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- PDB-6o4n: Crystal Structure of Enolase from Chlamydia trachomatis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o4n
タイトルCrystal Structure of Enolase from Chlamydia trachomatis
要素Enolase
キーワードHYDROLASE / SSGCID / enolase / 2-phospho-D-glycerate hydro-lyase / 2-phosphoglycerate dehydratase / strain D/UW-3/Cx / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / glycolytic process / cell surface / magnesium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase-like C-terminal domain ...Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Enolase
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydia trachomatis serovar L2b
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Enolase from Chlamydia trachomatis
著者: Dranow, D.M. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2019年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enolase
B: Enolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,32322
ポリマ－93,0072
非ポリマー1,31620
水15,997888
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7240 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area27470 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)164.280, 164.280, 89.790
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Enolase / 2-phospho-D-glycerate hydro-lyase / 2-phosphoglycerate dehydratase


分子量: 46503.457 Da / 分子数: 2 / 断片: ChtrB.00084.a.B1 / 変異: M78V,T178K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydia trachomatis serovar L2b (strain UCH-1/proctitis) (トラコーマクラミジア)
株: UCH-1/proctitis / 遺伝子: eno, CTLon_0844 / プラスミド: CChtrB.00084.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B0BA40, phosphopyruvate hydratase

-
非ポリマー , 6種, 908分子

#2: 化合物
ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 888 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.23 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: ChtrB.00084.a.B1.PW38531 at 13.38 mg/ml was incubated with 2 mM 2-Phosphoglyceric acid, then was mixed 1:1 with Morpheus(e12): 12.5% (w/v) PEG 1000, 12.5% (w/v) PEG 3350, 12.5% (v/v) MPD, 0.1 ...詳細: ChtrB.00084.a.B1.PW38531 at 13.38 mg/ml was incubated with 2 mM 2-Phosphoglyceric acid, then was mixed 1:1 with Morpheus(e12): 12.5% (w/v) PEG 1000, 12.5% (w/v) PEG 3350, 12.5% (v/v) MPD, 0.1 M bicine/Trizma base, pH 8.5, and 0.03 M each diethyleneglycol, triethyleneglycol, tetraethyleneglycol, pentaethyleneglycol. Tray: 305547e12, puck: vvm7-8.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年2月7日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→41.876 Å / Num. obs: 110319 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.082 % / Biso Wilson estimate: 32.418 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rrim(I) all: 0.08 / Χ2: 0.984 / Net I/σ(I): 13.5 / Num. measured all: 560618 / Scaling rejects: 10
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.8-1.855.060.562.840882808380790.8210.624100
1.85-1.95.0730.4143.7440217793279270.8980.46299.9
1.9-1.955.060.3414.6139221776077510.9290.38199.9
1.95-2.015.0840.256.0237988747474720.9590.279100
2.01-2.085.0830.2017.4937042729172880.970.224100
2.08-2.155.0980.169.0935703700470040.980.178100
2.15-2.235.1050.1310.9234662679367900.9870.145100
2.23-2.325.0250.11612.1832662650765000.9880.1399.9
2.32-2.435.1070.09813.9632112628962880.9920.109100
2.43-2.555.1110.08615.6730618599459910.9930.09699.9
2.55-2.685.1130.07717.3729122569756960.9940.085100
2.68-2.855.1160.06919.1527594539553940.9950.076100
2.85-3.045.1130.06321.0725972508150800.9950.07100
3.04-3.295.110.05923.0224251474947460.9950.06599.9
3.29-3.65.1070.05424.9522155434143380.9950.0699.9
3.6-4.025.0750.05326.1920091395939590.9960.059100
4.02-4.655.080.05227.2617699349134840.9960.05899.8
4.65-5.695.0570.05327.0514934295929530.9960.05999.8
5.69-8.055.0270.05426.9711531230222940.9950.0699.7
8.05-41.8764.7950.05427.66162130712850.9950.06198.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MKS

4mks


解像度: 1.8→41.876 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 15.14
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.163 6502 6.1 %RANDOM, 0
Rwork0.1374 ---
obs0.1389 106510 96.48 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 117.58 Å2 / Biso mean: 30.7026 Å2 / Biso min: 12.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→41.876 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6313 0 88 893 7294
Biso mean--52.85 41.98 -
残基数----844
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.82050.2532030.223009321288
1.8205-1.84190.22591970.20273090328790
1.8419-1.86430.24332030.18373120332391
1.8643-1.88790.2072380.17643133337191
1.8879-1.91280.2181990.17163130332991
1.9128-1.9390.20811930.1833158335192
1.939-1.96670.19162200.16483201342194
1.9667-1.9960.18322090.1523299350894
1.996-2.02720.17612070.1443237344495
2.0272-2.06050.17882170.14473295351296
2.0605-2.0960.1681870.13933345353296
2.096-2.13410.15912020.13683331353396
2.1341-2.17510.1652360.13223324356097
2.1751-2.21950.16972330.13153356358997
2.2195-2.26780.16372120.13673334354697
2.2678-2.32050.15362110.12793405361698
2.3205-2.37860.15821990.12933399359898
2.3786-2.44290.16062270.13673383361098
2.4429-2.51480.17282050.13423408361399
2.5148-2.59590.17462390.13763428366799
2.5959-2.68870.15942050.13513425363099
2.6887-2.79630.16552510.1413424367599
2.7963-2.92350.17062370.13833418365599
2.9235-3.07760.17282260.140434493675100
3.0776-3.27040.16192300.138234473677100
3.2704-3.52280.15172170.132134543671100
3.5228-3.87710.15642240.125134933717100
3.8771-4.43750.132380.113334773715100
4.4375-5.58870.1472040.122434993703100
5.5887-41.88760.1552330.15213537377099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.11011.69191.36252.2560.69182.1410.0035-0.22020.42590.10340.0565-0.0444-0.17020.0956-0.050.2053-0.02160.02310.1295-0.0150.173-25.7224-14.8464-32.2433
21.6215-0.1388-0.55632.0048-0.1661.42930.0312-0.21760.05830.25830.08090.0373-0.0751-0.0358-0.11760.2047-0.01270.02710.2117-0.02260.1543-31.2492-20.4856-27.2127
32.8197-0.0727-0.36292.84850.27363.71070.0752-0.47990.04430.365-0.0044-0.1520.04150.2091-0.06170.186-0.0228-0.04730.2966-0.04340.1757-16.5722-24.2613-25.0239
40.61320.05590.21740.62940.12860.7873-0.015-0.02970.0392-0.04060.00510.03840.0201-0.03070.0160.1669-0.01570.01320.1674-0.00240.1675-31.6646-28.6062-48.475
50.5032-0.08620.0250.8146-0.66731.4384-0.0394-0.0232-0.0896-0.01630.00740.14710.2426-0.19450.0190.2123-0.07310.01120.2035-0.01820.2152-43.8862-43.4549-45.1814
61.78320.4289-0.05382.35490.48522.3803-0.0259-0.106-0.20220.11160.0054-0.09520.34120.0280.02110.1964-0.00290.0160.16760.02490.191-28.067-42.651-37.3788
71.0020.0304-0.07790.40840.01731.2972-0.0308-0.087-0.01350.05170.00920.00970.02860.1210.0130.1756-0.03210.01260.20120.00110.1791-25.8926-32.0178-42.7085
83.0858-0.262-1.59162.6474-0.66242.27380.04950.01210.0069-0.2436-0.0829-0.13060.01390.11160.01350.1337-0.0281-0.03520.1626-0.00180.0866-26.5212-29.5181-54.0617
98.81146.4458-1.39354.8068-0.78220.9356-0.09470.0843-0.0277-0.3180.1892-0.1956-0.06260.0548-0.0360.210.00230.02840.1379-0.02050.2471-28.0708-10.5941-57.9083
100.45170.10760.06562.06370.66521.39140.04490.13820.0732-0.38840.01890.1002-0.0781-0.1522-0.05160.3109-0.0135-0.00450.21120.00070.238-35.6212-11.4376-63.1727
110.69760.1576-0.02421.28710.46671.2341-0.04180.05020.014-0.18870.03860.0813-0.0941-0.1456-0.01490.25830.0155-0.00250.16720.00270.2241-36.4292-1.2285-51.7375
126.41346.80092.27418.7872.62163.70350.2321-0.5335-0.13180.4142-0.25850.17150.1477-0.34030.01320.27640.0010.07330.33190.00520.2877-49.1159-14.9695-31.3981
131.4876-0.16790.15312.3821-0.59071.8378-0.00220.07370.1046-0.1208-0.03640.7909-0.139-0.5919-0.00170.25930.0207-0.01570.5016-0.03860.5427-61.4105-6.1205-45.1742
140.67910.1413-0.13452.31170.26141.7108-0.02040.03560.0705-0.1962-0.0380.3827-0.2927-0.24760.04690.26120.026-0.02280.2281-0.0140.2551-45.13192.7641-49.9922
151.9946-0.04351.87013.54970.07572.5153-0.2236-0.16150.16380.36340.07040.1828-0.2054-0.21440.11080.22830.00430.04540.19880.00340.1809-39.714-1.4429-36.1403
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 29 )A3 - 29
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 30 through 75 )A30 - 75
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 76 through 109 )A76 - 109
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 110 through 197 )A110 - 197
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 198 through 301 )A198 - 301
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 302 through 341 )A302 - 341
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 342 through 392 )A342 - 392
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 393 through 424 )A393 - 424
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 3 through 29 )B3 - 29
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 30 through 75 )B30 - 75
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 76 through 176 )B76 - 176
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 177 through 197 )B177 - 197
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 198 through 301 )B198 - 301
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 302 through 392 )B302 - 392
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 393 through 424 )B393 - 424

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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