signaling pathway / transmembrane signaling receptor activity / receptor complex / external side of plasma membrane ...interleukin-11 receptor activity / interleukin-11 binding / head development / interleukin-11-mediated signaling pathway / 発生生物学 / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / cytokine-mediated signaling pathway / transmembrane signaling receptor activity / receptor complex / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain ...Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-11 receptor subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.429 Å
データ登録者Aizel, K. / Metcalfe, R.D. / Griffin, M.D.W.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: The structure of the extracellular domains of human interleukin 11 alpha receptor reveals mechanisms of cytokine engagement.
著者: Metcalfe, R.D. / Aizel, K. / Zlatic, C.O. / Nguyen, P.M. / Morton, C.J. / Lio, D.S. / Cheng, H.C. / Dobson, R.C.J. / Parker, M.W. / Gooley, P.R. / Putoczki, T.L. / Griffin, M.D.W.
履歴
登録2019年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-11 receptor subunit alpha
B: Interleukin-11 receptor subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,87416
ポリマ－76,4232
非ポリマー2,45114
水0
1
A: Interleukin-11 receptor subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7589
ポリマ－38,2121
非ポリマー1,5468
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Interleukin-11 receptor subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1167
ポリマ－38,2121
非ポリマー9056
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)171.456, 171.456, 107.944
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-11 receptor subunit alpha / / IL-11RA


分子量: 38211.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL11RA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf21 / 参照: UniProt: Q14626
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.6 M Ammonium sulfate, 0.02 M NaCl, 67 mM NDSB-195, 0.1 M HEPES pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月27日
放射モノクロメーター: 0.9537 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射 シェル解像度: 3.43→3.7 Å / CC1/2: 0.436 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.429→45.674 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.04 / 位相誤差: 30.19
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2984 612 4.72 %RANDOM
Rwork0.2439 ---
obs0.2464 12962 99.55 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 65.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.429→45.674 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4433 0 147 0 4580
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024735
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5816530
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.512754
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041708
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004838
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4287-3.77360.34841600.31262984X-RAY DIFFRACTION99
3.7736-4.31930.28391580.24833048X-RAY DIFFRACTION100
4.3193-5.44040.2791460.21123069X-RAY DIFFRACTION100
5.4404-45.67810.29381480.23473249X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4231-1.0642-1.94341.7778-0.25293.15060.2076-0.42710.50690.0473-0.36350.8524-0.8142-0.7458-0.02790.3790.1430.01360.5555-0.24590.525-140.87623.8342-18.4649
20.8679-0.428-0.68410.61580.49020.6286-0.274-0.1962-0.15080.20340.1422-0.0430.05950.1215-0.50930.47320.25290.15220.1775-0.2614-0.0092-109.37666.3239-24.9942
31.0785-0.0578-0.29741.02730.322.067-0.01510.1179-0.1995-0.4360.12780.12150.1874-0.17620.43730.36970.0945-0.05830.1893-0.26170.0268-89.397-10.058-49.065
43.1587-1.33581.32490.91180.55994.171-0.546-0.5686-0.1021-0.4608-0.0874-0.67470.2191-0.7463-0.62171.46070.22510.92840.95650.04321.9924-72.3048-18.9264-81.1529
52.44351.07090.81963.78772.55155.7280.0619-0.0762-0.41630.204-0.26120.17060.9353-0.45690.06930.6184-0.05010.0690.654-0.19880.1977-132.2654-4.6517-44.362
64.04971.8551.63284.38532.26051.9913-0.49180.49950.2608-0.76760.1904-0.1554-0.33790.08110.04350.33330.1475-0.01140.3421-0.06350.1691-116.660628.1173-38.0121
74.57050.4080.91735.3076-0.09255.5319-0.2557-0.07060.01470.00070.2512-0.3864-0.3765-0.4351-0.09490.37980.1161-0.06360.18080.05150.2818-108.386148.6334-11.5095
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 88 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 89 through 194 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 195 through 297 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 298 through 304 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 2 through 88 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 89 through 194 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 195 through 296 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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